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本期教程
引言
在以前的教程中，出过多个GO富集或KEGG富集分析及绘图教程，如R语言绘图 | GO富集柱状图,R语言绘图 | 多组GO和KEGG富集结果，分面堆积柱状图,富集桑基气泡图绘制教程,R语言绘图 | GO、KEGG等富集棒棒图,aPEAR包绘制功能富集网络图,绘制差异基因富集柱状图等。但是，对于GOCircle弦表图的绘制教程是空缺的。
读图
左图：灰色背景标识DEG的LogFC值，包含up和down基因。中间表示每个GO term的Z-score值。右图：表示GO term。
Z-score值计算：（up-down）/squrt(count)。
Code
# install.packages("GOplot")
library(GOplot)
使用事例数据
#'@来自与R包的事例数据
data（EC）
#使用 circle_dat 函数生成用于绘图的数据对象
circ<-circle_dat(EC$david, EC$genelist)
# 绘制 circ# 绘制 GOCircle 图
##'@绘制基础图形
p <- GOCircle(circ,
nsub = 5, # 显示前5个GO条目
label.size = 3, # 标签字体大小
table.legend = TRUE, # 显示图例
zsc.col = c("blue", "red"), # LogFC值的颜色梯度
lfc.col = c("blue", "red")) # LogFC值的颜色梯度
ggsave("./20241121.GOplot.jpg",plot = p,width = 8,height = 4)
使用自己的富集结果进行会绘图
我们在使用R绘图时，会存在使用事例数据，可以正常分析和绘图，但是一旦使用自己数据，就无法运行，以及很多教程也只给你事例数据的代码。
加载富集数据集
setwd("D:\\小杜的生信笔记\\2024\\20241121_Goplot绘制富集图")
# 导入对应的数据
GO_data <- read.table("01.GO.Results.txt",header = T, sep = "\t")
GO_data[1:5,1:5]
FC_data <- read.table("02.DE_logFC.txt",header = T, sep = "\t")
FC_data[1:5,1:2]
生成用于绘图的数据对象
