2、理化性质预测:其实细心的读者从上图中就可以发现Editseq在给出氨基酸序列时,就会同时给出一些预测的基本理化性质,如等电点、氨基酸组成等。但是显然,我们有更专业的选择——ExPASy ProtParam tool(全称为Expert Protein Analytic System,大家可以自行体会一下,网址为https://web.expasy.org/protparam/)。这个网站的操作也是非常的简单,只需将我们刚才所得到的单字符氨基酸序列粘贴在网站的程序窗口内点击Compute parameter即可开始运算。运算结果如以下两张图片所示,我们可以从中得知SNase共有171个氨基酸,相对分子质量为19122.66,理论等电点为9.28,消光系数为17420,在人类网状红细胞、酵母、大肠杆菌中的半衰期分别为30h、20h、10h,不稳定指数为29.01,亲脂性系数为63.92,亲水性为-0.898。
3、二级结构预测:同样的,关于二级结构的预测也有相应的在线平台:SOPMASECONDARY STRUCTURE PREDICTION METHOD(
https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html),在简单的输入序列之后便可运行得到如下的结果,该平台会使用不同的颜色标记序列中每一个氨基酸所属的二级结构(如α-螺旋、β-折叠等)。
5、信号肽预测:这里推荐大家使用SignalP-5.0,也是一款很好用的在线网站,可以通过预测结果中的C值:原始剪切位点分值,Y:综合剪切位点分值,S:信号肽剪切位点分值来判断是否有信号肽的存在。显然,SNase是不具有信号肽的。【一般综合剪切位点分值(Y)与信号肽剪切位点分值(S)较低(< 0.5)即是无信号肽】
以下是一些具体的代码供大家参考:
show sticks #展示球棍模型
hide sticks #隐藏球棍模型
show sphere #额,下面的这些展示形式不太能翻译好,大家可以自己敲一下感受一下
hide sphere
show mesh
hide mesh
show dots
hide dots
color blue, ss h #将α-螺旋部分转换为蓝色
color yellow,ss s #将β-片层部分转换为黄色
color red,ss 1+"" #将loop与其他结构转换为红色
set cartoon_flat_sheets,数字 #改变片层的厚度
set cartoon_oval_width数字 #改变宽度
set cartoon_oval_lenth,数字 #改变长度
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文章的最后,放几张笔者修饰好的SNase三维结构图:
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