Nature Aging ∣血浆蛋白组学发现感染后脑萎缩和认知能力下降的潜在免疫学驱动因素

文摘   科学   2024-11-03 23:39   山东  


研究背景

严重感染史与痴呆症和神经退性疾病风险增加相关,但感染可能导致这种风险增加的机制仍然知之甚少。横断面神经影像研究表明,急性病毒和细胞感染可能伴有脑容量减少。全身感染可能会引发急性炎症反应或重塑宿主免疫系统(如慢性炎症),从而影响痴呆症风险和神经变性。在应对病原体和组织损伤等免疫损伤时,循环炎症蛋白的变化可通过多种机制影响大脑健康,包括它们与中枢神经(CNS)靶细胞的相互作用。感染细胞因子信号的升高会导致神经炎症和急性后遗症。认知能力正常的成年人血浆中炎症标志物的增加与脑容量和认知能力降低以及几十年后痴呆症风险的增加有关。虽然有几项研究已将某些免疫标志物如肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素1β(IL-1β)与之前的炎症事件和随后的认知能力联系起来,但感染与一系列免疫蛋白之间的关系,以及这些蛋白中哪些可预测易受感染特异性萎缩影响的大脑区域的变化,仍是未知。

2024年8月,来自美国马里兰州巴尔的摩市国立卫生研究院、国家老龄化研究所、行为神经科学实验室Keen A. Walker教授团队在Nature Aging(IF:17杂志上发表了题为:“ Proteomics identifies potential immunological drivers of positinfection brain atrophy and cognitive decline”的研究论文。在本研究中,作者利用多个大型队列研究了即往感染诊断与脑容量随时间推移的变化以及全因痴呆、阿尔兹海默痴呆(AD)和血管性痴呆(VaD)风险之间的关系。在调查了感染史与脑容量损伤和痴呆症风险的关系后,继而在巴尔的摩衰老纵向研究(Baltimors Longitudinal Study of Aging, BLSA)中使用了大规模蛋白组学方法,以确定血浆中与免疫相关的、与感染有关的蛋白质子集,这些蛋白质可预测易感受感染特异性萎缩影响的脑区的变化。其中一些蛋白包括PIK3CG(磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸-3-激酶催化亚基γ)、PACSIN2(神经元蛋白激酶C和酪蛋白激酶底物蛋白2)和PRKCB(蛋白酶C、β型)也与纵向认知能力、AD病理学血浆生物标志物(Aβ42/40、磷酸化tau(pTau)-181)、神经元损伤(神经丝蛋白轻链(NfL))或反应性星型胶质细胞增多症(胶质纤维酸性蛋白(GFAP))有关。最后,作者发现了影响免疫相关的感染相关蛋白(包括整合素β6(ITGB6)和Toll样受体(TLR)5)的表达基因变异,这些基因变异也能预测BLSA和使用双样本孟德尔随机化(MR)的独立队列中脑容量损失。



主要成果

1. 通过多种队列研究,发现流感、病毒感染、呼吸道感染以及皮肤和皮下感染与长期痴呆症的增加有关,这些感染还与特定区域的脑容量损失有关,最常见的是颞叶。

2. 在血浆中的942种免疫相关蛋白质中,发现260种蛋白质在有感染史的人体内有不同程度表达。在这些与感染相关的蛋白质中,有35种预测了易受感染特异性萎缩影响的脑区的体积变化。其中一些蛋白质,包括PIK3CG、PACSIN2和PRKCB,与认知能力下降和痴呆症血浆生物标志物(Aβ42/40、GFAP、NLF、pTau-181)有关。

