还在手动计算Ct值?微课云平台qPCR小工具闪亮登场!

文摘   2024-08-27 00:02   内蒙古  

在做完转录组测序后,经常需要对测序结果进行验证,这时使用比较多的方法就要数qPCR了,在进行转录组测序验证的时候,使用比较多的是相对定量,一般是为了比较感兴趣的目的基因,在不同的样本中表达量的差异。

相对定量并不是测定基因的绝对量,而是分别测定目的基因和管家基因的量,再以管家基因的量为依据对目的基因进行校正,最终求得相对表达量。常用方法包括标准曲线定量和△△Ct方法等。

凌波微课云平台新推出的“qPCR相对定量基因丰度计算和绘图”工具,只需上传qpcr数据,即可自动计算△△Ct值,同时利用计算出的平均△△Ct值绘制相应的柱状图,从分析到绘图一键完成!

分析界面

下面我们一起看看使用方法吧:

第一步 上传数据:

数据格式一般为制表符分隔的txt文件,第一列为处理组名,第二列为生物学重复,第三列为技术重复,第四列为目标基因的Ct值,第五列为管家基因的Ct值。这一数据表是由qPCR仪器生成的。

上传表格点击“提交”后任务开始运行,运行完毕后点击任务编号即可查看结果。

示例结果

相对定量基因丰度计算结果文件

平均△△Ct值柱状图

是不是简单又方便,导师再也不用担心我的计算啦!快上凌波微课云平台使用吧~

常见问题


1.云平台工具需要收费吗?

答:不需要哦,云平台工具都是免费的!在线绘图工具网址:http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform,手机号注册即可分析,方便快捷,每周都会有炫酷绘图小工具上线。

2.分析时需要上传什么格式的文件?

答:云平台现在只支持制表符分隔的txt文件,使用excel另存的时候可以找到它!注意不要和Unicode格式txt文件搞混。

3.想要反馈意见建议,或者有些问题实在不知道怎么办?

答:老师们宝贵的意见和建议可以左侧菜单栏中意见反馈频道进行上传,也可以直接联系网页上方的小助教哦~

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