在R中绘制世界地图并标注采样点并不是一件难事，目前也有不少的R包提供了实现方法，如map，tmap等R包。因为前段时间有类似的作图需求，所以我也去研究了一下。虽然在R中绘制采样地图的方法已经比较完善，不过绘制世界地图的投影基本上就是经典的WGS84（世界地理坐标系统，EPSG:4326），并没有我们在一些顶刊中经常见到的robinson投影风格的采样地图。基于此，我开发了smap包，其大体过程是：通过rnaturalearth获取地图，sf包实现投影转换，ggplot2包完成绘图。
在介绍smap包的具体功能前，首先给大家展示一下该包的可视化效果。![]()
我将smap包提交到了github上，大家有需要的可以使用devtools或remotes包进行安装，如果安装不了的话也可直接使用我放在github上的源代码（https://github.com/biodiversity-monitoring/smap）。remotes::install_github("biodiversity-monitoring/smap")library(smap)
smap包主要是为了绘制robinson投影风格的采样地图而开发的，因此功能比较单一，主要包含了plot_map()，plot_sampling_points()和plot_biomes_map()三个函数。函数的详细参数可以参考我在R中提交的说明文档。该函数主要用于绘制世界地图，参数主要是draw_countries，draw_coastline和fill_color三个，用于决定是否绘制国界和海岸线，以及使用的填充颜色。![]()
# 绘制显示国家边界的世界地图plot_map(draw_countries = TRUE, draw_coastline = FALSE,fill_color = "#e0e0eb")
# 绘制只显示海岸线而不显示国界的世界地图plot_map(draw_countries = FALSE, draw_coastline = TRUE,fill_color = "#B0E2FF")
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# 绘制既无国界也无海岸线的世界地图plot_map(draw_countries = FALSE, draw_coastline = FALSE,fill_color = "#A6D96A")
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n <- 5x <- runif(n, min = 0, max = 100)y <- runif(n, min = 0, max = 50)site <- paste0("Plot ", 1:n)sampling_points <- data.frame(site = site, x = x, y = y)
p <- plot_map(fill_color = "gray", draw_countries = FALSE, draw_coastline = FALSE)
plot_with_points <- plot_sampling_points(p, sampling_points)plot_with_points
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该函数主要用于绘制包含生物群落的世界地图，生物群落数据需要自已去https://ecoregions.appspot.com/下载。（我本来想将这个数据集内置到R包中去的，但提交时造成了新的bug，而且数据本身较大也不适合上传，所以暂时放弃了这个想法。）library(sf)# 加载生物群落数据，可从https://ecoregions.appspot.com/下载biomes <- st_read("Ecoregions2017.shp")
# 为生物群落定义自定义颜色biome_colors <- c( "Boreal Forests/Taiga" = "#7AB6F5", "Deserts & Xeric Shrublands" = "#CC6767", "Flooded Grasslands & Savannas" = "#BEE7FF", "Mangroves" = "#FE01C4", "Mediterranean Forests, Woodlands & Scrub" = "#FE0000", "Montane Grasslands & Shrublands" = "#D6C39D", "Temperate Broadleaf & Mixed Forests" = "#00734C", "Temperate Conifer Forests" = "#458970", "Temperate Grasslands, Savannas & Shrublands" = "#FEFF73", "Tropical & Subtropical Coniferous Forests" = "#88CE66", "Tropical & Subtropical Dry Broadleaf Forests" = "#CCCD65", "Tropical & Subtropical Grasslands, Savannas & Shrublands" = "#FEAA01", "Tropical & Subtropical Moist Broadleaf Forests" = "#38A700", "Tundra" = "#9ED7C2")
# 绘生物群落地图plot_biomes_map(biomes, biome_colors, draw_countries = FALSE, draw_coastline = TRUE, projection = "+proj=robin")
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整个smap包其实非常简单，本质上其实就是投影的转换问题。写成R包的形式也只是一种尝试，如有不当之处，欢迎大家批评指正！