3. 影响免疫蛋白相关感染蛋白(包括ITGB6和TLR5)表达的基因变异可预测脑容量的损失


研究设计

【样本队列】
1. 巴尔的摩衰纵向(BLSA)经线性混合效应模型(n=982)调整颅内容积、基线年龄、性别、种族、教育程度、APOEε4、合并症指数(即肥胖高血压、糖尿病、癌症、缺血性心脏病、慢性心力衰竭、慢性肾病和慢性阻塞性肺病)以及协变量与时间的双向交互作用。
2. 利用英国生物库数据(n=495896),研究与BLSA脑容量损失相关的感染与全因痴呆、AD痴呆和VaD发病风险之间的关系
3. 芬兰多队列样本(n=273132)
4. 使用SomaScan.4.1炎症和免疫反应面板(942个蛋白质)检测与脑萎缩有关的感染血浆免疫蛋白组特征。
5. 利用苏格兰一代(Gens)队列(n=1065)、的计算结果来确定候选蛋白质水平是否与五个认知领域的横截面差异有关。
6. 在社区动脉粥样硬化风险(ARIC)研究(n=1419)中探究保护性蛋白与血浆生物标志物水平高低是否有关。

实验设计】


图1 研究设计

研究结果

感染史与脑容量损失有关

作者利用BLSA的数据,研究根据有特定感染史的参与者与无此类感染史的参与者(例如流感与非流感)之间的标准化纵向脑容量变化(图2)。感染按照《国际疾病分类》第9版(ICD-9)代码进行了预先分类,包括流感、肺炎、肺结核、念珠菌病/真菌、其它细菌感染,胃肠道感染、性传播感染、人乳头瘤病毒(HPV)、人类疱疹病毒(HHV)感染、病毒性肝炎、其他病毒感染、上呼吸道感染(URTI)、下呼吸道感染(LRTI)、皮肤和皮下感染、尿道感染以及其他感染。共有982名认知正常的参与者(年龄65.4岁(s.d.=14岁)、55.2%为女性、66.9%为白人)参与了这些分析。感染诊断日期与基线扫描之间的平均时间为16年(中位数为13.9年,四分数为13.9年):13.9,四分位数间距(IQR)=8.2,22.6)。磁共振成像(MRI)分析的平均随访时间为5.3年(中位数:5.0,IQR=3.9,7.1),纵向分析中每位参与者平均扫描3.4次(s.d.=1.5)(范围:2-10),在出现和未出现与脑容量变化相关的感染的参与者中,平均随访时间相似。不到一半(42.9%;n=421)的参与者没有感染史,10.1%(n=108)的参与者有两次或两次以上的感染史。主要感兴趣区(ROI)包括大脑总体积、灰质体积、白质体积、脑叶体积以及AD特征区体积。如果感染与主要研究区域显著相关,则对脑叶白质/灰质体积后续分析。在检测的15种感染中,6种与脑容量加速损失有关,主要是在颞叶灰质和/或白质区域(图2)。后续分析表明,与流感相关的脑容量损失主要发生在颞叶和枕叶灰质(图2a和扩展数据图1A)。与已发表的研究结果一致,与疱疹病毒感染相关的白质体积下降(图2b)也发生颞叶(扩展数据图1B)。与其他病毒感染的颞叶加速萎缩则与灰质有关(图2C和扩展数据图1C)尿路感染同样与颞叶总体积的加速缩小有关,但这种缩小并不局限于白质或灰质(图2d和扩展数据图1D)。与LRTI相关的颞叶容积损失仅限于白质,而枕叶容积的减少在白质和灰质中都很明显(图2e和扩展数据图1E)。在除脑总量减少外,与皮肤和皮下感染有关的灰质萎缩也集中在颞叶和枕叶(图2f和扩展数据图1F)。虽然经过错误发现率(FDR)校正后,感染史与脑容量变化之间的关系不再具有统计学意义,但由于结果之间固有的相互依赖(例如,灰质的总损失与脑容量的总损失相关),这种校正可能并不合适。感染史和感染总频率与脑容量变化无关。尽管功率有限,但将对比组限制为无感染史参与者(例如,流感与无任何感染史)的敏感性分析表明,萎缩与流感、疱疹病毒、其他病毒感染和LRTIs有关,而与URTI和皮肤及皮下感染有关的萎缩仍略有显著性(P≤0.10)。对于主要ROI,没有发现基线时的差异,在调整总感染频率后,结果也相似。这些研究结果表明,特定感染可能与脑容量加速丢失有关,尤其是在颞区。


