Nat. Med.〡蛋白质组学分析心肺功能预测发病和死亡风险

文摘   科学   2024-08-11 21:14   北京  


研究背景

组织特异性的、对运动有反应的生物分子(“外激素”)反映了体育锻炼对新陈代谢的益处,这一观点促使人们努力对这些生物分子变化进行编目。其中心肺功能(CRF)是一个强大的预后标志物,与整个生命过程中的健康、生活质量和寿命息息相关。测量CRF是多种疾病临床治疗的重要组成部分,通常被认为是与临床生命体征同等重要的健康指标,对新陈代谢、心血管、肺部和神经系统健康有广泛影响。然而,由于测试的可获得性、成本以及可能限制进行最大努力运动能力的因素(如肌肉骨骼),用于风险分层和健康促进的CRF临床评估一直受到限制。另一种方法--容易获得的、对训练有反应的CRF生物标志物--可能不受这些因素所局限,并能发现模拟运动效果的药理靶点。运动伴随着人体新陈代谢状态的广泛变化,包括组织再生和纤维化、肌肉结构、线粒体功能障碍、胰岛素抵抗和炎症等途径。虽然CRF的分子替代物和训练反应与临床预后相关,但大多数研究都是针对单一人群,随访和结果有限,而且所显示的效应大小与标准风险因素相比没有显著的加成作用。


2024年6月4日,来自美国田纳西州纳什维尔范德比尔特大学医学院的Ravi V Shah博士团队在Nature MedicineIF:58.7)发表名为“Proteomic analysis of cardiorespiratory fitness for prediction of mortality and multisystem disease risks”的文章。在这项研究中,作者将采用不同CRF确定方法的四个国际队列中14,145人的蛋白质组特征与CRF联系起来,以建立、验证和描述蛋白质组CRF评分。在英国生物库约22000人的队列中,蛋白质组CRF评分与全因死亡风险降低有关。蛋白质组CRF评分还与多系统疾病风险相关,并提供了临床风险因素之外的风险再分类和区分,以及调节某些疾病的多基因高风险。结果表明,基于人群的蛋白质组学提供了与生物学相关的CRF分子读数,这些读数与遗传风险相加,具有潜在的可调控性和临床转化性。






主要成果

l提供了规模最大、最全面的基于人群的CRF蛋白质组学研究,证明了CRF与人类疾病的广泛功能和临床相关性,并为临床转化提供了途径。

研究设计

【样本队列】
发现队列:2238名具有CRF测量指标的受试者——来自年轻人冠状动脉风险发展(CARDIA)研究派生子集
验证队列:
1.来自年轻人冠状动脉风险发展(CARDIA)研究;
2.芬兰(Fenland)研究;
3.巴尔的摩老龄化纵向研究(BLSA)
4.以及健康、风险因素、运动训练和遗传学(HERITAGE)家系;
5.英国生物库(UKB)的一个子样本队列约22000名参与者,用于测试了CRF蛋白质组特征与一系列临床结果(死亡、心血管、代谢、恶性肿瘤、神经系统)之间的关联,以及与多基因风险之间的相互作用。
实验设计】
首先检测的蛋白质组中使用惩罚回归(最小绝对收缩和选择算子(LASSO)),在CARDIA派生子集中开发了一种蛋白质组CRF评分,使用跑步机运动(ETT)时间作为CRF测量,并在四个样本队列的约12,500名参与者中进行了验证。并且还在英国生物库样本队列中探索了了CRF与临床结果的关联性,及其与多基因风险之间的相互作用。

图1 研究流程


研究结果

样本队列特点

为了确定循环蛋白质组与CRF的关系,该团队最初的样本是来自CARDIA的参与者。CARDIA样本包括2,238人,中位年龄为51岁(56%为女性,43%为黑人表1。CARDIA参与者普遍超重(体重指数(BMI)中位数为29kg m-2,糖尿病(14%)和高血压(26%)发病率不高。然后作者将CARDIA分为派生子集(70%)和验证子集(30%)(随机分割,在运动跑步机测试(ETT)时间上保持平衡),没有观察到两者之间存在任何重要差异。另外作者在三个外部队列中验证了其研究结果:Fenland、BLSA和HERITAGE。这些队列的年龄跨度从早年到老年,BMI和合并症的范围很广。UKB的一个子样本(N=21,988;中位年龄58岁,54%为女性,93%为白人)具有可用的蛋白质组学,用于检验CRF蛋白质组与一系列临床结果的关联。不同队列的CRF评估方法不同(方法),再加上队列特异性差异(如年龄),导致了CRF分布的差异。


