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本期教程
Code
1. 导入所需R包
##'@基于ggplot绘制气泡热图
# 加载所需的R包
library(ggplot2)
library(dplyr)
2. 导入数据
df_data <- read.csv("Inputdata.csv",header = T)
df_data[1:10,1:5]
3. 自定X轴义顺序
custom_order <- c("HSC", "LMPP", "GMP", "Granulocyte", "Monocytes", "DendriticCell",
"CLP", "pro_B", "T", "MEP", "MK_Prog", "EarlyErythroid",
"LateErythroid", "Basophil")
df_data$id <- factor(df_data$id, levels = custom_order)
4. 自定义Y轴顺序，也可以直接在输入数据中就进行
gene_order <- c("MS4A3","HDC","RUNX1","HBB","AHSP","KLF1","PKIG","SLC40A1","CNRIP1",
"DAD1","PLEK","PBX1","VPREB1","EBF1","CD79A","LTB","ADA","DNTT","IKZF1",
"JCHAIN",'IRF8',"IRF7","IL3RA","LYZ","CSTA","FCER1G","ELANE","AZU1","PRTN3",
"CTSG","MPO","FLT3","LSP1","SPINK2","SATB1","CRHBP","HOPX","AVP")
df_data$features.plot <- factor(df_data$features.plot, levels = gene_order)
5. 主题设置
mytheme <-
theme(axis.title.x = element_blank(),
axis.title.y = element_blank(),
axis.text.x = element_text(size = 12, angle = 0),
axis.text.y = element_text(size = 10),
legend.text = element_text(size = 10),
legend.text.align = 0.5,
legend.title = element_text(size = 12, hjust = 0))
绘图
## Y轴基因倒置一下，使用rev()函数
df_data$features.plot <- factor(df_data$features.plot, levels = rev(gene_order))
ggplot(df_data, aes(x = id, y = features.plot, size = pct.exp, fill = avg.exp.scaled)) +
geom_point(alpha = 1, color = "black", shape = 21, stroke = 0.5) + # stroke参数控制边框的粗细
scale_size(range = c(1, 8), limits = c(1, 100)) + # 调整点的大小范围和数据限制
scale_fill_gradient(low = "white", high = "#f32a1f") + # 更改填充颜色
theme_classic() +
labs(x = NULL,
y = "Features", size = "Percent\nExpressed", fill = "Avg\nExpression") +
# 自定义图例
guides(size = guide_legend(override.aes = list(fill = "black"), # 图例的点填充为黑色
order =1),
fill = guide_colourbar())+
mytheme+
theme(axis.text.x = element_text(angle = 90,hjust = 1),
axis.line = element_line(size = 0.5)) ##'@修改X轴和Y轴粗度
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1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）
推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。）
2. 精美图形绘制教程
3. 转录组分析教程
4. 转录组下游分析
小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!
