北京大学成都前沿交叉生物技术研究院公共技术平台介绍

学术   2024-09-22 10:01   北京  

      北京大学成都前沿交叉生物技术研究院公共技术平台是在成都高新区的大力支持下建设的首批院级公共平台。平台硬件设施完备,人才队伍技术过硬,可以实现从基因组/蛋白质组测序、生信分析到细胞表型筛选的一站式检测。



生物信息与计算生物平台


生物信息与计算生物平台通过搭建具有强大的大数据处理和并行计算能力的高性能计算机集群,以承载和支撑生物和医学计算为中心的任务。在计算资源方面,目前集群共有适用于通用的CPU任务的38个计算节点、适用于大内存占用的CPU任务的6个胖节点、适用于通用的GPU任务的3个四卡L40 GPU节点和2个八卡L40 GPU节点以及适用于大显存占用的GPU任务的2个含NVLink的八卡A800 GPU节点。在存储空间方面,目前集群拥有8PB的生产存储和6.7PB的归档存储,可以容纳大量的生物和医学数据。

服务项目:

  • 计算:高性能计算机集群的CPU和GPU节点为研究者们提供强大的并行计算服务。

  • 存储:高性能计算机集群的生产存储和归档存储为研究者们提供稳定可靠的大数据存储服务。

  • 软件:生物信息学与计算生物学软件为研究者们提供常规的生物医学计算和分析服务。

  • 开发:生物信息与计算生物平台可为研究者们提供计算软件或网站开发服务,促进成果转化。

平台资源:



高通量测序平台


高通量测序平台搭建了覆盖从核酸提取、文库构建到上机测序的全流程大型仪器和高端技术,可检测包括血液、新鲜组织、细胞、FFPE、病毒、细菌等在内的各种生物样品的DNA及RNA,综合运用包括全基因组测序、全基因组甲基化测序、ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、 Cut&Tag等多种文库构建策略,涵盖肿瘤早筛、肿瘤突变基因检测、遗传性肿瘤基因检测、产前筛查、病原微生物检测等相关研究。

服务项目:

  • 细胞、组织、血液、病毒等生物样本中核酸提取;

  • 细胞破碎、蛋白质提取、染色质和核酸片段化;

  • 蛋白分析、DNA及RNA片段分布及分析;

  • 核酸定量(Qubit绝对定量和实时荧光相对定量);

  • 文库测序(MGI、illumina和特殊结构文库);

  • NGS文库构建(WGS、WGBS、 RNA-seq 、EM-Seq 、 ChIP-seq 、 ATAC-seq 、Cut&Tag等)。

平台资源:



生物分子相互作用测定平台


生物分子相互作用测定平台搭建了从蛋白质表征、分子互作表征到生物活性分析的多层面大型仪器和高端技术支撑平台,可检测包括小分子、DNA、多肽、糖、蛋白质、病毒、细菌等在内的各种生物样品,涵盖蛋白质量表征、靶点发现与确认、高通量药物筛选、规模抗体筛选、结合表征、生物标志物发现、分子识别机制等相关研究。

服务项目:

  • 检测分子间相互作用的解离平衡常数(KD);

  • 检测分子间相互作用的动力学参数(ka和kd);

  • 检测分子间相互作用的热力学参数,包括:吉布斯自由能ΔG、焓变ΔH 和熵变ΔS;

  • 检测反应的化学计量比(N);

  • 测定生物样品的活性浓度、效价鉴定;

  • 检测生物样品稳定性、质量控制及储存条件筛选;

  • 蛋白样品粒径、聚集状态及绝对分子量的检测;

  • 检测酶反应动力学,酶活性相关分析;

  • 样品蛋白表达定量分析。

平台资源:



生物质谱平台


生物质谱平台的目标定位主要是为生物学、医学和药物研究提供高效、准确的质谱分析服务。通过利用质谱技术,生物质谱平台可以对生物样品中的蛋白质、代谢产物、药物等进行定量和定性分析,帮助研究人员深入了解生物体内的分子组成和代谢途径,从而为疾病诊断、药物研发等领域提供重要支持和指导。

服务项目:

  • 定量蛋白质组学分析:对不同样品中的蛋白种类和表达水平进行全局性分析,所有种类的定量技术均可实现;

  • 代谢组学分析:对生物体内代谢产物进行分析,包括代谢产物的种类、浓度和变化趋势等信息;

  • 蛋白质-蛋白质相互作用研究:结合亲和富集和交联质谱等策略,对蛋白间的相互作用进行全局性分析;

  • 蛋白质修饰分析:对磷酸化、乙酰化、泛素化等多种不同类型的修饰进行定性及定量分析。

  • 化学蛋白质组学分析:利用活性探针标记结合质谱定量的方法,对细胞中的蛋白质功能位点、催化活性中心以及翻译后修饰是进行全局性分析。

  • 化合物结构测定:利用核磁波谱仪可以对有机物质的化学键进行检测,辅助确定化合物的结构。

平台资源:



流式分析和分选平台


流式分析和分选平台运用流式细胞仪在单细胞水平上进行多参数、高通量的定量分析和分选,广泛的运用于从基础研究到临床实践的各个方面,涵盖了细胞生物学、免疫学、血液学、肿瘤学、药理学、遗传学及临床检验等领域,在各学科中发挥着重要的作用。

服务项目:

  • 流式分析与分选平台一直致力于为用户提供先进的实验服务,开展以细胞分析和分选为基础的科学实验,包括多色流式抗体配色、高通量细胞分析与分选、实验结果的图像处理与数据分析等各项服务。

  • 除此以外,平台还为院内外用户提供定期的流式理论知识、前期样品制备、各类流式仪器上机操作以及FlowJo数据处理软件的系统培训。

  • 同时,本平台也对研究院外的研究机构和企业全面开放。

平台资源:



细胞成像平台


细胞成像平台是一个高度集成的系统,它配备了Lionheart FX全自动智能成像分析系统、Operetta CLS高内涵分析系统和细胞成像多功能微孔板检测系统,该平台提供了多通道检测能力,可以在单个实验中获取多个参数,如荧光强度、细胞数量、细胞纹理变化和形态变化等。平台可控的气体功能允许对细胞进行长时间培养,能动态监控实验从而不会错失任何关键事件,为细胞学实验提供深度有意义的见解。

服务项目:

  • 用于细胞内的核酸定量、蛋白定量、内毒素检测、细胞活性检测、酶活性检测、钙流检测等;

  • 监测细胞数量与细胞形态等的实时变化;

  • 用于细胞生长、迁移、分裂和凋亡等过程的长时间培养分析;

  • 由于微组织(斑马鱼、组织切片等)的荧光定量观察分析。

平台资源:


实验室展示


生物信息与计算生物平台


高通量测序平台


生物分子相互作用测定平台


生物质谱平台


流式分析和分选平台


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公共技术平台服务邮箱:

tech-platform@aaib.pku.edu.cn


END

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