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Atribacterota（暗黑菌门）成员广泛存在多种缺氧环境中。目前，仅分离并鉴定了Aribacter
laminatus RT761T。由于Atribacterota难培养且缺乏高质量基因组，因此此功能尚不十分清楚，阻碍了对该门性质的更全面了解, 目前对它们的多样性、生理学、生态学和进化仍然知之甚少。
2024年7月6日，内华达大学Brian P. Hedlund教授，中山大学李文均教授和成都沼气所承磊研究员共同通讯题为：Cultivation of novel Atribacterota from oil well provides new insight into their diversity, ecology, and evolution in anoxic, carbon-rich environments研究论文。作者报告从陆地油藏中分离出第二个Atribacterota成员，命名为Thermatribacter velox gen. nov., sp. nov.，属于新Thermatribacteraceae fam. nov.，并且短期实验室富集了 JS1 谱系的一个成员Phoenicimicrobium oleiphilum HX-OS.bin.34 TS。
结果从多个方面阐述分离菌株的生理学和基因组特征。生理学和宏转录组学分析表明，Thermatribacter velox B11T和Phoenicimicrobium oleiphilum HX-OS.bin.34TS分别发酵糖和正构烷，产生 H2、CO2和乙酸盐作为常见产物。
Overview of Atribacterota in the hydrocarbon- and acetate-enriched environments.
比较基因组学表明，所有Atribacterota成员均缺乏完整的 Wood-Ljungdahl 途径 (WLP)，但还原甘氨酸途径 (RGP) 广泛分布，这表明 RGP 而不是 WLP 是Atribacterota中心代谢途径。
祖先性状状态重建和系统发育分析表明，编码 RGP ( fdhA、fhs、folD、glyA、gcvT、gcvPAB、pdhD ) 和其他中心功能的关键基因是在Atribacteria (OP9) 和Phoenicimicrobiia (JS1)两个纲中独立获得，之后它们垂直遗传；这些基因包括延胡索酸加成酶（faeA；仅Phoenicimicrobiia）、CODH/ACS 复合物 ( acsABCDE ) 和多种氢化酶（NiFe 组 3b、4b 和 FeFe 组 A3、C）。最后，作者提出基因组解析的群落代谢模型，展示了Atribacteria (OP9) 和Phoenicimicrobiia (JS1) 在富含乙酸盐和碳氢化合物的环境中的核心作用。
Overview of metabolic capabilities of the classes Atribacteria (OP9) and Phoenicimicrobiia (JS1).
Metabolic models in the hydrocarbon- and acetate-enriched environments. The metabolic models are based on the 33 representative genomes.
参考文献
Jiao, JY., Ma, SC., Salam, N. et al. Cultivation of novel Atribacterota from oil well provides new insight into their diversity, ecology, and evolution in anoxic, carbon-rich environments. Microbiome 12, 123 (2024). https://doi.org/10.1186/s40168-024-01836-7.
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