图2 与感染相关的脑容量与痴呆症风险的年度变化


扩展数据图1 与感染有关的脑叶白质、灰质体积的年度变化

感染史是痴呆症的一个风险因素

利用英国生物库数据(n=495896),研究了与BLSA脑容量损失相关的感染与全因痴呆、AD痴呆和VaD发病风险之间的关系。在排除感染后1年内记录的痴呆病例(即降低确定性和反向因果关系偏倚的风险)并调整人口统计学因素(年龄、性别、社会经济地位)后,BLSA中与脑容量损失相关的所有感染也与全因痴呆风险增加有关(图2g)。虽然五分之四的感染也与AD痴呆有关,五分之五与VaD有关,但VaD的风险尤其高。除少数例外情况外,在调整生理/生活方式因素(体重指数(BMI)、高血压、糖尿病、APOE基因型、饮酒、吸烟)并排除感染后5年内记录的痴呆病例后,结果相似;然而,在应用10年排除标准后,AD痴呆的风险降低,而全因痴呆和VaD的风险仍然存在(扩展数据图2A、B)。由于样本量不足,无法评估某些感染的病因特异性痴呆风险(例如,HHVs/VaD)


通过使用芬兰多队列样本(n=273132)以及类似的排除标准和人口统计学调整发现,在BLSA中与脑容量损失相关的五种感染中,有四种也与全因痴呆的发病风险增加有关,而杂项病毒感染(仅在英国生物样本库中与痴呆风险增加有关)是个例外(图2h)。这三种感染中的一种和两种分别与AD痴呆症和VaD风险升高有关。虽然皮肤和皮下感染与AD痴呆和VaD都有关系,但VaD的风险尤其高。在对生理因素(高血压、糖尿病)进行调整并排除感染后5年内记录的痴呆病例后,得出的结果相似。在应用10年排除标准后,由于样本量不足,无法对VaD进行评估,但AD痴呆的风险有所降低,而疱疹以及皮肤和皮下注射感染导致的全因痴呆风险仍然存在(扩展数据图2C、D)


扩展数据图2 与感染相关的痴呆症风险


感染史与免疫蛋白质组的改变有关

接下来,作者使用SomaScanv.4.1炎症和免疫反应面板(942个蛋白)检测了与脑萎缩相关的感染的血浆免疫蛋白质组特征。共有1184名认知正常的BLSA参与者被纳入这些分析,在此蛋白质组样本中,63.2%的参与者(n=749)有任何感染史,16.6%的参与者(n=197)有与纵向脑萎缩相关的感染史。与流感相关的差异表达蛋白数量最多(141个蛋白),而与其他病毒感染相关的差异表达蛋白数量最少(21个蛋白)(图3a-f)。在与特定感染独特相关的蛋白质中,观察到与流感相关的MME(又名肾蛋白酶;主要的Aβ降解酶)水平较低,与HHV相关的TREM2(髓样受体)水平较高,与URTI相关的IFIT3(干扰素诱导的抗菌肽)水平较高,与皮肤和皮下感染相关的ADAM17(TREM2-脱落酶)水平较高。在与至少一种感染相关的260种蛋白质中,许多以前都与流感、寨卡和/或SARS-CoV-2病毒感染有关,包括在常用的SomaScanv.1平台上测量的74种蛋白质中的54种(73%),以及在任何SomaScan平台上测量的260种蛋白质中的93种(36%)。在与多重感染有关的蛋白质中,38个中有30个与流感有关,包括总APOE、APOE3、APOE4(脂蛋白)、DEFB4A(一种抗菌肽)和RAG1(一种VDJ重组激活因子)(图3g)。两个与流感相关的蛋白质(LIF、KRT19(也与HHVs相关))和一个与皮肤和皮下感染相关的蛋白质(CTNNA3)经FDR校正后仍具有统计学意义,P<0.05。除了与脑萎缩加速和痴呆风险增加有关外,这些结果还表明,感染史与免疫相关蛋白的差异有关,其中许多蛋白与多种感染有关。


