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今天介绍第一章：《GWAS分析的主要步骤和关键要点》。
GWAS分析大体有四个部分：
1，表型数据分析
2，基因型数据分析
3，关联分析
4，候选基因分析
GWAS和QTL的区分：
QTL都是人工群体，有高度的LD衰减，所以需要比较少的标记就可以。但是QTL缩小区间，需要大量的群体才能找到交换单株，工作量巨大。
GWAS群体LD衰减距离很快，所以需要高密度的标记。GWAS成为育种群体挖掘基因的更有利工具。进而应用于MAS。
SV分析GWAS的思路：
SV也可以变为主等位纯合、杂合、次等位纯合的格式，编码为0-1-2的格式，用GAPIT分析完全没问题。
研究表明，SV的GWAS结果和SNP的GWAS结果，重复度在93%以上。同时，7%是SV单独解释的，SV解释抗病性中更大比例的变异。
做GWAS的自我灵魂拷问：
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