不知不觉,已分享了近两百篇单细胞知识帖

文摘   2024-11-04 09:05   江苏  

写在前面

不知不觉,已经做了近两百篇单细胞知识分享了。认真、耐心学完下面的内容,相信能够解决你99%的单细胞问题,也就是说3~10分的SCI理应是囊中之物(当然也不要真的去水文章)


单细胞系列教程目录

单细胞数据分析系列教程:
B站视频,先看一遍视频再去看推送操作,建议至少看三遍:
https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z/
本公众号单细胞相关资料都可以在这里订阅:
scRNA-Seq学习手册Seurat V4修订版
scRNA-Seq学习手册Seurat V5更新版
scRNA-Seq学习手册Python版
scATAC分析学习手册

单细胞测序基础数据分析保姆级教程,代码部分整理在往期推送之中:
手把手教你做单细胞测序数据分析|1.绪论
手把手教你做单细胞测序数据分析|2.各类数据结构与读取方法
手把手教你做单细胞测序数据分析|3.单样本分析
手把手教你做单细胞测序数据分析|4.多样本整合
手把手教你做单细胞测序数据分析|5.细胞类型注释,从入门到入土
手把手教你做单细胞测序数据分析|6组间差异分析
手把手教你做单细胞测序数据分析|7基因集富集分析
Seurat中分类变量处理技巧
沉浸式统计细胞比例

单细胞图片改造计划:
改造单细胞降维图| 1.DimPlot的探索
改造单细胞降维图| 2.ggplot2中的DIY
改造单细胞降维图| 3.3D降维图与动图绘制
改造单细胞降维图| 4.一些造好的轮子
沉浸式统计细胞比例
改造单细胞FeaturePlot
VlnPlot用法及ggplot复现
VlnPlot的ggplot改造

SCENIC转录因子分析
SCENIC单细胞转录因子预测|1.绪论
SCENIC单细胞转录因子预测|2.学习手册
SCENIC单细胞转录因子预测|3.软件安装与数据准备
SCENIC单细胞转录因子预测|4.精简版流程
SCENIC单细胞转录因子预测|5.step1+step2构建共表达网络与regulon
SCENIC单细胞转录因子预测|6.Step3 利用AUCell对Regulon评分
SCENIC单细胞转录因子预测|7.Step4 二元矩阵的计算与可视化
SCENIC单细胞转录因子预测|8.Step5 regulon聚类、分群、降维
SCENIC单细胞转录因子预测|9.下游探索
SCENIC转录因子调控网络图

上游fastq文件处理
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:cellranger
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:dropseqRunner
Cellranger报错:Unable to distinguish between [SC5P-R2, SC3Pv2] ...
BD Rhapsody平台单细胞转录组定量流程
BD Rhapsody定量输出文件读取

细胞通讯
B站连续播放起来比较方便:
https://www.bilibili.com/video/BV1Ab4y1W7qx?p=1
往期推送
《细胞通讯》1.概论
《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程
《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析
《细胞通讯》CellChat学习手册
CellChat空转细胞通讯合辑
SeekSpace细胞通讯分析

拟时序分析
B站连续播放起来比较方便:
https://www.bilibili.com/video/BV1br4y1x7Hf?p=1
往期推送
《拟时序分析》1.概论
《拟时序分析》2.monocle概论
《拟时序分析》3.monocle2实操:精简版拟时序
《拟时序分析》4.monocle2实操:完整版
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》5.初识monocle3
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》6.monocle3的降维、分群、聚类
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》7.monocle3的拟时序分析
解决monocle2的orderCells报错的两种方法
一文搞定拟时序分析的下游可视化探索

scFAST系列
scFAST分析| 01.绪论
scFAST分析| 02.单细胞分析准备工作
scFAST分析| 03.fast模块
scFAST分析| 04.Seurat分析及可视化
scFAST分析| 05.mut模块
一文学会scFAST-seq数据分析