图3 BLSA中与感染有关的免疫血浆蛋的差异

与感染有关的蛋白质可预测脑萎缩

作者利用BLSA蛋白组和纵向脑磁共振成像,确定了哪些感染相关蛋白与易感染特征萎缩区域的脑容量随时间的变化有关。在至少与一种感染相关的260种蛋白质中图4a-f,y轴),发现了35种与脑容量变化相关的蛋白质图4a-f,x轴),这些蛋白质被成为候选蛋白质。候选蛋白质被进一步定义为保护性蛋白质或致病性蛋白质,这取决于它们分别与脑纵向体积的保持或减少有关。除少数例外(例如,DPP10与流感),保护性蛋白在即往感染者中减少,致病性蛋白则增加。还利用包含三向交互项(即感染×蛋白质×时间)的模型研究了候选蛋白与脑容量变化的关系是否以感染诊断为条件。在四种保护性蛋白质(PPP1R9B、CALD1、PLEK和DAPP1)和一种致病性蛋白质(PRDX5)中,有流感病史的参与者与无流感病史的参与者相比,脑容量损失的相关性与预期方向一致,并且更强。还发现了类似的证据,表明一种致病蛋白(PRDX5)随皮肤和皮下感染的升高而升高,这两种蛋白在有过感染史的个体中的影响也在增加(扩展数据图3)。这些结果确定了35种候选蛋白,包括一组感染降低的保护性蛋白和一组感染后升高的致病性蛋白,感染会导致神经退行性变,其中有几种蛋白在感染个体的影响会被放大。


图4 候选蛋白质与易感染特异性萎缩影响的脑区变化有关


扩展数据图3 与候选蛋白相关的脑容量年度变化与感染的关系


候选蛋白质与认知能力下降以及痴呆症生物标志物有关

利用BLSA的数据来确定候选蛋白质的水平是否与五个认知领域的认知能力变化有关。在感染后减少的13种保护性蛋白质中,有10种与随着时间的推移言语记忆能力的保持有关,其中一部分还与视觉空间或言语流畅性的保持有关(图5g)。表现的加速下降与四种致病蛋白有关,其中一种(NAMPT)与四个认知领域能力的下降有关。一种致病蛋白(CD27)意外地与视觉空间能力的保留有关。作者利用苏格兰一代(GenS)队列23(n=1065)的计算结果来确定候选蛋白质的水平是否与五个认知领域的横断面差异有关,其中一些领域在BLSA中使用类似的方法进行了评估。在BLSA感染后增加并在GenS中测量的10种致病蛋白中,有6种与认知能力下降有关,尤其是在处理速度和非语言推理方面(图5h)。一种致病蛋白(TLR5)与所有领域的较低表现水平都有关系,而另一种保护性蛋白(MYC)却与处理速度、非语言推理和一般认知的较低水平有紧密关系。还利用社区动脉粥样硬化风险(ARIC)研究(n=4743)的横断面数据,研究了候选蛋白水平与已存在的全因痴呆症之间的关系。四种在BLSA感染后减少的保护性蛋白(PLEK、DAPP1、CSK和CASP3)在ARIC研究中的痴呆病例中也显著减少,其他几种保护性蛋白(EIF4A1、DSG1、PIK3CG、PRKCB和LYN)也呈现出类似的趋势。在BLSA中的感染后减少的13种保护性蛋白中,12种与Aβ42/40比值显著升高有关(表明皮质淀粉样蛋白水平降低),11种与pTau-181水平降低有关(图5i)。然而,有两种保护性蛋白与较低的Aβ42/40比率相关,其中一种(DPP10)还与NfL和GFAP的增加有关。在致病蛋白中,发现一种蛋白(CD70)与Aβ42/40比值降低和NfL升高有关,而其他几种蛋白则与NfL和/或pTau-181呈意想不到的负相关。在BLSA感染后下降并在ARIC研究中测量的10种保护性蛋白质有8种与一种或多种血浆生物标志物水平降低有关,尤其是Aβ42/40比值升高(表明皮质淀粉样蛋白水平降低)(图5j)。在BLSA和ARIC研究中,MYC与Aβ42/40比值的关系各不相同。在BLSA研究中,感染后增加的几种保护性蛋白(IL-18、CCL24)与ARIC研究中较高的NfL水平有关,而两种致病性蛋白(HERC5、MGA)与pTau-181意外地呈现负相关。这些研究结果表明,候选蛋白质的保护作用和致病作用的方向与认知能力的变化基本一致,并表明感染后减少的保护性蛋白质可能对长期保持认知能力非常重要,也可能可能对近端缓解中枢神经系统淀粉样变性和tau磷酸化(AD发病机制的两个早期特征)非常重要。


