如何判断qPCR数据能不能用?

学术   2024-09-27 09:07   河北  

大家好,今天聊下做的aPCR数据可以进行分析,能不能用这个问题,判断 qPCR 数据是否可用需要考虑以下几个方面:

  1. 扩增曲线:扩增曲线应该呈现出典型的 S 型曲线,且曲线应该平滑,没有明显的锯齿状或平台期。



  2. 阈值线:阈值(threshold)一般是基线的标准偏差的10倍。阈值线应该位于扩增曲线的指数增长期,且应该在曲线的中部,不应过高或过低。


  3. CT 值:CT 值(循环阈值)是指扩增曲线达到阈值线所需的循环数。CT 值应该在合理的范围内,一般来说,CT 值应该在 15-35 之间。




  4. 内参基因:如果实验中使用了内参基因,内参基因的 CT 值应该稳定且在合理范围内。


  5. 重复性:qPCR 实验应该具有良好的重复性,即相同条件下重复实验得到的结果应该相似。


  6. 溶解曲线:单峰无杂峰,TM在75-90之间。



如果 qPCR 数据满足以上要求,则可以认为数据可用。如果数据存在异常或不符合要求,则需要进一步分析原因并采取相应的措施,如优化实验条件、重新实验等。


内标未起线(无扩增)



病毒核酸检测中,多个样本的内源性内标(如RNase P)未出现扩增曲线。而阳性对照和阴性对照均正常,表明实验体系本身无重大问题。


原因分析

  • 样本漏加或加样错误:在加样过程中可能存在漏加样本或加错样本的情况,导致这些样本的内标无法扩增。

  • 采样管问题:采样管保存液变质,出现沉淀或液体变浑浊,影响样本质量,从而导致内标无法扩增。

  • 提取步骤问题:提取过程中可能存在操作不当或试剂污染,导致提取的核酸质量不佳,无法用于后续扩增。

解决方案

  • 检查加样步骤:回顾加样过程,确认是否有漏加或加错样本的情况。

  • 更换采样管:使用质量可靠的采样管,并检查采样管保存液的状态,避免使用变质或污染的采样管。

  • 优化提取步骤:确保提取过程中无抑制物残留,并使用高质量的提取试剂和耗材。

内标Ct值异常偏高



在QPCR实验中,部分样本的内标Ct值异常偏高,远高于正常值范围。这些样本的阳性靶标扩增曲线正常,但内标扩增效率明显偏低。


原因分析

  • 样本中存在抑制物:样本中可能存在某些抑制物(如多糖、蛋白质等),这些抑制物会干扰PCR扩增反应,导致内标扩增效率降低。

  • 提取不完全:核酸提取过程中可能存在提取不完全的情况,导致提取的核酸量不足,内标扩增效率降低。

  • 引物问题:内标引物的设计或质量可能存在问题,如引物特异性不高、纯度不够等。

解决方案

  • 样本稀释:将样本稀释后重新进行提取和扩增,以降低抑制物的影响。

  • 优化提取方法:优化提取步骤,确保提取完全,并使用高质量的提取试剂和耗材。

  • 更换引物:重新设计或选择高质量的内标引物,并验证实验以确认其特异性和扩增效率。

内标扩增曲线异常(非典型S型)



在QPCR实验中,部分样本的内标扩增曲线呈现非典型S型,如曲线不平滑、有波动或翘尾。


原因分析

  • 温度控制不稳定:qPCR仪的温度控制可能存在不稳定的情况,导致扩增过程中温度波动较大,影响扩增曲线的形态。

  • 反应体系污染:反应体系中可能存在污染物(如DNA片段、引物二聚体),导致非特异性扩增或扩增抑制。

  • 仪器故障:qPCR仪本身可能存在故障或老化现象,导致检测结果不准确。

解决方案

  • 检查温度控制:检查qPCR仪的温度控制系统是否稳定可靠,必要时进行校准或维修。

  • 优化反应体系:优化反应体系中的各组分浓度和纯度,减少污染物的干扰。同时,注意操作规范,避免交叉污染。

  • 更换仪器:如果qPCR仪存在严重故障或老化现象且无法修复,建议更换新的仪器以确保检测结果的准确性。

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