Upgrade
时空转录组FF V1.3升级亮点
时空转录组FF V1.3在保持Stereo-seq技术“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的两大优势下，通过优化时空试剂、酶、探针设计以及算法软件完成性能优化与提升。升级后，其捕获效率大幅提升，工作流程更快速简便，用户友好性显著增强，可助力研究人员轻松获得每个细胞内的更多高质量转录本数据，为各种应用场景下的科学研究提供无与伦比的洞察力。
七大性能全面提升
时空转录组FF V1.3 Bin20水平捕获的Median Gene Type提升中位数比例为149%（基于同组织相邻切片、相同数据饱和度下，统计了已测试的所有组织样本）。凭借更强的基因捕获能力，时空转录组FF V1.3更容易实现CellBin分析。能够更真实的反映组织内单个细胞的基因表达模式，并有助于实现更高精度的细胞聚类分群以及下游个性化分析，从而实现更精细的空间分子特征研究。
左图：小鼠脑组织中时空转录组FF V1.2捕获基因数和MID数
中图：小鼠脑组织中时空转录组FF V1.3捕获基因数与MID数
右图：根据内部已测试样本统计同组织相邻切片、相同数据饱和度下，时空转录组FF V1.3 Bin20的基因中位数提升比例
时空转录组FF V1.3部分测试样本的单细胞分辨率（CellBin）聚类结果
除了提升捕获性能，我们也致力于增强产品兼容性、提高用户友好性。主要表现为：突破新鲜冰冻样本RIN≥7的限制，兼容RIN≥4的样本，这对于低质量的珍贵组织非常友好；提升透化荧光信号强度，让最佳透化时间的选择更加容易；我们将H&E封片剂集成进试剂盒，方便您根据不同研究目的灵活选择同片ssDNA染色/H&E染色，且两种染色方案都支持单细胞分割；优化试剂和生化流程，操作时间缩短4 hr+，工作流程更简单流畅，极大地提升了实验效率。
Stereo-seq分析软件包括Stereo-seq分析流程软件包（Stereo-seq Analysis Workflow, SAW）和StereoMap（ImageStudio已合并入StereoMap）。SAW主要用于分析空间基因表达数据，StereoMap是一款桌面端可视化软件，可以实现图像处理和交互式可视化探索。全新的分析软件功能更加强大，操作更加简单、易用，允许您以单细胞级分辨率（CellBin）轻松解析基因表达空间特征、探索全转录组空间奥秘。
时空转录组FF V1.3适配的分析软件主要升级亮点展示
时空转录组FF V1.3可同时以“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”实现“组织到数据 ”。该产品目前适配1 cm*1 cm以及0.5 cm*0.5 cm芯片，两种尺寸均可兼容同片ssDNA染色/H&E染色，且两种染色方案均能实现自动单细胞分割，未来将兼容更多尺寸芯片以及多组学应用方案，满足研究人员的多样化需求。
时空转录组FF V1.3全流程产品解决方案
Types
时空转录组FF V1.3已测试组织类型
时空转录组FF V1.3不仅可应用于人和小鼠，也可对其他物种进行时空全转录组信息挖掘。时空转录组FF V1.3已测试30多种人、小鼠以及其他物种的组织类型，更多样本类型测试中，将陆续加入测试列表。
时空转录组FF V1.3已测试样本类型
Application
时空转录组FF V1.3应用探索
目前，Stereo-seq已被成功应用到动物胚胎发育、脑科学、肿瘤、免疫研究、植物发育等多个不同领域， 并成功发表包括CNS在内的90余篇文章，其中IF≥10的文章为50多篇。时空转录组FF V1.3将助力科研人员在更多领域、更多应用场景持续创新，加速生命科学研究取得更多突破。
应用Stereo-seq技术已发表文章统计
1. 精准识别小鼠脑组织的细胞类型及其空间分布：在小鼠脑组织中，可以看到CellBin水平的皮层分层更明显、更符合Allen脑区分布。
左图：小鼠脑组织单细胞分辨率聚类结果(CellBin，局部区域)
右图：小鼠脑组织的Allen脑区分布示意图
2. 精确的空间单细胞分析可实现明确的组织分层：在小鼠舌组织中，上皮细胞的聚类和分层非常清晰，并符合预期的解剖结构特征。
左图：小鼠舌组织中，上皮细胞分布于基底细胞到角质细胞之间，呈层状分布。
中图和右图：标记基因Krt14的表达模式与相关细胞（基底细胞）的分布模式一致
3. 以单细胞分辨率解析CRC中的肿瘤微环境：在CRC组织中，利用Cellbin分析揭示了复杂的解剖结构和细胞组成，并对其细胞间通讯进行了探索。
左图：CRC组织中细胞类型注释结果（局部区域）
右图：与左图对应的H&E染色结果
CRC组织中8种细胞的细胞间通讯
4. 深入探究伴导管分化食管癌的空间分子特征，并精准定位细胞类型空间分布：病理诊断为食管溃疡性低分化鳞形细胞癌，空间转录组学结果提示存在伴导管分化腺鳞癌的可能性，这一发现可能会为伴导管分化食管癌的病因学研究及诊断治疗提供新的研究思路。
A：H&E染色图像与Stereo-seq转录组的细胞类型注释结果叠加(局部区域)；B：与A图对应的H&E染色结果；C：精准绘制食管癌组织癌症区域结构中细胞类型的空间排布；D-H：从H&E染色图像与Stereo-seg FF V1.3转录组的数据叠加结果(D)可看出肿瘤位于食管黏膜鳞状上皮下，呈小管样；这与病理学注释的H&E染色结果(E)一致。该结构中，外层细胞表达TP63(F)，内层细胞表达KRT7/18(G)，注释为腺上皮区ERBB2+(HER2+)(H)
本文转载自华大时空
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