小仙每日都在忙忙碌碌寻好物！！为药学和植物科学方向的小伙伴们再次发掘出一本宝藏期刊——《Journal of Ethnopharmacology》，虽然IF仅4.8，但贵在投稿流程不拖拉，药理学Top，国人发文量稳坐第一！投稿到接收一般2到3个月，年发表量约为1281篇（OA发表可选）。非常适合聚焦于药学与植物科学相关的传统研究等方向的小伙伴踊跃投稿（别再愁中医药发不了SCI啦）如果生信部分结合得很好，接收机会更是大大的~
说了这么多，赶紧上干货思路才是要紧事！小仙今天分享的这篇文章，整合了代谢组学与网络药理学，多维度探究葛根抗肺纤维化机制，比常规网药SCI方法更全面。此外，作者聚焦精氨酸代谢通路，揭示其在葛根治疗肺纤维化中的关键作用，研究角度新颖且深入。最后使用了动物实验、分子对接及多种检测方法对关键靶点和通路进行验证，证据链完整，可信度高。PS：网药虽火但也不是随便水水就能发的，多组分析加入绝对是如虎添翼！发文最关键的一点就是要注重选题的新颖性！感兴趣有时间学习，可以体验小仙精心准备的课程，没时间自学，小仙也可以帮你解决选题、分析难的问题！
定制生信分析
云服务器租赁
加好友备注“22”领取试用
²题目：结合代谢组学和网络药理学分析探讨葛根抗肺纤维化的机制：精氨酸代谢途径的参与
²杂志：J Ethnopharmacol
²发表时间：2024年10月5日
研究背景
肺纤维化（PF）是一种慢性进行性肺部疾病，病理机制复杂，涉及细胞外基质沉积、成纤维细胞增殖等，目前治疗选择有限。葛根（Pueraria lobata）是一种在中国和东南亚有悠久应用历史的药食两用植物，具有抗炎、解热等多种特性，对纤维化相关疾病有治疗作用，但其对 PF 的作用机制尚不清楚。在 PF 中发生异常，与胶原蛋白合成和气道重塑紊乱有关，调节精氨酸代谢可能有利于缓解 PF。
数据来源
数据来源 | 信息说明 |
HERB、ETCM 和 TCMSP 数据库 | 用于收集葛根的活性成分和靶点信息 |
Genecard 数据库 | Genecard 数据库 |
HMDB（http://www.hmdb.ca/）、Metlin（https://metlin.scripps.edu/）和 Meiji 自构建库 | HMDB（http://www.hmdb.ca/）、Metlin（https://metlin.scripps.edu/）和 Meiji 自构建库 |
Majorbio Cloud Platform（www.majorbio.com） | Majorbio Cloud Platform（www.majorbio.com） |
string（https://string-db.org/）平台 | string（https://string-db.org/）平台 |
相应数据库和网址都给大家展示出来了，还有其他用到的软件和在线平台在文中也有详细的说明，感兴趣的朋友可以在后台获取全文查看细节。大量的数据处理起来，电脑很容易卡顿，小仙想你肯定需要一个稳定的服务器！最近活动很吸引人哦，速速来了解吧！
研究思路
研究结果
1.葛根对肺纤维化大鼠病理症状的改善
葛根显著改善了博来霉素诱导的肺纤维化（PF）大鼠的体重和肺功能指标，包括动态肺顺应性（Cdyn）、呼气流量50%呼气量（EF50）和峰值呼气流量（PEF）。此外，葛根还显著保护了肺泡组织结构，减轻了炎症细胞的浸润，并减少了肺组织中胶原纤维的沉积。这些结果表明，葛根对PF大鼠具有明显的治疗作用。
