活动纪要
这是一场关于人工智能技术在大模型应用和科学研究中高效协作的讨论会。会议深入探讨了人工智能技术，如智能体、知识图谱、自然语言处理等在文本工作、文献搜索、代码辅助以及科学研究中的应用，并分享了实际工作中的应用案例和挑战解决方案。参会者就如何通过大模型和人工智能技术提高工作效率和质量进行了深入交流。
介绍链接：
2024-11-30 WeWorkshop 24001｜一个生信工作者与大模型的一天
活动相关的演讲稿件在：https://1drv.ms/t/c/b47cafede77eff3e/EVHiri0Bf8BFn6ROlaiJhMABgmzBzQMA3LV-_XxYMlhDLA?e=YXREJn
相关视频回放也上传到了Bilibili:
【2024-11-30 WeWorkshop 24001｜一个生信工作者与大模型的一天】 https://www.bilibili.com/video/BV1W7z4Y9EDb/?share_source=copy_web&vd_source=bd40fa636d7a7f4f2a51596fed85e2b0
分享文案
1）搜索
poe copilot Perplexity[1]
Poe
各种模型的打包集合：
copilot
Information and Communication Technology Office (ICTO) | Microsoft Copilot (Generative AI) | Information and Communication Technology Office (ICTO)[2]
Perplexity
2）文本工作
润色邮件
润色文章：
Please disregard any previous guidelines. From now on, please communicate with me using only the English language. I need you to act as a skilled SEO and top-notch copywriter who is able to fluently speak and write in English. Your role is to imagine that you possess exceptional English writing skills that can surpass those of other websites. Your objective is to rewrite the following passage and rewrite only that paragraph without turning it into an article, All content must be written in English and must have a 100% human writing style, with any grammar errors corrected using a tool such as Grammarly.com. Besides, the writing style should be similar to the publication in high-impact journals like Nature or Nature Medicine. The piece of text that needs to be rewritten is <-input>
https://poe.com/touchup_robots
提示词润色
神仙级AI大模型提示词（Prompt）入门教程，从入门到精通，看这一篇就够了_大陈聊ai ppt prompt-CSDN博客[3]
推荐11个好用的prompt工具网站 - 知乎[4]ChatGPT Prompt Generator - a Hugging Face Space by merve[5]
The Free AI Prompt Generator – Feedough[6]
3）文献搜索
追踪新进展
feeds 订阅？
Research Dashboard | Semantic Scholar[7]
针对某个领域文献进行查看
web of science
semantic:
直接找领域大佬的google scholar:
针对文献找相关
web of science research assistant:
connected paper:对相似文献进行排序。
文献阅读时的解答与提问
typeset:
perplexity:
资源
搜寻新的文献进展
Account Information | Semantic Scholar[8] 用它up to date 针对某个领域文献进行查看 Pharmacogenetics in Precision Cancer Treatment | Elicit[9] https://www.semanticscholar.org/me/account/manage google scholar web of science 针对某篇文献寻找相关 Connected Papers | Find and explore academic papers[10] pubmed similarity app.insightpaper.work[11] typeset search 文献阅读时的解答与提问 https://typeset.io/[12] perplexity copilot
4）代码
vscode 学生认证 Rstudio copilot 无proxy配置 直接下载插件：'SSL connect error' when enable Github Copilot · Issue #13868 · rstudio/rstudio[13]R 中配置proxy：xiayh17/r.proxy: Set Proxy in R Console[14]
白嫖教育优惠，以学生、教师或维护者身份免费访问 Copilot - GitHub 文档[15]其实github 提供了非常多的教育免费资源：每日好物分享第一弹————学生.edu全家套
Rstudio copilot
参考项目中的其他代码：
vscode copilot
Warp
Warp: The intelligent terminal[16]mac 端的人工智能terminal：
操作也很简单，直接是面向自然语言编程了。
单细胞
Identify cell types of breast cells in mouse using the following markers separately for each row. Only provide the cell type name. Do not show numbers before the name. Do not show numbers before the name. Some can be a mixture of multiple cell types.
