今天给大家带来一篇干货满满的项目介绍,让你快速了解什么是宏病毒项目,如何通过它轻松在SCI上发文!无论你是初学者还是进阶科研人,这篇文章都将成为你不可或缺的知识宝库。接下来,让我们一起揭开宏病毒的神秘面纱吧!
研究背景
病毒是生命科学研究中的“暗物质”,地球上约有8700万种病毒,其中已知的病毒不到5000种,能感染人类的病毒仅有200多种。它们在生态系统中扮演重要角色,如调控寄主群落结构和促进生物进化。
宏病毒组学是一种结合宏基因组学和病毒分子生物学检测技术的新学科,研究样本中所有病毒及其携带的遗传信息。
图1 部分病毒科的形态图(来源:https://ictv.global/report)
应用范围
适用于各种研究课题组,甚至医院环境空气也可以检测。 客户方向不明确但需要快速出文章的,宏病毒组是优选方案。 旧数据和公共数据也可以用于宏病毒组研究,提升发表机会。
图2 宏病毒组学应用举例
项目分类
整体宏基因组测序(DNA):无偏好,研究与宿主的丰度关系。 ·整体宏转录组测序(RNA):无偏好,研究与宿主的丰度关系。 ·病毒宏基因组测序(DNA和RNA分开建库):富集胞外病毒,预测宿主,但有偏向性。
图3 宏病毒组项目分类
方法比较
非富集法:直接构建文库,挑选病毒序列,推荐数据量15-30Gb。 富集法:加病毒富集剂提取病毒核酸,推荐数据量6-10Gb。 HiFi三代宏病毒组:相对于NGS,virus更长,更大概率获得环状完整病毒
案例分享
一种广泛使用的结直肠癌筛查策略是基于肠道样本的粪便潜血检测,即粪便免疫化学检测(FIT)。研究共鉴定、注释和表征出18000多种DNA病毒,仅有6%被归类到已知的分类学家族,以微小噬菌体科最为普遍;有17/25的生活方式与肠道病毒组有关。证实可以使用FIT的粪便样本,研究病毒多样性与生活方式、饮食等因素的关联。
图5 与母乳喂养显著相关的病毒家族
图6 全球土壤病毒数据库概述
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