MR又出新思路——网状孟德尔随机化!浙大李雪/浙江中医药大学杜仲燕团队,双数据库、双疾病,4图1表,40天接收!

学术   2024-12-23 21:54   上海  


要问小编现在还有什么比较容易发SCI的方向,小编肯定首推孟德尔随机化。
今天,小编在pubmed冲浪时被一篇题为“Network Mendelian randomization……”的文章吸引住了,暂且称其为网状孟德尔随机化,进一步检索后没找新的文献,全网就这一篇!
这篇文章是由浙大李雪、浙江中医药大学杜仲燕联合浙大李雪/浙江中医药大学杜仲燕以及世界顶尖医科大学卡罗林斯卡医学院联合发表。该研究基于UK Biobank和FinnGen数据库,在两步网络框架下应用MR分析来鉴定2型糖尿病和胃肠道疾病的中间蛋白。创新思路40天就被接收!
孟德尔随机化真的有无限种可能!还没吃到孟德尔红利的小伙伴抓紧时间啦!科研之路千万条,抓住热点第一条!有需要可以联系小编哦~

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题目:网状孟德尔随机化分析破译了连接2型糖尿病和胃肠道疾病的蛋白质途径
杂志:Diabetes Obes Metab
发表时间:2024.11
研究背景
2型糖尿病(T2D)作为增长最快的代谢性疾病,在世界范围内造成了重大的疾病负担。与一般人群相比,胃肠道(GI)疾病在T2D患者中更为普遍。但T2D与GI疾病相关的分子机制尚不清楚。该研究在两步网络框架下应用MR分析来鉴定连接T2D和GI疾病的中间蛋白。
研究思路
研究结果
与胃肠道疾病相关的T2D遗传易感性
FDR校正后,T2D的遗传倾向与所有10种GI疾病相关(图2)。    
与蛋白水平相关的T2D遗传倾向性
在三个蛋白质全基因组关联数据集中,研究了T2D遗传易感性与血蛋白水平之间的关联。在发现数据集中,FDR校正后,4907种蛋白质中共有464种与T2D的遗传易感性相关(图3A)。其中,69个关联在UKB-PPP和芬兰有定向重复(图3B)。
与胃肠道疾病相关的T2D相关蛋白
作者进行了两样本MR分析,以估计69种t2d驱动蛋白与胃肠道疾病之间的关联。使用deCODE数据库鉴定了11对与胃肠道疾病相关的推定T2D驱动蛋白(表1)。    
共定位分析
基于deCODE数据集,SULT2A1与胆石症,ADH1B与肝硬化具有高支持共定位。使用其他两个数据源,SULT2A1保持了很强的共定位。虽然ADH1B的强共定位在芬兰研究中被复制,但在UKB-PPP中证据较弱。在GUSB和NAFLD以及INSL5和胃溃疡之间观察到中度共定位(表1)。
中介分析
在11对蛋白-GI疾病对中,由于方向性不一致,EPHA1与胆囊炎、INSL5与胃溃疡、TNFSF12与憩室病之间没有中介作用。SULT2A1介导了约72.8%的T2D与胆石症之间的关联。使用deCODE蛋白数据,ADH1B介导了42.9%的T2D和肝硬化之间的关联;使用Fenland蛋白研究,ADH1B介导了45.9%的T2D和肝硬化之间的关联。(图4)。    
文章小结
这种网状孟德尔随机化目前发文少,创新度高,小伙伴们抓紧时间复现起来!方案设计、生信分析、生信服务器,有我无忧!

机器学习+GEO数据挖掘/湿实验整合孟德尔随机化助力高分SCI

2025111-122 腾讯会议网络会议室

课程背景:全基因组关联性分析(GWAS)时代已经到来,想要高效快速的发表sci,利用公开数据库是最好的选择,没有之一。十年前生物信息学、网络药理学、Meta分析备受推崇,今后的十年首选孟德尔随机化!现如今SCI文章要求越来越高,科研任务和压力也越来越繁重,如何才能在最短的时间、以最快的速度,整合公共数据资源撰写、发表一篇属于自己的SCI论著?这困扰着众多科研人。目前最火热的科研的热点之一“孟德尔随机化”已成为发表SCI的最佳选择。特推出“机器学习+GEO数据挖掘/湿实验整合孟德尔随机化助力高分SCI”培训。

主要知识点:

1两样本孟德尔随机化;2.TSMR,中介MR,多变量MR3.组学孟德尔、

药靶孟德尔;4.湿实验结合孟德尔

目标与预期:

1、熟练掌握两样本、中介、多变量MR的理论和操作;

2、掌握MR联合生信分析等多学科交叉方法;

3、运用所学的理论和操作完成属于自己的SCI

讲师简介:

董博士,中药学专业,研究方向为中药单体化合物抗抑郁作用机制及靶点研究,已发表sci文章5篇,其中中科院一区top1篇,21篇,熟练掌握孟德尔随机化理论及操作,辅导发表孟德尔随机化sci文章11篇,中文核心1篇,辅导其他方向的sci文章7篇。

会议时间:2025111-12日,每天8:30-17:30

会议地点:腾讯会议网络会议室

主办方单位:上海统循会务咨询有限公司

收费标准:

2500/


报名请识别二维码添加小编微信

朱老师:18117064991


优惠措施提前报名并付费可以提前拿到学习资料

3人组团,每人优惠100元,4人组团,每人优惠200

6人组团,可免一人注册费(即只交5个人的费用)

开正规会务发票,纸质邀请函(盖红章)。

注意事项:所有资料均为电子版,会后主办方提供全程录屏作为复习资料

交费方式:

A:银行转账

账户名称:上海统循会务咨询有限公司 账户号:1001064709100070186

行:中国工商银行上海浦东世博永泰路支行

B:支付宝转账

账号:17701825941@163.com 户名:上海统循会务咨询有限公司

C:公务卡支付

详细内容:

数据挖掘/湿实验整合孟德尔随机化助力高分SCI研讨会

日程

时间安排

大纲

内容

第一天上午

8:30-11:30

两样本孟德尔随机化

孟德尔随机化理论入门

文献解析

选题介绍

MR基本结果的解读

Rstudio的安装及应用

GWAS的间接和使用


午休

第一天下午

13:30-17:30

TSMR,中介MR,多变量MR

TSMR实操

中介MR理论和实操

多变量MR理论和实操

GEO数据库的使用

转录组芯片分析:差异分子的筛选,热图和火山图的绘制,pearson相关性分析,蛋白互作,富集分析,WGCNA共表达

分子对接,lasso回归,随机森林模型,

Xgboost等机器学习算法


第二天上午

8:30-11:30

组学孟德尔

药靶孟德尔

486/1400代谢物

91/41炎症因子

412肠道微生物

731免疫细胞

Pqtl

Eqtl


午休

第二天下午

13:30-17:30

湿实验结合孟德尔

 

代谢组学理论入门

PCAOPLSDA计算代谢物的VIP

差异代谢物的筛选

代谢物的表达量热图绘制,pearson相关性分析

通路分析

代谢组学结合孟德尔

肠道菌群理论入门

物种累积曲线,稀释曲线的绘制

αβ多样性的计算

PCoANMDS分析

优势物种的筛选

差异物种的筛选

LefSE分析

肠道微生物联合表型分析

肠道微生物结合孟德尔

备注:请准备win10以上系统的电脑,讲解基于windows系统。

通过本次培训,您将学会以下分析(包括但不限于)

 

 

 


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