其他单细胞相关技术贴也在这里:
应审稿人要求| pseudo bulk差异分析
genesorteR——比FindAllMarkers快一百倍!
单细胞必修课——Seurat流程
scRNA-Seq双细胞过滤手册
scRNA-Seq学习手册Seurat V4修订版
快速上手Seurat V5
单细胞Figure 1常见图表(视频教程)
细胞的数量由誰决定?
单细胞中应该如何做GSVA?
答读者问(三):单细胞测序前景
答读者问(四):如何分析细胞亚群
答读者问(八):为什么Read10X也会报错?
答读者问(十)整合后的表达矩阵,如何拆分出分组信息?
答读者问(十一)如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件?
给你安排一个懂生信的工具人(十):不学编程 零代码完成单细胞测序数据分析:Loupe Browser
什么?不做单细胞也能分析细胞类群和免疫浸润?
答读者问 (十三)查看Seurat对象时的ERROR:type='text'
各类单细胞对象(数据格式)转换大全(一)
单细胞对象(数据格式)转换大全|2. h5ad转Seuratobj
批量整理好GEO中下载的单细胞数据
答读者问 (十五)稀疏矩阵转matrix, as.matrix函数是下下策
答读者问 (十六)做单细胞测序到底需要多少内存
答读者问 (十七)调用的线程越多就算的越快嘛?
答读者问(十八)、一个我至少被问过30遍的monocle报错
没有barcode文件的单细胞数据要怎么读取
单细胞基因集评分之AUCell
粉丝来稿|1. Seurat4相较于Seurat3的几点改动
如何加快Seurat的计算速度
一文搞定单细胞基因集评分
答读者问(二十)四个单细胞样本只给了一套文件怎么读
人类单细胞测序数据中有哪些以"**-"开头的基因
为什么总把分辨率调的很高
Seurat中如何让细胞听你指挥
答读者问| 22.object 'CsparseMatrix_validate' not found
单细胞数据在R中的读取及存储速度太慢怎么办?这个神包来帮你!
单细胞分群分辨率选择困难症
一文搞定空间转录组与单细胞测序的整合分析
一文掌握十个单细胞数据库
如何将已经构建好的Seurat空转对象转存为原始文件?
一文学会零代码单细胞分析
SeekSpace| 会单细胞就会空间转录组
10xGenomics官方可视化工具——Loupe Browser
快速上手Cellranger

单细胞文献阅读:
《Advanced Science》新型Arf1抑制剂促进癌症干细胞衰老并增强抗肿瘤免疫
IF14.3| scRNA-seq+脂质组多组学分析揭示宫内生长受限导致肝损伤的性别差异
Q1临床设计+生信分析,单细胞揭示骨髓增生异常综合征中的造血功能异常&微环境中的细胞状态
13分+文章利用scRNA-Seq揭示地铁细颗粒物引起肺部炎症的分子机制
除了铁死亡,还有铜死亡?!
scRNA-seq揭示脓毒症预后水平预测的关键靶点!
《Narure Biotechnology》教你怎么"捏造"单细胞数据
拟时序分析神包—monocle的三篇《Nature》
测序技术的发展与应用
Biomamba助推的第二篇文章!发表了!
又来了!Biomamba生信基地助推的第四篇文章!
单细胞测序解析糖尿病肾病中肾小球的动态变化
Cell metabolism| 单细胞测序技术解析健康人与T2D患者的胰岛差异
Science| 小鼠全肾单细胞测序开篇之作
一篇不花钱就能白嫖的文章
不会吧不会吧,Nature都能白嫖?
高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱
IgAN & STRT-Seq
老树开新花—EGFR、肿瘤、免疫+scRNA-Seq
癌前基质细胞驱动BRCA1肿瘤发生
紧跟生信"钱"沿,胰腺癌&免疫多模态图谱
原发头颈癌和肿瘤转移微生态
《Cell Metabolism》:肾脏疾病&代谢&核受体ESRRA
《Nature communication》:PD-1&急性髓细胞性白血病&T Cell
单细胞测序揭示鼻咽癌微环境的基质动力学和肿瘤特异性特征
《Nature》:MYB调控衰竭性T细胞对检查点抑制的响应
单细胞都能活检测序了?
文献阅读(二十九)、单细胞测序做到什么程度能毕业|硕士篇
文献阅读(三十)、单细胞测序做到什么程度能毕业|博士篇
2022年了,都有哪些器官/组织有scRNA-Seq数据|小鼠篇
2022年了,都有哪些器官/组织有scRNA-Seq数据|人类篇
2023年了, 都哪些物种有scRNA-Seq数据
终于读到一篇用monocle3做拟时序的文章
单细胞转录组+亚细胞空间代谢组=25分文章
酸了,六个样本的scRNA-Seq+差异分析=9分文章
自测scRNA-Seq+scWGBS=3分三区文章?
百万级单细胞多组学数据集成
空间转录组与单细胞转录组整合分析工具大比拼
<IF=27.4> IgG4相关性疾病中颌下腺和血液中的细胞和分子改变
微生物组研究技术——微生物也能做单细胞
scRNA-Seq+WGCNA+铁死亡:IF=9.69
《Nature》: 单细胞解析大脑感知流感过程
两万字长文|当前单细胞 RNA-seq 分析的最佳实践
数百万级单细胞数据时代的多组学分析
《Nature Methods》: NiCheNet, 能够考虑到胞内转录调控的细胞通讯软件
基于scRNA-Seq&空间转录组的AKI研究
自测蛋白质组+Bulk RNA-Seq & 挖掘scRNA-Seq=13.6分JASN
非监督式聚类在scRNA-Seq应用中的挑战
Seurat V5的《Nature Biotechnology》
当空转遇上单细胞~
人类肾脏参考组织图谱
有免疫特征的基质细胞,有没有可能是双细胞?
CAR-T治疗急性髓细胞性白血病的scRNA-Seq图谱
临床样本+单细胞+空转=IF4.8?
鼻咽癌的Bulk RNA-Seq与scRNA-Seq联合分析
GPTCelltype:玩GPT4玩出Nature
《Nature Methods》教你如何挑选空转平台

