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中医药的火爆程度小仙无需多言，“药食同源”是中医药一个重要的概念，作为一种提高身体免疫力的重要手段，前景不可限量。那药食同源的研究怎么做，如何跟咱们得生信联系起来，又有哪些期刊可以接收呢？小仙今天就给大家讲一讲。首先推荐一本食品方向的国人友好期刊Food Chemistry，它接收“药食同源”方向的文章。它发表有关食品化学和生物化学的进展或所使用的分析方法/方式的论文。年发文量大(3000左右)，国人发文排名第一，对国人非常友好，千万不要错过啊！文章出版可以选择非OA模式，无需版面费，如果选择OA公开出版，版面费4570美元。接下来，小仙给大家带来一篇“药食同源”方向的研究，看看怎样的设计能上这本双一区8+神刊。这篇文章采用代谢组学和网络药理学相结合的研究思路，探究了栲属蜂蜜抗化脓性链球菌的作用机制。此外，文章并非是纯生信研究，而是采用了超具性价比的干湿结合思路，先是通过实验方法探究各种蜂蜜的抗菌能力和效果，然后结合代谢组学和网药进行了研究，思路清晰，而且超易复现！学会了这篇的思路设计，缩短时间不说，拓展一下，还能一举拔得国自然的头筹！想复现请扫码联系小仙吧。定制生信分析
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题目：代谢组学和网络药理学揭示了栲属蜂蜜抗化脓性链球菌的作用机制化脓性链球菌(GAS)是毒性和传染性最强的细菌之一，严重威胁着全世界人民的健康和生命。蜂蜜已被证明具有抗GAS的有效能力，但潜在的代谢物和机制尚不清楚。基于多平台代谢组学、网络药理学和分子对接的联合策略，探索蜂蜜代谢物组成与栲属蜂蜜（CH）抗菌作用机制之间的关系。8种天然蜂蜜和人工蜂蜜的MIC（最低抑菌浓度）和MBC（最低杀菌浓度）结果表明，8种天然蜂蜜对GAS的抗性都比人工蜂蜜强。CH的抑菌能力最强，表明栲属蜂蜜（CH）有潜力作为抗菌药物用于治疗GAS。因此，选择CH 进行进一步的实验。接下来，作者研究了CH对GAS生长曲线、生物膜、细胞膜和细胞壁的影响，结果表明， CH对GAS的生长水平具有剂量依赖性，而且1/2 MIC和MIC浓度的CH均能有效抑制GAS生物膜的形成和去除已形成生物膜。此外，CH显著增加了GAS细胞膜和细胞壁的通透性，从而损害了细菌的正常功能和形态，从而抑制了细菌的生长。在确定了CH可以通过多种方式抑制GAS的生长后，作者接下来通过代谢组学探讨CH对GAS的抑制机制，采用UPLC-Q/TOF-MS和GC-MS两种多平台代谢组学方法，综合表征了CH处理后GAS的代谢物变化。PCA和PLS-DA分析结果如图1A和B所示。聚类热图分析显示1/4 MIC和1/2 MIC的CH治疗组聚为一组(图1C)。同时，CK组与1/2 MIC治疗组的距离更远(图1C)。因此，采用火山图比较分析1/2MIC CH治疗组和CK组代谢物成分 (图1D)。结果表明,共54个代谢物中发现显著差异,这些代谢物的变化可能是抑制GAS的原因。 为了进一步揭示这些差异代谢物对细菌生物学功能的影响，作者基于KEGG数据库进行了代谢途径富集分析，谷胱甘肽代谢被认为是最重要的代谢途径，显示了CH治疗后GAS的变化（图2）。 接下来作者进一步通过正己烷、氯仿、乙酸乙酯、正丁醇、乙腈等化学分离手段全面表征了CH的代谢物组成，并结合抗菌活性，采用UPLC-Q/TOF-MS和GC-MS对CH进行了抗菌代谢物筛选。结果表明，正丁醇和乙腈提取物的产率最高，正己烷提取物的产率最低（图3A），各提取物均具有抗菌能力（图3B）。从这5组提取物中共检测到228种CH代谢物，这些不同的CH提取物可以通过PCA和PLS-DA进行显著区分(图3C, D)，表明这些提取物中代谢物的组成存在显著差异。在正己烷提取物中检测到的代谢物最少，主要是有机酸(图3E和3F)。 接下来作者通过网络药理学预测了CH的抗菌代谢物以及抗菌靶点。最终发现芹菜素、槲皮素、染料木素、4-羟基苯甲酸、苯乙酸、2-酮丁酸、2-丁烯二酸、水杨酸、1,5-无氢己醇等9种代谢物与GAS靶点高度相关，提示这9种代谢物可能在CH的抗菌活性中发挥关键作用。谷胱甘肽过氧化物酶和酪氨酸tRNA合成酶可能是CH抗菌活性的关键靶点。作者将筛选到的9种具有潜在抑菌活性的代谢产物分别与预测的两种蛋白谷胱甘肽过氧化物酶和酪氨酸tRNA合成酶对接，具有不同的结合能（图4）。 CH对GAS谷胱甘肽过氧化物酶和酪氨酸tRNA合成酶活性及氧化应激水平的影响 基于网络的药理学和分子对接分析结果揭示了谷胱甘肽过氧化物酶和酪氨酸tRNA合成酶在CH抗gas特性中的重要作用。结合基于KEGG和GO通路富集分析的结果，作者们推测氧化还原状态的改变可能是CH抑制GAS的主要原因之一。为了验证这一推测，在CH处理后，测定了GAS的氧化应激水平以及谷胱甘肽过氧化物酶和酪氨酸tRNA合成酶的活性。结果表明，以1/4 MIC浓度处理后，GAS氧化应激水平显著升高，谷胱甘肽过氧化物酶和酪氨酸tRNA合成酶活性也显著升高（图5）。这篇文章结合多变量分析、网络药理分析、分子对接等方法筛选CH中的抗菌代谢物和靶点。还是网药文章的那些套路，换个选题方向就能发8+，看完是不是觉得“我又行了”呢？心动不如行动，快来扫码联系小仙吧！成熟的分析方法和发文思路，助力你拿捏高分文章！小仙现在也有了一个专业交流群，诚邀各位一起交流学习，扫码联系备注加群就能进来。或许你现在刚踏进科研的门槛，或许学到一个新思路不知道怎么跟自己的课题更好结合，亦或者遇到科研瓶颈，不妨进来一起“头脑风暴”，兴许就能找到科研灵感。欢迎大家带着问题来找小仙~
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