大家好，我是邓飞，之前写了Haploview进行单倍型分析的教程（Haploview做单倍型教程一文打尽），有示例数据和操作流程，但是有些朋友用自己的数据分析时，会有各种问题，最近星球上有小伙伴发了一个帖子，叙述了自己的问题，各种尝试，还是错误，淡淡的忧伤和砸电脑的冲动……
https://wx.zsxq.com/dweb2/index/group/48844515845858
作为分析数据的老司机，新手遇到的错误都会遇到过，而且也有解决方案，这里总结一下常见的错误。
1，vcf变为plink，或者excel变为plink格式，然后直接读入到Haploview，卒。
vcf变为plink，以及plink提取snp导出plink格式，或者excel的格式变为plink格式，这些数据都建议用plink重新跑一下，确保数据没问题。
plink --file file --maf 0.01 --geno 0.3 --recode --out qc300如果plink运行报错，就不要往下走了，先把这个问题解决掉！
2，plink格式的map数据，需要变为info格式
简单来说，就是提取map的第二列和第四列，生成info为后缀的文件
awk '{print $2,$4}' qc300.map >qc300.info3，ped中的表型数据默认为-9，需要改为0
这个是必须的，否则就报错。
sed -i 's/-9/0/g' qc300.ped4，另外，还有一个坑，ped的ID编号中不能有-
这里建议用下划线代替
sed -i 's/-/_/g' qc300.ped搞定这些后，就可以用Haploview读取数据，进行单倍型分析了。
代码汇总：
plink --file file --maf 0.01 --geno 0.3 --recode --out qc300sed -i 's/-/_/g' qc300.pedsed -i 's/-9/0/g' qc300.pedawk '{print $2,$4}' qc300.map >qc300.info
还有一个灵魂拷问的问题，不要用所有的基因型数据做单倍型分析，只需要把显著SNP上下游一段距离（比如50kb）的位点提取出来，进行单倍型分析。
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大家好，我是邓飞，一个持续分享的农业数据分析师，这里我将自己公众号的干货内容挑重点罗列一下，方便大家阅读和使用。
1，GWAS学习教程（快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程），这个pdf是我将公众号的内容进行了汇总，更方便从头学习GWAS分析，里面配套了数据、代码和讲解，属于干货推荐的Number 1。
2，农学人如何入门数据分析资料汇总（飞哥汇总 | 入门数据分析资源推荐），里面推荐了免费的教程，包括编程、统计和专业书籍。
3，数量遗传学电子书下载（数量遗传学，分享几本书的电子版）
4，R语言电子书线上书籍推荐（学习R语言这几本电子书就够了！）
