大家好，我是邓飞。
二分类性状的logistics可以使用plink软件进行分析。这里介绍一下数据的整理和命令的应用。
plink的语境叫“case and control”，其中0和-9都表示缺失。可以选择的方法有卡方检验和逻辑斯蒂回归（X2关联分析和logistic分析）。
「--assoc」，不允许有协变量；
「--logistic」，允许有协变量，如果考虑协变量，速度变慢。比assoc速度慢。
文件准备：
基因型文件：plink的文本文件或者二进制文件
协变量：pca，plink的pca文件即可
plink --file ../geno/c --pca 3表型数据：FID，IID，y，没有行头，二分类，1和2两种。1是case（有表型），2是control。
注意事项：
1，如果没有性别信息，在代码中加上：
--allow-no-sex2，如果有协变量，不想输出结果
--hide-covar完整代码：
plink --file ../geno/d--logistic--pheno ../pheno/clean_phe.txt--out result_logistic--allow-no-sex--covar ../covar/plink.eigenvec --hide-covar
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