表1 CARDIA研究队列参与者的基线特征


CRF蛋白质组评分构建

作者利用LASSO回归在CARDIA派生子集中开发了一种蛋白质组CRF评分,使用ETT时间作为CRF指标,并在四个样本的约12,500名参与者中进行了验证(图1)。在CARDIA衍生子集(Spearmanʼs ρ=0.79)和验证子集(Spearmanʼs ρ=0.67;图2中,发现蛋白质组空间缩小了95%以上(从7230个候选蛋白中筛选出272个适配体),校准效果良好,与之前发表的代谢组或蛋白质组平台相当。并且观察到许多效应最大的蛋白质(表2)具有机理上可信的方向性,包括与先天免疫和炎症(C5a)、动脉粥样硬化(AGER,RGMB)、神经元存活和生长(CDNF,LSAMP)、细胞生理学(TNR-迁移、粘附、分化;DUSP13-分化、增殖)、氧化应激(MRM1)、能量消耗和底物燃料利用(OLFM2、FABP4、FABP3、HNF4A、GLYATL2)、脂肪(LEP、CA6)、外周肌肉对运动的反应(MB、ATF6)和自噬(GLIPR2)。在对每个验证样本(Fenland、HERITAGE、BLSA)的共有蛋白质进行重新校准后,作者观察到与测量的CRF的拟合度存在差异,这很可能是由于CRF评估方法的异质性造成的。在HERITAGE(ρ=0.71)和BLSA(ρ=0.68)中观察到了最佳的验证拟合,在这两种方法中,CRF是通过症状限制峰值运动测试和直接测量气体交换(峰值VO2来评估的。芬兰的验证拟合度最弱(ρ=0.35),该地区的CRF是通过对亚最大运动的心率反应进行估计,并推断出年龄预测的最大心率。接着作者观察到蛋白质组CRF评分在性别上存在一致的差异(男性更高),并且与年龄和体重指数呈反向关系,这与CRF的一般流行病学相一致。

图2 在CARDIA中开发蛋白质组CRF评分


表2 精选CRF相关蛋白质的生物学集展


蛋白质组CRF评分与临床结果的关系

鉴于蛋白质组CRF评分的多队列复制及其生物学合理性,接下来该团队试图检验其临床相关性。他们确定了21,988名具有蛋白质组数据(Olink Explore1536)和一系列结果的生存数据的UKB参与者样本。在13.7年(第25-75百分位数,13.0-14.5年)的中位数随访期间,共有2394人死亡。蛋白质组CRF得分每提高1个百分位数,作者观察到全因死亡率(危险比(HR)=0.53,95%置信区间(CI)0.500.56;P<0.0001)和特定原因死亡率(图3a)降低了近50%,对标准临床风险因素和基于生物阻抗的脂肪量测量结果进行调整后仍保持稳定。除了在死因特异性死亡率模型中对其他死因进行普查外,作者还使用Fine-Gray竞争风险模型观察到了类似的结果。令人吃惊的是,在其中观察到更高的蛋白质组CRF评分对心血管、代谢和神经系统结果(但与大多数癌症无关)具有一致且强大的保护作用。此外,蛋白质组CRF评分的风险预测能力超过了标准风险因素,在几乎所有终点上的区分度和再分类能力都有所提高(例如,全因死亡率:C指数为0.75至0.77,P<0.001;心血管死亡率:C指数为0.79至0.77,P<0.001:图3a。重新分类的幅度很大,在多个系统中,大多数疾病的临床风险因素以外的净重新分类率接近30-40%。为了评估与临床结果的紧密联系是否会受到CARDIA研究队列中疾病蛋白质组标记物(蛋白质组CRF评分的来源)的干扰,作者进行了一项敏感性分析,从CARDIA研究队列的一个子集中得出了蛋白质组CRF,该子集排除了有心血管疾病(心血管疾病-心肌梗死、中风、心力衰竭、颈动脉疾病、外周动脉疾病)、糖尿病和高血压病史的参与者。观察到的结果与其主要分析结果方向一致,但效应大小略有下降。


图3 蛋白质组CRF评分、多基因风险和多系统临床结果

蛋白质组CRF评分与多基因组风险的整合

以前的报告强调了多基因风险和生活方式对人类疾病的互补影响。鉴于CRF作为人类健康综合指标的核心地位,作者接下来探讨了蛋白质组CRF评分与常见疾病多基因风险之间的相互作用(图3b)。他们针对英国生物圈内已确定的多基因风险评分(PRS)的六种疾病构建了模型,作为蛋白质组CRF评分、相应的多基因风险评分及其与年龄、性别、种族和遗传祖先的四个主成分的乘法相互作用的函数。虽然有几项PRS与蛋白质组CRF评分的交互作用达到了微弱的统计学意义(包括心血管疾病和2型糖尿病),但其效应大小微乎其微。总体而言,该团队观察到蛋白质组CRF评分和每个PRS之间对相应疾病结果有很大的叠加效应,在蛋白质组CRF评分最低(对应CRF较差)和遗传风险较高的参与者中观察到的疾病风险最高(图3c)。在大多数情况下,蛋白质组CRF评分的标准化估计值与PRS的估计值相当(或更高)(例如,糖尿病:HRproteome=0.37,95%CI 0.35-0.40;HRPRS=1.97,95%CI 1.83-2.12)


