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每个反应管内的荧光信号达到设定的域值时所经历的循环数。研究表明，每个模板的Ct值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系，起始拷贝数越多，Ct值越小。利用已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线，因此只要获得未知样品的Ct值，即可从标准曲线上计算出该样品的起始拷贝数。是用不同的灰阶来反应组织和器官的密度，也可以用吸收系数来反应组织器官的密度。
（1）肺窗WW1500—2000HU 、WL-450—-600HU
（2）纵膈窗WW250—350HU、WL30—50HU（1）骨窗WW1000—1500HU、WL250—350HU（2）软组织窗WW300—500HU、WL40—60HU不同部位使用不同窗宽窗位,能较充分反映解剖内容和病灶影像表现头颅:脑组织窗宽设定为80 Hu~100 Hu,窗位为30 Hu~40 Hu,
垂体及蝶鞍区病变窗宽宜设在200 Hu~250 Hu,窗位45 Hu~50 Hu,脑出血患者可改变窗宽位80 Hu~140 Hu,窗位30 Hu~50 Hu，脑梗死患者常用窄窗60 Hu,能提高病灶的检出率,清楚显示梗死及软化灶,颌面部眼眶窗宽定为150 Hu~250 Hu,窗位30 Hu~40 Hu,观察骨骼时窗宽150 Hu~2 000 Hu,窗位400 Hu~450 Hu，喉颈部、鼻咽、咽喉部的窗宽和窗位常设在300 Hu~350 Hu和30 Hu~50 Hu,能满足该部位的解剖和病灶显示,胸部:常规胸部CT检查分别用纵隔窗及肺窗观察,纵隔窗可观察心脏、大血管的位置,纵隔内淋巴结的大小,纵隔内肿块及这些结构的比邻关系,设定纵隔窗可用窗宽300 Hu~500 Hu,窗位30 Hu~50 Hu,肺部窗宽1 300 Hu~1 700Hu,窗位-600 Hu~-800 Hu,在上述基本窗宽的基础上,若观察肺裂和肺血管,可调窄窗宽和调低窗位,对肿块形态，分叶，胸膜凹陷征，毛刺征增的观察肺窗比纵隔窗更为清晰,腹部:腹部检查常设定窗宽为300 Hu~500 Hu,窗位30 Hu~50 Hu,肝脾CT检查应适当变窄窗宽以便更好发现病灶，窗宽为100 Hu~200 Hu,窗位为30 Hu~45 Hu,肾脏因含水量较多,检查时常用窗宽200 Hu~300 Hu,窗位为25 Hu~35 Hu,胰腺一般为300 Hu~350 Hu,窗位为35 Hu~50 Hu,窄窗120 Hu~150 Hu和30 Hu~40 Hu,脊柱及四肢:常规脊柱扫描显示脊椎旁软组织,窗宽200 Hu~350 Hu,窗位35 Hu~45 Hu,骨窗为窗宽800 Hu~2 000 Hu,窗位250 Hu~500 Hu,骨的CT值多在1 000 Hu左右,肌肉为40 Hu左右,脂肪多为-50 Hu以下。
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