2024年8月5日，自然资源部印发《关于学习运用“千万工程”经验深入推进全域土地综合整治工作的意见》（自然资发〔2024〕149号），对全域土地综合整治中的耕地和永久基本农田怎么办？有了明确说法，具体包括以下多条详细内容：
1.推动农用地集中连片整治，规范耕地和永久基本农田调整。
2.在严格落实耕地和永久基本农田保护目标任务的前提下，适应农业现代化发展需要和耕地数量、质量、生态“三位一体”保护要求，统筹实施农用地集中连片整治、质量提升和生态化改造，将山上耕地逐步调整到山下、果树苗木逐步上山上坡，将河道湖泊内的不稳定利用耕地逐步调出，实现布局优化。
3.涉及永久基本农田调整的，应坚持“总体稳定、微调优化”的原则，重点对布局零星、破碎、散乱和配套设施不完善、不便耕种的地块进行调整，调整规模原则上不得超过所涉乡镇永久基本农田划定面积的5%。
4.城镇开发边界围合范围内的永久基本农田，原则上应当予以保留；对零星破碎、不便耕种，确需进行集中连片整治的，由省级自然资源主管部门组织开展实地踏勘，并出具实地踏勘论证意见，按照县乡国土空间规划明确的功能布局，论证其调整的必要性、合理性，优先在城镇开发边界围合范围内补划；确需调出城镇开发边界围合范围的，应当确保城镇开发边界规模和扩展倍数不扩大。
5.坚持“先补后调”“可实测、可追溯”原则，做好新增耕地和补划永久基本农田分年度核算，守住耕地和永久基本农田保护目标任务及质量要求。
6.分年度核算、子项目验收和整体验收时，新增耕地面积应实测，不得仅靠“图上作业”或以系数测算，用于占补平衡的新增耕地质量应符合“占优补优”有关要求。
7.涉及永久基本农田调整的，省级自然资源主管部门应将实施方案或单独报批的永久基本农田调整补划方案报部备案，在涉及的子项目经省级验收后，报部更新永久基本农田数据库，调整后的永久基本农田位置要及时向社会公布。
8.已划入生态保护红线范围的现状耕地，除集中连片的梯田和与生态保护对象共生的耕地外，可通过异地补划的方式，逐步调整到生态保护红线外；被生态保护红线围合的零星破碎、以开天窗形式保留的永久基本农田，可以在不占用生态保护红线的前提下适度整治，也可以逐步调整到生态保护红线外围边界以外。
近年来，土地爷应邀在多地协助土地违图斑处置事宜，很多是因为耕地或永久基本农田过于分散并密集分布，非农建设活动“不慎”触及了零星的耕地。比如，佛山市紫南村作为很有知名度的明星村，由于城市化的扩速扩张，全村都被划入到城镇开发边界内，5平方公里多的村域面积，虽仅有380亩耕地、100余亩永久基本农田，但被分割成了近一百个耕地和永久基本农田小地块，成了城镇化建设与乡村产业发展的主要用地障碍，多次研讨调研活动中，村集体提出希望通过全域土地综合整治调整耕地和永久基本农田区位，在依法依规的前提下调整为相对集中两片，保障区域经济发展需求。
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