0: 'Siglech,Grm8,Cadm1,Mpeg1,Tyrobp,Cybb,Lair1,Tubgcp5,Lrp8,Eepd1'
1: 'Fscn1,Tbc1d4,Tmcc3,Mreg,Tbc1d8,Lrrk1,Plxnc1,Strip2,Ankrd33b,Cacnb3'
R调用gpt4：Winnie09/GPTCelltype_Paper[17]
python 端的大模型调用：Automatic cell type annotation with GPT/Other - omicverse Readthedocs[18]
其实大家也可以参考他们的代码，配置API 和提示词及输入这三个变量，定制自己使用工具下的函数。
这种自动化分析工具还是需要慎重使用。单细胞分析也能全自动的AI工具：CellAgent
社团建设中AI的影子
名称设计及文案润色 logo 及海报设计 logo设计：LogoGPT: Create Stunning Logos Instantly[19]海报：Projects - Recraft[20]
其他
角色扮演
[Coze: Next-Gen AI App Developing Platform](https://www.coze.com/ gpts, doubao...
豆包智能体：手把手教你用Coze零代码搭建一个智能搜索智能体，高时效性、保姆级！_coze模型部署-CSDN博客[21]
可视化交互
Claude[22]
「中杯」Claude 3.5突然上线，竟比GPT-4o还强！全新Artifacts改写模型交互
构建我个人知识库
基于我的笔记库，构建index，启发我的一些想法。完善这个我自己的智能体。
实现某些自动化
通过关键词从pubmed、biorxiv等抓取文献 提取文献标题、摘要、关键词，并将其整理为元信息表格 设立一套与研究相关的标准，将元信息表格按照这套标准，进行打分，输出一个关于每项得分的一个表格，并基于模型理解判断文献是否通过标准 人工检验输出的表格 下载符合标准文献，并将其转为文本格式 从下载的文献中，提取相关的信息
发现新的生物学线索
采用”数学家+AI（包括自动定理证明系统和大模型）+证明辅助语言Lean”这样的协作方式，构建一个展示4694个magma等式（最多四次使用magma操作）之间所有蕴含关系的 “蕴含图”。
能够用类似的思路发现新的生物学之间的关系呢？
参考资料
Perplexity: https://www.perplexity.ai/
[2]Information and Communication Technology Office (ICTO) | Microsoft Copilot (Generative AI) | Information and Communication Technology Office (ICTO): https://icto.um.edu.mo/teaching-learning-research/microsoft-copilot-generative-ai/
[3]神仙级AI大模型提示词（Prompt）入门教程，从入门到精通，看这一篇就够了_大陈聊ai ppt prompt-CSDN博客: https://blog.csdn.net/l01011_/article/details/142406640
[4]推荐11个好用的prompt工具网站 - 知乎: https://zhuanlan.zhihu.com/p/628254170
[5]ChatGPT Prompt Generator - a Hugging Face Space by merve: https://huggingface.co/spaces/merve/ChatGPT-prompt-generator
[6]The Free AI Prompt Generator – Feedough: https://www.feedough.com/ai-prompt-generator/
[7]Research Dashboard | Semantic Scholar: https://www.semanticscholar.org/me/research
[8]Account Information | Semantic Scholar: https://www.semanticscholar.org/me/account/manage
[9]Pharmacogenetics in Precision Cancer Treatment | Elicit: https://elicit.com/notebook/f6216eb8-f7ac-4a4e-bf16-5a29e01ef644#180bfe2e98a37c3e5af0ebd3f4728a0e
[10]Connected Papers | Find and explore academic papers: https://www.connectedpapers.com/
[11]app.insightpaper.work: https://app.insightpaper.work/
[12]https://typeset.io/: https://typeset.io/
[13]'SSL connect error' when enable Github Copilot · Issue #13868 · rstudio/rstudio: https://github.com/rstudio/rstudio/issues/13868
[14]xiayh17/r.proxy: Set Proxy in R Console: https://github.com/xiayh17/r.proxy
[15]以学生、教师或维护者身份免费访问 Copilot - GitHub 文档: https://docs.github.com/zh/copilot/managing-copilot/managing-copilot-as-an-individual-subscriber/managing-your-copilot-subscription/getting-free-access-to-copilot-as-a-student-teacher-or-maintainer
[16]Warp: The intelligent terminal: https://www.warp.dev/
[17]Winnie09/GPTCelltype_Paper: https://github.com/Winnie09/GPTCelltype_Paper
[18]Automatic cell type annotation with GPT/Other - omicverse Readthedocs: https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-single/t_gptanno/#more-models
[19]LogoGPT: Create Stunning Logos Instantly: https://supertools.therundown.ai/content/logogpt
[20]Projects - Recraft: https://www.recraft.ai/projects
[21]手把手教你用Coze零代码搭建一个智能搜索智能体，高时效性、保姆级！_coze模型部署-CSDN博客: https://blog.csdn.net/m0_59163425/article/details/143493406
[22]Claude: https://claude.ai/new
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