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引言
今天有同学咨询是否可以直接在R语言中转录组上游分析？我开始的回答是：No。首先，自己也没做过，此外，也不是很推荐直接在本地做上游分析。但，在Windows或MAC本地做RNA-seq上游分析是可以实现的（PS：很多生信软件都有MAC版本的，操作与Linux基本是一致的，SO，无需多说）。在本地做RNA-seq上游分析，我这边推荐使用TBtools的插件。
桌面笔记本本地分析，若是你的数据量很少，是可以的。但是，若是数据量太大，那么我们依旧是推荐大家使用服务器分析。
我们同学说：
R语言很熟悉，但是Linux是很少接触。那么，是否可直接使用在R语言中做分析呢？
最开始的回答是：NO。
但是，后面我想到我看到“生信钱同学”分享的一篇关于在R语言中做上有分析的教程。后面，我就搜索了对应的教程一看。
确实可以！以及也给了对应的代码。
文章
文章发布在BioRxiv中，标题为：GEO2RNAseq: An easy-to-use R pipeline for complete pre-processing of RNA-seq data。doi: https://doi.org/10.1101/771063
实际运行
我自己也尝试查找对应的代码，但是确实没有找到作者提供的代码在什么地方。作者在anaconda中提供了对应的网址。但是，是使用conda进行安装。
目前，我使用conda install xentrics::r-geo2rnaseq暂未安装成功。
但是，你直接在源码包，进行安装。（PS：自己下载了）
但，这个也不能直接在R语言中直接调用吧？？？
此外，在google中搜索，可以看到以下网址。
https://bitbucket.org/thomas_wolf/geo2rnaseq/overview无法访问。
https://hub.docker.com/r/xentrics/geo2rnaseq进入如下界面。
我根据这里面的网址，访问进去都是404，不知道是我这边没有权限，还是本就无法访问。
其他人是否可以使用呢？
不知道。
我自己真没找到对应代码，以及如何使用R语言下载安装此包。
代码
若是你感兴趣，可以自己通过自己网络资源，来折腾一下。看看是否可以找到，对应的资源。可以通过“生信钱同学”的代码进行运行。
生信钱同学关于GEO2RNAseq的代码，我们这里就做个记录，直接使用"生信钱同学"原教程的代码。
由于，我第一步加载Geo2RNAseq包就没完成，后面的操作，也没做。
往期部分文章
1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）
推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。）
2. 精美图形绘制教程
3. 转录组分析教程
4. 转录组下游分析
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