Microbiome | 全球分布的海洋 Gemmatimonadota 基因组潜力分析!

文摘   2024-08-14 07:02   奥地利  

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Gemmatimonadota 是各种环境 (土壤、淡水、污水处理厂和海洋) 中普遍存在的生物,相对丰度约 1% 。之前基于土壤的研究表明 Gemmatimonadota 喜欢干燥的土壤环境,在干旱条件下,它们的丰度增加,表明它们对土壤水分的变化作出积极反应。在沿海沉积物中,Gemmatimonadota 与参与硫、氮和氧代谢的不同关键基因表现出很强的相关性。目前,Gemmatimonadota 包含 6 个培养物种,它们都是化能有机异养生物,其中两个具有用于无氧光合作用的紫色细菌反应中心。已有的研究发现,Gemmatimonadota aurantiaca 能够还原强效温室气体 N2OGemmatimonadota分离株对某些抗生素具有天然抗性;来自土壤样本的宏基因组数据显示它们具有许多生物合成基因簇 (BGC)。总的来说,这些研究表明 Gemmatimonadota 可能在环境中发挥重要作用。但它们在海洋中的生态模式和代谢多样性仍不清楚。

2024年8月10日,第一作者山东大学海洋研究院宫先哲副教授,通讯作者:山东大学海洋研究院刘纪化教授,同济大学海洋与地球科学学院李江涛教授,University of Texas at Austin, Austin,Prof. Brett J. Baker在权威学术期刊Microbiome上发表最新研究进展,文章题为:Globally distributed marine Gemmatimonadota have unique genomic potentials。为了填补这一知识空白,作者从五种不同的海洋环境中获得了 495 Gemmatimonadota 宏基因组组装基因组 (MAG)。更新的系统发育揭示了四个不同的系统发育组,对应于GTDB 中的 JACCXV01GemmatimonadalesKS3-K002 Longimicrobees 和七个基于蛋白质组成的不同簇。这些海洋 Gemmatimonadota 拥有参与不同生物地球化学循环过程的基因,包括碳、氮和硫,以及用于调节微生物群落的次级代谢物的生物合成基因簇 (BGC)。这为 Gemmatimonadota 在海洋环境中的基因组多样性和生态作用提供了新的见解,表现出海洋和陆地之间不同的基因型。

The global and environmental distribution of Gemmatimonadota bacteria.

Overview of biogeochemical metabolic pathways in the four phylogenomic groups of Gemmatimonadota.


参考文献


Gong, X., Xu, L., Langwig, M.V. et al. Globally distributed marine Gemmatimonadota have unique genomic potentials. Microbiome 12, 149 (2024). https://doi.org/10.1186/s40168-024-01871-4。


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