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引言
前段时间，有同学在社群咨询如何使用conda管理R语言环境？
说实话，自己一直未使用Bioconda版本的R语言，因此也不知道如何操作。那么今天，我们就学习一下相关的知识。
你要选择那种方式？取决于自己的使用情况。
小杜习惯，直接使用原生的R和Rstuido环境，便于自己的操作和管理。
其实，我们任何一种软件，主要能达到自己的目的就可以，便于自己，满足自己。并不是所有新的事物都要学习，可以进行了解，但是适不适合于自己，还应该自己斟酌。
软件安装
安装biocoda
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc
添加镜像
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
$ cat ~/.condarc
channels:
- conda-forge
- bioconda
- defaults
添加其他镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
注意：这里可以将conda换成mamba，操作是一样的。
安装R
#使用conda搜索R
conda search r-base
conda install -c conda-forge -y r-base
#
mamba install -c conda-forge -y r-base
安装R包
使用conda管理R语言，安装包，与传承的方式不一样。
conda search deseq2
Loading channels: done
No match found for: deseq2. Search: *deseq2*
# Name Version Build Channel
bioconductor-deseq2 1.8.2 r3.2.2_0 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_0 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_1 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.1 r3.2.2_0 bioconda
#安装deseq2包
conda install -y bioconductor-deseq2
R 包的迁移
升级 bioconda 全部软件
更新基础 conda
mamba update -n base -c defaults conda
更新全部包
mamba update -y --all
Ending
其实看了使用bioconda管理R语言，自己还是不太喜欢这样的管理方式。原因可能是自己一直使用Rstudio进行R包的管理和使用。但是，我们最开始衣也说过，一切按适合自己的方式。我们所有学习和了解，最终的目的是服务自己。
参考
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推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。）
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3. 转录组分析教程
4. 转录组下游分析
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