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引言
昨天我们分享了GO富集GOCircle弦表图绘制教程，在此教程的基础上，我们依旧使用GOplot包绘制GO富集气泡图。
数据类型和准备都是一样，都是基于GO富集结果和LogFC值。
本期教程
Code
数据处理请参照GO富集GOCircle弦表图绘制的方法
基础教程
GOBubble(circ, labels = 3.2) ## labels = 3，表示：在绘图时，仅对-log(p) > 3的term进行标注
参数修改
GOBubble(circ, labels = 3.2, ## labels = 3，表示：在绘图时，仅对-log(p) > 3的term进行标注
title = NULL,## 标题
colour = c('firebrick3', 'orange', 'royalblue3'),# 修改颜色
display = 'multiple' ## BP,MF，CC分开绘制
)
添加背景颜色，及Term
GOBubble(circ, labels = 3.2, ## labels = 3，表示：在绘图时，仅对-log(p) > 3的term进行标注
title = NULL,## 标题
colour = c('firebrick3', 'orange', 'royalblue3'),# 修改颜色
display = 'multiple', ## BP,MF，CC分开绘制
bg.col = T, # 添加背景颜色
ID = F # 显示Term
)
参数
参考
https://zhuanlan.zhihu.com/p/659582144 https://blog.csdn.net/sweet_yemen/article/details/125496149 https://mp.weixin.qq.com/s/4zjLpTf8byuMWbs3PVi_dg
R的版本信息
> sessionInfo()
R version 4.4.0 (2024-04-24 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64
Running under: Windows 11 x64 (build 22631)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.utf8
[2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.utf8
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.utf8
[4] LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.utf8
time zone: Asia/Shanghai
tzcode source: internal
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets
[6] methods base
other attached packages:
[1] tidyr_1.3.1 dplyr_1.1.4
[3] GOplot_1.0.2 RColorBrewer_1.1-3
[5] gridExtra_2.3 ggdendro_0.2.0
[7] ggplot2_3.5.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] vctrs_0.6.5 cli_3.6.3 rlang_1.1.4
[4] purrr_1.0.2 generics_0.1.3 textshaping_0.4.0
[7] labeling_0.4.3 glue_1.6.2 colorspace_2.1-1
[10] ragg_1.3.2 scales_1.3.0 fansi_1.0.6
[13] grid_4.4.0 munsell_0.5.1 tibble_3.2.1
[16] MASS_7.3-61 lifecycle_1.0.4 compiler_4.4.0
[19] pkgconfig_2.0.3 rstudioapi_0.16.0 systemfonts_1.1.0
[22] farver_2.1.2 R6_2.5.1 tidyselect_1.2.1
[25] utf8_1.2.4 pillar_1.9.0 magrittr_2.0.3
[28] tools_4.4.0 withr_3.0.1 gtable_0.3.5
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往期部分文章
1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）
推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。）
2. 精美图形绘制教程
3. 转录组分析教程
4. 转录组下游分析
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