为什么会错？错在哪里？
时间有限，我们直接进入主题。首先我们大家都会用蛋白序列建树，对不对？现在最常用的也是 IQtree。一般呢，这些软件给出的都是无根树。尽管我们都知道无根树和有根树的区别就是有没有根，但可视化的时候，我们仍然会习惯性地使用有根树的方式来可视化无根树。为了方便，直接给大家看两张同一个基因树的图吧。
首先先上进化树构建软件出来的树，我们用 figtree 可视化，如下
毋庸置疑，我们已经按照有根树的模式来可视化，见最左边（实际上 newick 文本本身格式就是有根的，为了记录进化树信息，我们也没办法，默认用有根树文本记录无根树）。
同一个树，我们用无根树的模式来可视化
有趣的事情发生了。需要明确的是，无根树可视化的时候，真正体现 taxon，也就是上述每个蛋白之间的“距离”。在没有明确外类群的情况下，其实我们肉眼都清楚，根就在中间，整个树应该是分成两大个分支，左上和右下。
如果我们肉眼给他定根。再按照有根树的模式来可视化
那么效果就出来了。
这个时候问题来了，为什么肉眼定的就对了，你说对就对？你说不对就不对？
序列可能会骗人，但是结构不会骗人。所以呢：
如果是无根树，那么最好分析的使用就用无根树
如果你想用有根树来可视化，这样容易看和可视化，那么你最好就置根，选一个合适的
有什么好办法？
下一个问题就是，怎么置根才是正确的根，尤其是我们完全不清楚外类群或者几乎找不到外类群。方法有很多，但最常见的是 midpoint 算法。（我个人认为是因为这个算法实现起来非常简单，所以支持的软件也多）
比如，我们可以直接在 figtree 中直接用 midpoint
我必须说明的是，其实 midpoint 算法在大多数时候，效果是很好的。只是如果出现某个分支的数据有异常（这个在尤其是基因结构注释质量不高的物种上）比较差的结构注释就会导致异常长的支出来。由于 midpoint 算法本质就类似“极差的中点”，如果两个极端有一个出问题（假的极端）那么置根就会直接出问题。比如上面。
好，那我最喜欢的是什么算法。这几天我测试了几个算法（能实现的就自己实现）和有软件就用软件。发现，MAD 算法表现很不错，不愧是发表在 NEE 上的算法。效果如下
左边是 figtree 内置的 midpoint 算法，右侧是 MAD 置根后用 figtree 可视化。
好了，那么问题来了，既然这个算法这么好，软件也有，那么怎么快速获得和使用。
我花3分钟打包了一个TBtools新插件「Root a PhyloTree」
为了让大伙能更容易且方便的进行正确且高效的进化树置根，我直接打包了一个插件，可以在MacOS 和 Windows 下直接使用。
直接去插件商店就可以找到。详细如下
点击 Install ，TBtools 内部弹出奶牛快传界面，点击 下载，会自动显示进度条
点击 Install It
完事后，就可以在 TBtools 里面找到插件了。
写在最后
Emmm，这个插件呢，运行之后会输入文件旁边生成一个「输入文件名字.rooted」文件，这里面记录的就是置根后的树。祝大伙开心使用....
