水稻（Oryza sativa L.）作为主要粮食作物和模式植物，有助于研究禾本科植物（如玉米、小麦等）的遗传与基因组特性。
自2002年水稻第一个基因组序列发布以来，研究者已生成改进的参考基因组、多种全基因组序列，并积累了大量的转录组数据，为研究水稻的遗传多样性和性状功能奠定了基础。
2024年11月18日，Nucleic Acids Research在线发表了美国佐治亚大学Chenxin Li、C. Robin Buell团队的最新研究成果：‘The rice genome annotation project: an updated database for mining the rice genome ’，该研究介绍了水稻基因组注释项目（Rice Genome Annotation Project，RGAP）的最新更新，旨在为植物生物学研究者提供更加全面和高质量的水稻基因组数据资源。
基因组数据扩展：增加了16个水稻全基因组序列，并整合了多个泛基因组项目的序列变异数据（如3000份水稻基因组计划的数据）。 基因表达数据：从80个RNA测序数据集中重新量化基因表达，覆盖34个组织、11种器官、4个发育阶段（种子、幼苗、营养生长、繁殖生长）及多种胁迫条件。 基因共表达模块：通过共表达分析生成了39个基因共表达模块，用于揭示基因的协同调控关系。 比较基因组分析：鉴定了32,335个水稻基因组内部的同源基因（syntelogs），以及19,371个水稻和其他禾本科植物基因组之间的同源基因。 遗传变异数据：引入了多个项目中的遗传变异数据（如Ensembl Plants数据库和3000份水稻基因组项目）以及简单重复序列的预测。
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