1989年1月，澳大利亚总理波比·霍克访问韩国时在汉城（现称首尔）倡议召开“亚洲及太平洋国家部长级会议”。该倡议得到美国以及亚洲多个国家的积极回应。
1989年11月，12个创始会员在澳大利亚堪培拉举行首届“亚洲太平洋经济合作部长级会议”，由澳大利亚外交部长加雷斯·埃文斯担任会议主席，并于同年创设作为亚太经合组织协调机构的高管会议。
会议通常由当年举办领导人非正式会议的东道主主办，每年举行3至4次会议，主要负责执行领导人和部长级会议的决定，审议各工作组和秘书处的活动，筹备部长级会议、领导人非正式会议及其后续行动等事宜。
高官会议下设4个委员会和11个专业工作小组。4个委员会是贸易和投资委员会、经济委员会、高官会经济技术合作分委员会和预算管理委员会。
11个专业工作小组分别为产业科技、人力资源开发、能源、海洋资源保护、电信、交通、旅游、渔业、贸易促进、农业技术合作和中小企业。
1991年11月12日至14日，第三届部长级会议在韩国汉城举行并通过《汉城宣言》，正式确定亚太经合会的宗旨目标、工作范围、运作方式、参与形式、组织架构、亚太经合前景。
亚太经合会的目标是为本区域人民普遍之福祉，持续推动区域成长与发展；促进经济互补性，鼓励货物、服务、资本、技术的流通；发展并加强开放及多边的贸易体系；减少贸易与投资壁垒。
1991年11月12日至14日，第三届部长级会议里中国正式加入亚太经合会。
1992年9月10日至11日，第四届部长级会议在泰国曼谷召开，确定将亚太经合会秘书处设于新加坡，为亚太经合组织各层次的活动提供支持与服务。秘书处最高职务为执行主任，任期一年，由每年亚太经合组织会议东道主指派。副执行主任由下届亚太经合组织会议东道主指派，一年之后成为执行主任。并确立亚太经合会运作基金的预算规则。
1993年1月，亚太经合会秘书处在新加坡成立，负责该组织的日常事务性工作。1993年11月20日，首届亚太经合会经济领袖会议在美国西雅图布莱克岛举行，并宣示亚太经合会的目的是为亚太人民谋取稳定、安全、繁荣。此后每年召开一次，在各成员间轮流举行，由各成员领导人出席。
1994年11月15日，在印度尼西亚茂物举行的经济领袖会议设立“茂物目标”：发达成员在2010年前、发展中成员在2020年前，实现亚太地区自由与开放的贸易及投资。
1995年11月，在日本大阪成立工商咨询理事会，其前身是1993年成立的太平洋工商论坛。它的主要任务是对亚太经合组织贸易投资自由化、经济技术合作以及创造有利的工商环境提出设想和建议，并向领导人和部长级会议提交咨询报告。理事会的主要任务是鼓励工商界人士参与亚太经合组织合作进程。每个亚太经合组织的成员派3名具有代表性的工商界人士参加理事会。工商咨询理事会秘书处暂设在菲律宾马尼拉，经费由各成员缴纳。理事会主席采取轮换制的原则，即由当年亚太经合组织领导人非正式会议的东道主担任工商咨询理事会主席。工商咨询理事会每年召开3－4次例会，并在每年亚太经合组织领导人非正式会议期间，与各成员领导人举行一次对话会。
2000年文莱会议决定成立了由7人组成的妇女领导人会议协调组，负责承担宣传联络、监督、咨询等工作。妇女领导人会议每年举行一次，由当年亚太经合组织会议东道国主办，会议议题一般与政府会议主题密切相连。该会议由亚太地区经济体中商业、政府、学术界和民间、社会等方面的妇女领导人组成，是亚太经合组织框架内形成的妇女论坛，它不设领导机构和常设机构。其目的主要是为亚太地区妇女设立一个进行交流的论坛。它提供、传播、推动并应用与性别相关的知识和信息，重点为中、小企业的女企业家开展经贸合作提供机会，并向亚太经合组织提出意见和建议。
2001年10月21日，亚太经合组织第9次领导人非正式会议在中国上海举行。与会领导人以“新世纪、新挑战：参与、合作，促进共同繁荣”为主题，就当前世界经济形势以及“9·11”事件对经济发展带来的影响、人力资源能力建设和亚太经合组织未来发展方向等问题深入交换意见，达成了广泛的共识。会议通过并发表了《领导人宣言：迎接新世纪的新挑战》、《上海共识》和《数字亚太经合战略》等文件。与会各成员领导人还利用午餐会就反对恐怖主义问题交换了意见，并发表了《亚太经合组织领导人反恐声明》。
2002年10月26日至27日，亚太经合组织第10次领导人非正式会议在墨西哥洛斯卡沃斯举行。会议就全球和亚太地区经济发展、加强多边贸易体制、执行上海会议成果及反恐合作等问题进行了讨论。会议发表了《领导人宣言》和《反恐声明》。
2003年10月17日至18日，亚太经合组织第15届部长级会议在泰国曼谷举行。
第27届领导人非正式会议在2020年11月20日以视讯会议举行。
2024年举办地秘鲁利马。
亚太经济合作会议现有21个成员经济体，其国内生产毛额总量约占世界的60%、贸易量约占世界的47%。
1989年成立之初由澳大利亚、文莱、加拿大、印尼、日本、韩国、马来西亚、新西兰、菲律宾、新加坡、泰国、美国等12个经济体组成，1991年中国加入；1993年墨西哥和巴布亚新几内亚加入；1994年智利加入；1998年秘鲁、俄罗斯和越南加入。
印度由于人口众多，基于服务贸易协定，曾提出加入亚太经合会，并初步得到美国、日本和澳洲的支持。成员经济体的官员正讨论有关印度加入组织的事宜 。但美国忧虑印度加入会使组织中的权力分布失衡而倾向亚洲 。
除了印度，蒙古、巴基斯坦、老挝、柬埔寨、孟加拉国、斯里兰卡、巴拿马、哥斯大黎加、哥伦比亚、厄瓜多尔等也提出加入。
哥伦比亚早于1995年已提出，但最后不了了之，因为亚太经合会在1993至1996年间停止接受新会员。 。其后因1997年起的亚洲金融风暴，有关接纳新会员的事宜延至2007年再讨论。
美国海外殖民地关岛则争取独立会员资格，不过美国已一票否决。
此组织的创办在历史上取代了该区域的冷战结构，其中日本因第二次世界大战的缘故在部分亚太国家的观感上较具争议性，因此由澳大利亚主导创始事项。