2.葛根治疗PF的潜在生物标志物和代谢途径分析
利用代谢组学分析，作者筛选出了20种差异代谢物，涉及氨基酸、脂质、黄酮类、花生四烯酸代谢物和糖苷等。以上代谢物在PF大鼠模型中表现出显著的变化，而葛根的干预显著调节了这些代谢物的水平。进一步的代谢途径分析揭示了6条主要的代谢途径，包括精氨酸生物合成、精氨酸和脯氨酸代谢、氮代谢、细胞色素P450代谢、花生四烯酸代谢和色氨酸代谢。
3.葛根活性成分与PF治疗的网络药理学分析
网络药理学分析揭示了葛根中的活性成分和PF治疗的潜在靶点之间的相互作用。通过数据库筛选和网络分析，作者确定了16种葛根的活性成分和6249个PF相关靶点。通过分子对接技术，随后作者又进一步验证了这些活性成分与核心靶点之间的相互作用，特别是葛根中的黄酮类化合物与NOS2、MMP9和TNF-α等靶点的结合能力。
4.葛根治疗PF的GO和KEGG富集分析
分析结果显示，上面提到的活性成分主要影响与精氨酸代谢、炎症反应和细胞外基质沉积相关的过程。这些结果与代谢组学分析和网络药理学分析的结果相一致，进一步证实了葛根通过调节精氨酸代谢途径来治疗PF的潜力。
5.葛根活性成分与核心靶点的分子对接
分子对接分析显示，葛根中的活性成分与PF治疗的核心靶点具有较高的结合亲和力。特别是葛根中的异黄酮与NOS2靶点的结合能量最低，表明它们之间可能存在较强的相互作用。这些结果为葛根治疗PF的分子机制提供了直接的证据。
6.葛根活性成分与核心靶点的相互作用网络
通过将分子对接的结果与网络药理学分析相结合，作者构建了一个包含葛根活性成分、候选靶点、差异代谢物和相关代谢途径的复杂网络。这个网络揭示了葛根治疗PF的多靶点、多途径作用机制，强调了精氨酸代谢途径在葛根治疗PF中的核心作用。
7.葛根对PF大鼠病理症状的改善和实验验证
最后，补充生化分析和分子生物学实验，验证了葛根对PF大鼠病理症状的改善作用。葛根显著降低了PF大鼠肺组织中NOS2、TNF-α和MMP-9的表达水平，并减少了NO和羟脯氨酸的含量。这些结果进一步证实了葛根通过调节精氨酸代谢途径相关信号分子来改善PF的疗效。
文章小结
该研究整合多方法探究葛根抗 PF 机制。通过动物实验验证葛根疗效，代谢组学筛选差异代谢物，网络药理学预测靶点通路，分子对接验证相互作用，最终确定精氨酸代谢通路关键作用。还能怎么拓展呢？小仙觉得可以换个疾病复现，进一步探究葛根活性成分的作用机制，深入探究精氨酸代谢通路中其他分子靶点，开展临床研究验证葛根在治疗中的有效性和安全性。PS：对这样一篇内容丰富的文章思路感兴趣，欢迎找小仙聊聊！机制挖掘和确定，少不了生信分析手段，小仙可以帮你个性化思路设计和数据处理，当然还有在线课程助力，快来免费评估和体验课程试试吧！
微信加群
小仙现在也有了一个专业交流群，诚邀各位一起交流学习，扫码联系备注加群就能进来。或许你现在刚踏进科研的门槛，或许学到一个新思路不知道怎么跟自己的课题更好结合，亦或者遇到科研瓶颈，不妨进来一起“头脑风暴”，兴许就能找到科研灵感。欢迎大家带着问题来找小仙~
定制生信分析
云服务器租赁
加好友备注“22”领取试用
往期推荐
1 | |
2 | IF=26.8！不是吹牛，是真的牛！复旦大学团队：巨噬细胞+单细胞+脂代谢+免疫治疗热点堆堆乐，简直是好吃到不行的国自然全家桶！ |
3 |
注：资料源自网络平台和官网，版权归原作者享有，仅作分享，如有侵权，请留言联系更正或删除。
