作为广府文化的发源地，南海也是岭南医药文化的发源地之一。千年以来，这里诞育了许多名医国手，培育了众多中医药老字号品牌。如今，南海中医药以大医之“仁”、普惠之“义”、尊才之“礼”、创新之“智”、坚守之“信”为信念，谱写品牌南海的杏林华章。
早在近两千年前的东晋时期，我国著名医学家、道教名人葛洪已经在南海郡内炼丹，相传丹灶的地名由此而来，仙岗村保留有传说中炼丹的丹钵，还有仙井、仙祠等景点。葛洪的妻子鲍姑医术精湛，擅长灸法，道光《南海县志》中记载鲍姑“行灸南海”，治病救人，还记载了崔炜从鲍姑学习艾灸的故事，这是岭南最早的中医药记载。
北宋时期，南海人陈昭遇是岭南籍第一位名医，奉宋太宗之命，用时14年修撰的《太平圣惠方》是一部在中医药领域具有深远影响的官方药书。清代的何梦瑶被誉为“岭南第一国手”，著有《医碥》《医科全书》等。清代的邱熺，是将牛痘接种法引入中国的第一人，活民无数。此外，南海还有岭南伤寒“四大金刚”之一谭星缘、温病学家梁龙章、妇科专家何守愚、跌打损伤世家梁财信、跌打“神手”何竹林和中医教育家陈任枚等对岭南中医药影响深远的大师。民国初期吴粤昌所著《岭南医征录》中列举新中国成立前的广东名中医503人，南海就有91人，在岭南中医药发展史上的分量可见一斑。
陈昭遇《太平圣惠方》
在现当代中医药界，有一批南海人在全国都堪称行业翘楚，有中国当代骨伤科流派十大名家之一、原广东省中医院外科主任何竹林，全国第一位中医教授、原广州中医学院副院长罗元恺，原广东省中医院副院长、原广州中医学院附属医院院长黄耀燊，“胃乃安”创制者、原广东省中医院院长梁乃津，中外闻名的抗疟疾专家、原广州中医药大学副校长李国桥，著名骨伤科专家、原广东省中医院院长岑泽波，首届全国名中医、广州中医药大学兼职教授邱健行，著名骨伤科专家、原佛山市中医院院长陈渭良等等。一代代的先贤救死扶伤的精神，激励着南海后辈积极进取、敢为善成，为南海中医药事业高质量发展努力奋斗。
南海是南药文化的起源地之一。早在唐代，南海已经向朝廷进贡药材。创建于明末（至今已有400多年历史）的陈李济药厂创始人陈体全、李升佐，分别是九江河清和西樵太平人，“北有同仁堂，南有陈李济”，陈李济名躁大江南北，如今更是列入了国家级非物质文化遗产名录。
清代以来，南海中药的拳头产品层出不穷，梁仲弘万应抱龙丸、冯了性风湿跌打药酒、保滋堂珠珀保婴丹、梁财信跌打膏药、黄祥华如意油、源吉林甘和茶、宝芝林通脉丹、蛇王满三蛇胆川贝末等都是国内外名闻的成药，让南海成为“岭南成药的发祥地”，获得“广东成药之乡”的美誉。
2020年2月底，在抗击新冠肺炎疫情的关键时刻，由一方制药有限公司生产的透解祛瘟颗粒，获准用于全省30家新冠肺炎定点救治医院临床使用，彰显了中医药国粹的价值。
深厚的中医药文化底蕴，是南海致力发展中医药事业、传承创新、延续辉煌的历史基础和内生动力。改革开放以来，南海中医药在发展过程中诠释了“敢为人先”的南海精神，利用中医药“治未病”的探索和实践为全省乃至全国提供了可借鉴的样本。
结合打造中医药强区的目标，南海区在里水镇规划建设医药大健康产业园，建设内容包括中国中药博物馆、中国中药大健康产研新锐品牌网红孵化基地、粤港澳大湾区中医药融合创新中心、中国中药大健康创新中心等，将打造为集中药生产、中医药保健、中医药历史文化展示与传承于一体的百亿级中医药一二三产融合发展的标杆示范基地。
近年来，南海致力于建设特色“123”中医药服务体系，在社区设立基层中医问诊点、创新举办中医药夜市等，让群众在家门口享受“简、便、验、廉”的中医药服务。
2024年，南海发布热敏灸产业发展规划。和传统艾灸相比，热敏灸选择敏化态的穴位进行施灸，更易激发经络气血，因此治疗作用较传统艾灸强，是对传统艾灸的创新和发展。
南海把热敏灸技术的推广作为重点工程，建设“1+N+X”热敏灸服务体系，建成广东首家热敏灸医院，建立西樵山景区热敏灸文旅融合示范点，建设红脚艾示范种植基地等，打通艾产业链条，把热敏灸打造成基层医疗的特色服务，促进基层善治，讲好南海中医药故事。
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