一边学习,一边总结,一边分享!
由于微信改版,一直有同学反映。存在长时间接收不到公众号的推文。那么请跟随以下步骤,将小杜的生信筆記设置为星标,不错过每一条推文教程。
欢迎关注《小杜的生信笔记》!!
如何加入社群
小杜的生信笔记
,仅有微信社群。
1. 微信群:付费社群。添加小杜好友,加友请知:加友须知!!,加入社群请查看小杜生笔记付费加友入群声明。
2. 小杜个人微信:若你有好的教程或想法,可添加小杜个人微信。值得注意的是,小杜个人微信并不支持免费咨询长时间咨询,但支持小问题2-3个免费咨询。
小杜微信:
知识星球:
2022年教程总汇
2023年教程总汇
引言
大家好,今天分享如何将自己的测序数据上传到NCBI数据库中。我们操作简单,帮助首次上传的同学解决问题。
若是你很熟悉流程可以直接跳过1-4的步骤,从第5个步骤开始。1. 创建
New submission
,网页:https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/
操作流程
1. 进入NCBI网页,网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
注意:若是没有NCBI账号的需进行注册。
2. 找到submit
,并进入。
3. 点击SRA
,点击Suggest tool
。
4. 点击Sumit
。
5. 点击New Sumbiission
。
你也可以直接进入此网页:https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/
6. 提交个人信息,点击Continue
。
7. 创建BioProject。
Do you already have a BioProject accession number for this research? 你是否已经为这项研究准备了生物项目登记号码?
选择“NO”,我们这里没有。
Do you already have BioSample accession numbers for these samples? 你是否已经有这些样本的生物样本登记号码?
选择“NO”,我们这里没有。
When should this submission be released to the public?
自己结合实际情况设置,这个时间可以在后期进行调整。
请记住这里选择的时间,后面可能会使用到。
上述设置好后,点击Continue
8. 提交项目的名称,带*号必须填写。
若是不会写,可以看已发表的SRA如何填写
9. 选择生物样本类型。
将页面拉到最下面,我们选择plant
,点击Continue
。
10. 提供样本属性。
How do you want to provide your BioSample attributes?您希望如何提供 BioSample 属性?
使用内置的表编辑器 使用 Excel 或文本格式(选项卡分隔)上传包含每个 BioSamples 属性的文件
我们这里建议使用第二种方式,自己在本地构建好进行上传。
--下载模版。
填写信息
其中绿色为必填项,蓝色为选填项,黄色为非填项
如果绿色的任何必填字段的信息不可用,可输入“not collected”、“not applicable”或“missing”替代。蓝色虽为选填项,但至少填写一个,同样出现何必填字段的信息不可用,请输入“not collected”、“not applicable”或“missing”替代。黄色可以不予填写。每一个单元格填写是有格式要求的,可以点击需要填写的列名查看具体格式!
来自https://mp.weixin.qq.com/s/FSS10oivlCoWZ0BWxcdwrw参考推文。
11. 将相关信息填写好后,上传到数据。点击Continue
。
这里会检测你提交的数据是否符合要求,若是为按要求填写,会指出错误。
12. 提交SRA数据。
How do you want to provide your metadata?
我们这里建议使用第二种方式,自己在本地构建好进行上传。
(1) 表格中你需要填写相关内容,有些内容与前面提交的表格一致。
主要填写这部分的内容。
注意:这部分呢需要填写与你自己数据名一致
填写好后,上传到数据。点击Continue
,这里依旧会检测你文件是否正确。
13. 上传数据。
提供了三种方式。
(1)直接使用网页版上传
(2)使用FTP or Aspera上传,会提供给你对应的操作步骤
Please complete your submission within 30 days of creating a folder. If you upload files and do not submit them, they will be automatically deleted 30 days after folder creation.
项目创建后,30天内你需要将数据上传到NCBI中,否则将失效。
ok!NCBI上传数据的操作就是这样的简单,我们的教程希望对弈你有帮助!
若我们的教程对你有所帮助,请点赞+收藏+转发,大家的支持是我们更新的动力!!
往期部分文章
1. 最全WGCNA教程(替换数据即可出全部结果与图形)
推荐大家购买最新的教程,若是已经购买以前WGNCA教程的同学,可以在对应教程留言,即可获得最新的教程。(注:此教程也仅基于自己理解,不仅局限于此,难免有不恰当地方,请结合自己需求,进行改动。)
2. 精美图形绘制教程
3. 转录组分析教程
4. 转录组下游分析
小杜的生信筆記 ,主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!