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PDB（Protein Data Bank） 文件，是用于表示蛋白质三级结构的标准文件格式，以文本形式存储蛋白质的结构信息。每个PDB文件对应一个特定的蛋白质，包括蛋白的原子坐标、残基标识、结构域等信息。例如，AlphaFold2预测蛋白结构后，会输出包含预测结果的pdb文件；目前，也有许多pdb数据库，涵盖了大量已证实或预测的蛋白质结构，这些数据都是由pdb格式储存的。
前面提到，pdb文件本身也会储存氨基酸信息，这里就涉及到一种应用需求，有时候，我们可能是从数据库网站或他人文章中下载到pdb文件，对于这些pdb文件，我们需要提取蛋白氨基酸序列信息，用于后续的分析（如进化分析等）。USalign开发者张阳老师团队制作过一个在线网站，可以将pdb文件转化成fasta文件 (https://zhanggroup.org/pdb2fasta/)；但这一网站在功能上有所限制，无法进行批量转化，不适用于从大量pdb文件中提取氨基酸序列信息。为此 ，我们开发一个脚本pdb2FASTA.py，并配套TBTools插件，可以批量提取pdb文件中氨基酸信息并储存至fasta文件。
如何安装
Linux用户可使用python脚本，TBtools用户可使用插件版本，python脚本和插件版本均可在下方链接获得：
https://github.com/nongxinshengxin/pdb2FASTA.py
TBtools插件版本需要安装，点击下图所示Install Plugin进行安装，安装完成后即可运行。
如何使用
Linux用户使用
运行下面命令查看使用帮助：
pdb2FASTA.py -h
#usage: pdb2FASTA.py [-h] PDBdir [output_fasta]
#positional arguments:
# PDBdir 存储PDB文件的目录
# output_fasta 输出的fasta文件所在路径以及名称，如未设置，默认在pdb文件存储路径，名称为out.fasta详细解释下脚本需要的两个参数。PDBdir是必须的参数，是存储AlphFold2预测目标蛋白三维结构pdb文件的路径。
output_fasta是输出的fasta文件所在路径以及名称，这在python脚本中不是必须参数，在运行命令时可以忽略，如果忽略，会默认在pdb文件存储路径生成一个名为out.fasta的文件，来储存转化后的序列信息。
TBtools用户使用
打开pdb2FASTA插件，界面如下：
输入存储pdb文件的目录：
输入转化后fasta文件目录及名称（注意！插件版本此处为必须输入的参数，不可忽略，否则无法运行）：
点击start即可开始运行。
结果可信度评价
我们经过测试，在张阳老师团队pdb2fasta在线工具上逐条输入10个pdb文件，运行10次，获得的fasta序列，与我们一次运行pdb2FASTA插件产生的结果一致。
如何引用
如果quickGenome插件版对您有所帮助，请引用以下链接：https://github.com/nongxinshengxin/pdb2FASTA.py
END
编辑 | Narcissus
供稿 | Deeecade
审核 | 农心生信工作室
