云平台解锁高级物种组成分析图,助你文章轻松上大分~

文摘   2024-09-10 10:31   内蒙古  

在微生物研究中,如何更好的展示物种组成一直是广受各位研究者所关注的问题,凌波微课云平台(http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform/home)中已有热图、物种堆叠柱状图、气泡图、circos物种关系图和ggplot2进阶版物种组成图等小工具。

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Part 1  物种组成可视化分析

物种组成结果的展示包含门(Phylum)、纲(Class)、目(Order)、科(Family)、属(Genus)、种(Species)共计6个分类学水平。在结果中,包含了两个信息:①样本中含有何种微生物;②样本中各微生物的序列数,即各微生物的相对丰度。
(1)常见的物种组成分析图:
A、Top丰度冲击组成图
冲击组成图属于面积图的一种,和堆叠柱状图相似,但不同样本中同一物种的色块使用相同的背景色曲线连接,可以反应在连续的时间梯度下各个微生物类群的变化趋势。

工具使用教程:凌波微课|做连连看的堆叠柱状图你见过吗?https://mp.weixin.qq.com/s/VzCvkczHZsitawDaxUB9TQ

B、堆叠柱状图

云平台的在线绘图,依然只需要物种丰度表和分组文件,就能一键出图,搞定绘图和调色,科研绘图一把子拿捏了!

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C、热图
作为目前最常见的一种可视化手段,热图因其丰富的色彩变化和生动饱满的信息表达被广泛应用于各种大数据分析场景,也常被应用于物种组成分析。

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D、气泡图

在物种组成分析中,气泡图一般用气泡大小表示物种相对丰度大小,展示丰度等信息,用于对比样本与组间的物种组成。

工具使用教程:凌波微课|气泡图,画起来竟然这么easyhttps://mp.weixin.qq.com/s/fWMnM7cGZQFxfJ9CGh4JSA

(2)高级物种组成分析图
接下来小编为大家推送本期福利,物种组成的更美观、更炫的高级分析可视化图。
A、Circos物种关系图
主要适用于微生物群落研究中各样本中物种组成分析,或者是关注的物种在各样本的分布情况。圈图右侧展示的是物种信息,左侧展示样本信息,连线反应的是该物种在对应样本中所占比例。

工具使用教程:凌波微课|微课云系列教程之Circos物种关系图科研绘图小工具https://mp.weixin.qq.com/s/vlmD1v1pHd84bg9WlwOJ5w

B、ggplot2进阶版物种组成图

在进阶版的物种组成图中,除了展示各组样本在特定分类学的组成差异外,还可以展示样本的reads数据,想知道这么酷炫的图是怎么画出来的吗?具体操作方法戳下方链接哦~

工具使用教程:凌波微课|微课云系列教程之ggplot2可视化:进阶版物种组成图,高分文章用起来!https://mp.weixin.qq.com/s/6QmZHPr6a-R94un3KnK1ZA

Part 2  文献应用

接下来小编挑选了一些高分文章,让我们一起看看文献中的物种组成图应用。
Paper1:不同ps碱处理对发酵反应器微生物相对丰度的影响(a:堆叠柱状图,门水平物种组成图;b:热图,属水平物种组成图


Paper2:不同处理对门和属水平功能微生物丰度的影响(A:Circos物种关系图,门水平物种组成图;B:气泡图,属水平物种组成图

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