单细胞注释复写
单细胞注释复写(一):Human Fetal Kidney
单细胞注释复写(二): human colorectal
单细胞复写|3.急性心肌梗塞(AMI)外周血scRNA-Seq分析实战(链接重置)
单细胞复写|4. GSE157783数据集复现及差异分析
CellRank的教程重现
人类肾脏scRNA-seq图谱
小鼠纹状体单细胞基因变化图谱
T Cell单细胞参考图谱
MLP模型鉴定免疫细胞发育和瘤内T细胞耗竭的单细胞染色质图谱
干细胞样CD4+ T细胞与自身免疫性血管炎
小鼠与人类的空间表观单细胞图谱
人类肾脏scRNA-seq图谱
胰腺导管腺癌的内异质性和恶性进展scRNA-seq图谱
肝脏发育、成熟的单细胞图谱
微环境中肿瘤免疫屏障决定了免疫治疗的效果
scRNA揭示T1D骨髓与骨质减少的关系
肝癌单细胞分群marker
胶质瘤相关巨噬细胞scRNA图谱
人类乳腺癌scRNA-seq数据
肢端黑色素瘤细胞scRNA-seq图谱&免疫治疗
皮质神经注释复写
非小细胞肺癌免疫治疗后肿瘤微环境重塑scRNA图谱
小鼠脑动脉瘤模型的scRNA-Seq分析
儿童白血病的单细胞数据读取
疟疾中免疫细胞亚群的调控响应
单细胞空间转录组在脑科学领域的应用
snATAC联合scRNA揭示小鼠肾脏细胞分化程序和疾病靶点

硬件准备:
生信分析为什么要使用服务器?
足够支持你完成硕博生涯的生信环境
配置一个心仪的工作站(硬件+环境配置)
独享服务器,生信分析不求人
为实验室准备一份生物信息学不动产

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已致谢文章:

《Advanced Science》新型Arf1抑制剂促进癌症干细胞衰老并增强抗肿瘤免疫
13分+文章利用scRNA-Seq揭示地铁细颗粒物引起肺部炎症的分子机制
IF14.3| scRNA-seq+脂质组多组学分析揭示宫内生长受限导致肝损伤的性别差异
鼻咽癌的Bulk RNA-Seq与scRNA-Seq联合分析
除了铁死亡,还有铜死亡?!
银屑病和脂肪肝病中共同病理和免疫特征
scRNA-seq揭示脓毒症预后水平预测的关键靶点!




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