图5 候选蛋白与血浆生物标志物和认知能力相关


候选蛋白基因变异可预测脑萎缩

最后利用deCODE研究(n=35559)确定的蛋白质定量性状位点(pQTLs),确定影响血浆中候选蛋白质水平的遗传变异是否与BLSA中脑容量的变化有关。使用候选pQTL作为469名BLSA参与者SNP数据的遗传工,复制了24种具有可用pQTL的候选蛋白质(每种蛋白质至少有一个SNP)中11种蛋白质的SNP与血浆蛋白质水平的关联。几乎所有在deCODE研究中发现的候选蛋白质基因变异以及在BLSA中复制的子集都是反式-pQTL。与致病蛋白ITGB6(rs8099840;图6a,b、TLR5(rs1403631,rs75118229;图6c,d、F7(rs6046)、HERC5(rs406936)和MGA(rs704)水平降低相关的基因变异与脑容量随时间的推移而保持不变有关,包括在易感染特异性萎缩的区域(扩展数据图5)。这些发现支持候选蛋白子集与脑萎缩之间可能存在因果或多效应联系。然而,降低致病蛋白HERC5(rs9332741)、TLR5(rs28427460)、F7(rs762635,rs3211727)和CD27(rs16860992,rs1042464)水平的基因变异也与体积加速丢失有关。为了确定影响候选蛋白水平的基因变异是否也可能与外部队列中脑体积的变化有关,将这些候选蛋白pQTL与"通过元分析增强神经影像遗传学"(ENIGMA)联盟(n=15640)开展的脑体积变化全基因组关联研究(GWAS)的汇总统计数据相结合,并应用了双样本MR。经过剪枝后,24个候选蛋白质至少保留了一个pQTL工具变量,发现有证据表明10种候选蛋白质的水平与总脑容量的变化之间存在关系(图6e)。MR支持两种蛋白质(PIK3CG和CRLF2)的保护作用和另外三种蛋白质(ITGB6、IL-10和TLR5)的致病作用。在MR中,有五种蛋白质(PRDX5、ETNK1、CCL24、CD70和DPP10)与脑容量的关系与BLSA中发现的不同。使用加权中值法得出的具有两个以上pQTL的蛋白质结果进一步支持了PIK3CG、TLR5和CD70对脑容量变化的影响。这些研究结果表明,远端遗传变异会调节血浆中几种候选蛋白的水平,而这种调节可能与神经退行性变的机理有关。


图6 影响候选蛋白表达的基因变异也脑容量损失有关


扩展数据图5 与基因变异相关的脑容量年度变化

总结

多项大型队列研究的数据表明,这一系列感染(即流感、疱疹病毒、尿路感染、LRTI、皮肤和皮下感染以及一类杂项病毒感染)是如何与区域性脑萎缩之间的关联,以及它们如何增加未来痴呆风险,而且这些感染与大脑某些区域尤其是颞叶的萎缩有关。通过对血浆中942种免疫相关蛋白的分析,作者发现其中260种蛋白在有感染史的个体表达水平发生显著变化,且有35种蛋白与特定脑区的萎缩和体积变化相关。特别是PIK3CG、PACSIN2和PRKCB等蛋白与认知功能下降及痴呆症相关的血浆生物标志物密切相关。此外,作者还发现了将ITGB6和TLR5等免疫相关感染蛋白的基因变异能够预测脑容量损失,表明这些蛋白尤其可能是将感染与随后的神经退行性疾病联系起来的分子基础。


原文链接:https://doi.org/10.1038/s43587-024-00682-4


参考文献


Duggan, M.R., Peng, Z., Sipilä, P.N.et al. Proteomics identifies potential immunological drivers of postinfection brain atrophy and cognitive decline. Nat Aging 4, 1263–1278 (2024).



编译:sail

校对:Evan File

排版:xiaowu

封面来源:Freepik


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