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AutoDock是一款自动分子对接软件。它旨在预测小分子（如底物或候选药物）如何与已知 3D 结构的受体结合。分子对接分为刚性对接、半柔性对接、柔性对接三种，对于蛋白-小分子的对接最常用的是半柔性对接，小分子构象可变，大分子为刚性。
上一篇介绍了AutoDock 4对接过程之一，本期我们继续介绍剩余的对接过程。
对接参数设置
①点击Docking>>Macromolecule>>set rigidfilename（半柔性对接将受体设置为刚性）选择受体的PDBQT文件。
②点击Docking>>Ligand>>Choose选择配体，再点击Select ligand>>Accept（不改变参数）。
③点击Docking——Search Parameters——Genetic Algorithm——Accept（Number of GA Runs默认为10，如果运行机器能力足够建议不要小于100）。
④点击Docking>>Docking Parameters，待窗口运行稳定后点击Accept。
⑤点击Docking>>Output>>Lamarckian GA保存为DPF文件。
⑥点击Run——Run Autodock点击第三个browse选择上一步保存的DPF文件再点击Launch，弹出窗口后工作文件夹中出现DLG文件，即对接开始。
对接结果分析
①删除受体与配体，将软件界面清空。然后点击Analyze>>Docking>>Open选择DLG文件，小分子会显示出来。
②点击Analyze>>Macromolecule>>Open会出现受体蛋白。
③点击Analyze——Conformations——Play ranked by energy出现一个小窗口可以分别查看每一次的对接结果（结果根据结合能从低到高排序）。点击倒数第二个按键即可查看每一次对接结果的详细信息。
在详细结果里面我们主要是看产生的氢键位置和结合能的大小。结合能越低结果越好。选择想要的结果点击Write Complex即可导出PDBQT格式文件，用于后续ChimeraX和PYMOL等软件的出图。
小Tips：结合能的单位有Kcal/mol和KJ/mol两种，1 Kcal=4.184 KJ，一般认为对接结果小于-1.2 Kcal/mol（-5 KJ/mol）即结果可用。我们可以用记事本打开对接结果DLG文件，找到CLUSTERING HISTOGRAM后查看根据结合能排序的对接模型顺序，根据序号再查找该模型的具体对接信息就可以看到本次对接结合能的单位为Kcal/mol
以上是AutoDock 4对接过程的教学，至此我们的AutoDock分子对接系列教程就要告一段落了，欢迎大家共同交流，共同学习进步。
END
编辑 | Narcissus
供稿 | 不想打工的seVen
审核 | 农心生信工作室