简略蛋白质组CRF评分与临床风险的关系

即使在回归中进行了正则化处理,大多数多变量蛋白质组学方法的一个主要局限是分子维度不够小,无法进行临床转化(例如,UKB中使用的重新校准蛋白质组CRF评分中有307个蛋白质)。为了解决临床转化的可行性问题,该团队构建了一个"简略"评分,其中包括前21个最重要蛋白质的系数(按LASSO β系数的绝对值排序)。其选择21个蛋白质是因为Olink目前提供21复合物绝对定量面板。在CARDIA中,这个简略的21个蛋白评分与CRF相关(ρ=0.71)。在UKB中,观察到重新校准的蛋白质组CRF评分(307个蛋白质)和简略21蛋白评分之间几乎所有结果的效应大小都一致,尽管简略CRF评分的效应大小普遍略低(图3d)。这些结果支持将这些结果转化为CRF的生物标记物面板的可能性,该面板可在必要的范围内进行测量,以提供临床实用性。


蛋白质组CRF随训练动态变化

要利用人体蛋白质组进行CRF评估,评估其通过干预进行改变的潜力至关重要。在HERITAGE中进行了为期20周的运动训练后,作者观察到重新校准(非缩略)的蛋白质组CRF评分有所提高(配对t检验 0.14;95%CI 0.11-0.18;P=2.5×10-15,这与峰值VO2的变化相关。在回归模型中,他们发现重新校准的蛋白质组CRF评分的变化与峰值VO2的变化相关(重新校准的蛋白质组CRF评分增加1s.d.≈峰值VO2增加0.84±0.25ml kg-1min-1;P=8.5×10-4,与年龄、性别、种族、体重指数、训练前峰值VO2和训练前重新校准的蛋白质组CRF评分无关。不同性别对蛋白组CRF评分变化的反应没有差异(P=0.62)。此外,该团队还研究了训练前的蛋白质组CRF评分是否与VO2对训练的反应有关,结果发现,重新校准的蛋白质组CRF评分越高,训练时VO2峰值的增加幅度越大,这与年龄、性别和种族无关(0.59±0.17ml kg-1min-1的增幅;P=6.4×10-4,如果进一步调整体重指数(0.30±0.17ml kg-1min-1的增幅;P=0.08),这种关联将得到缓解。在HERITAGE中,随着20周训练而发生显著变化的蛋白质组CRF评分成分与CARDIA中的一系列代谢、血管和心肌表型相关(图4)。其中一些蛋白质具有临床和分子合理性,如减少脂肪(LEP)、脂质代谢(RARRES2)、调节骨形态发生蛋白通路(RGMB)和减轻缺血再灌注损伤(CDNF)等。其中许多与CARDIA中的心脏代谢表型无关,这表明潜在的新获益机制。


图4 CRF相关的蛋白质(其水平随运动训练而动态变化)与心脏代谢风险因素和疾病有关


总结

本研究以14,145名具有不同心肺功能(CRF)评估模式的不同人群为研究对象,以确定CRF循环蛋白质组结构的特征。从CARDIA研究中的2,238名中年黑人和白人样本开始,使用症状限制跑步机运动测试成功开发并验证了CRF的广泛蛋白质组特征(“蛋白质组CRF评分”)。所构建的蛋白质组CRF评分与一系列新陈代谢、心血管和神经系统临床结果有密切的独立联系,其中许多结果比标准风险因素(通过重新分类和判别指标)在预后方面有显著改善,这些关联似乎与多基因风险相加,表明多基因组评估在临床风险评估中的作用;这些预后关系通过简略的21个蛋白质面板(目前可通过Olink直接进行绝对蛋白质定量的最大面板)得以维持。蛋白质组CRF评分也随着为期20周的运动训练计划而变化,并与训练反应相关联。


总之,这些数据提供了迄今为止最大规模的报告,在不同的环境中建立了一个生物学上合理的、基于人群的CRF蛋白质组生物标志物,并将这些指标与表型和精准医学风险评估方法(包括人类遗传学)纵向联系起来。未来基于人群的蛋白质组学有可能为CRF提供一种生物相关的、临床上可操作的分子晴雨表,并具有临床潜力。


原文链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC11186767/


参考文献


Perry, Andrew S et al. “Proteomic analysis of cardiorespiratory fitness for prediction of mortality and multisystem disease risks.” Nature medicine vol. 30,6 (2024): 1711-1721. doi:10.1038/s41591-024-03039-x



编译:白桃汽水

对:Evan Flle

排版:花城诚成

封面来源:Freepik


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