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上呼吸道感染 70％~80％由病毒引起，包括鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流感和副流感病毒、呼吸道合胞病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒。另有 20％~30％由细菌引起。下呼吸道感染是由病毒、细菌、支原体、衣原体、军团菌等微生物感染引起，是最常见的感染性疾病。呼吸道八联检主要包括肺炎支原体、嗜肺军团菌、呼吸道合胞病毒、流感病毒 A、流感病毒 B、副流感病毒、腺病毒和肺炎衣原体。RSV 属于副粘病毒科肺病毒属，一般认为只有一个血清型。主要侵犯上呼吸道的上皮组织，引起坏死性炎症，这可导致严重的支气管炎和肺炎，尤其在母乳喂养婴儿和低龄儿童中。它是主要的流感病毒之一，部分地区性的呼吸道病原体流调显示，RSV 的阳性率能达到 11.58%~36%。该病传染性强，在人群中的感染率很高，大约 90% 的成人感染过。虽然感染 RSV 后可产生具有中和作用和补体结合能力的抗体，但是再次感染仍很常见。抗呼吸道合胞病毒特异性 IgM 抗体最早可在发病 1 周左右出现，可持续存在 2~3 个月。
腺病毒为无包膜的二十面体的 DNA 病毒，腺病毒可通过气溶胶或物在人与人之间传播。世界上 6% 的呼吸道感染是由腺病毒所引起的。其主要致病：呼吸道感染、流行性结膜炎（俗称红眼病）、病毒性胃肠炎、急性出血性膀胱炎等，其中腺病毒引起的呼吸道感染和红眼病最常见。在感染后的最初几天中，排泄物中的病毒含量最高。抗腺病毒特异 IgM 抗体最早出现在发病后 1 周左右，可持续存在 2~3 个月。
肺炎衣原体为人类致病原，通过气溶胶传播。有 10% 的感染性肺炎是由肺炎衣原体所致。约 50% 的成人中可检出抗肺炎衣原体抗体。血清转化最常见于 5 到 15 年龄段，20 岁时免疫力达到高峰。约一半的肺炎衣原体感染无临床症状。肺炎衣原体感染最常见的临床症状为轻微的呼吸道感染。典型的症状为持续性干咳，也可出现咽喉疼痛、头疼和发热。大约 10% 的感染者发展成肺炎。与肺炎衣原体有关的慢性病有支气管哮喘和动脉粥样硬化。通常在初次感染肺炎衣原体 2~3 周后出现 IgM 抗体，并可持续存在 2~6 个月。在出现 IgM 抗体后的 3~5 周患者体内的 IgG 抗体水平明显升高，这意味着抗肺炎衣原体抗体检出时间要迟于许多其他感染。复发感染 1-2 周后，患者体内的 IgG 抗体水平升高，但是，有些患者不出现 IgG 水平升高。复发感染时，可见 IgM 抗体水平轻微升高。无论是肺炎衣原体感染细胞作为检测基质的间接免疫荧光法还是以原生小体作为检测基质的微量免疫荧光法（MIF）检测肺炎衣原体抗体，都不能排除其与沙眼衣原体和鹦鹉热衣原体之间的交叉反应。流感主要在寒冷的季节流行，潜伏期为 1~5 天。流感病毒属于正粘病毒，分成甲（A）、乙（B）、丙（C）3 型。也就是人们常说的甲流、乙流、丙流。由于流感病毒的基因变异能力很强，因而一次流感病毒感染不会产生终生免疫。对于高危人群（免疫力比较弱的人群或老人），可在流感流行季节开始时用相关的病毒株进行免疫，但这也只对所使用的亚型具有保护作用。抗流感特异的 IgM 抗体最早可在发病 1 周左右出现，可持续存在 2~3 个月。
甲型的宿主范围很广，能感染包括人以内的多种动物（猪、马、狗、禽类和海豹等），也曾经多次引起世界性的人流感大流行。目前感染人的主要是甲型流感病毒中的 H1N1、 H3N2 亚型。甲型 H1N1 流感症状与感冒类似，患者会出现发烧、咳嗽、疲劳、食欲不振等。有报道说，美国 2009 年疫情中发现病例的主要表现为突然发热、咳嗽、肌肉痛和疲倦，其中一些患者还出现腹泻和呕吐症状；包括发热、咳嗽、喉痛、身体疼痛、头痛、乏力、精神不好、食欲不振等、发冷和疲劳等，有些还会出现腹泻或呕吐、肌肉痛或疲倦、眼睛发红等。
通常致病性低，偶尔导致局部暴发，但一般不会引起世界性的大流行。它是流感的病原体，在具有潜在病理学的患者中会产生严重的并发症。由于它易于与其它呼吸道疾病混淆，所以在流行期临床诊断很困难。因此，实验室诊断就显得非常重要。发病开始常有一般的流感症状，如起病急骤，咳嗽、咽痛伴有发热、头痛、肌痛、不适，症状持续进展，出现高热不退气急、发绀、阵咳、咯血痰量常很少，但可带血。嗜肺军团菌是一种胞内兼性短杆菌。嗜肺军团菌可攻击肥大细胞并在其内繁殖。军团菌感染首次于 1976 年在美国发现，表现为由嗜肺军团菌感染所引起的多源性、坏死性肺炎（军团菌病），累及肺部及其它器官：如中枢神经系统、肾脏或肝脏。免疫力低下或心肺功能障碍的患者特别易感，致死率可高达 20%。军团菌主要通过气溶胶传播，公共场所及医院中的冷热水系统、冷却塔和空调设备中的加湿器以及漩涡浴室均可成为传染源。嗜肺军团菌性肺炎可在世界范围偶发或流行。嗜肺军团菌也可导致一种非常罕见的非肺炎自限性疾病――庞提雅克热。嗜肺军团菌血清型 1 为最为常见的感染人类的嗜肺军团菌，但也有各种军团菌属的混合感染。偶尔，嗜肺军团菌可与其它军团菌、拟杆菌属、鹦鹉热衣原体、肺炎支原体和假单胞菌属发生交叉反应。细菌培养是检测嗜肺军团菌的金标准，但仅 30% 感染者的检测结果为阳性。所以，血清学指标在诊断中起到重要的作用。间接免疫荧光法是检测抗嗜肺军团菌抗体的标准方法。抗嗜肺军团菌特异的 IgM 抗体最早可在感染 1 周后出现，可持续存在 3~6 月。
支原体是目前已知的一种最小的可自我复制的细胞，不含坚硬的细胞壁（胞壁质缺陷），作用于细胞壁的抗生素对其基本没有疗效。目前人类中已发现了 12 种支原体属。肺炎支原体可引起非典型性肺炎和常见的上呼吸道感染。支原体肺炎的病理改变以间质性肺炎为主，有时并发支气管肺炎，称为原发性非典型性肺炎。主要经飞沫传染，潜伏期 2～3 周，发病率以青少年最高。临床症状较轻，甚至根本无症状，若有也只是头痛、咽痛、发热、咳嗽等一般的呼吸道症状，但也有个别死亡报道。一年四季均可发生，但多在秋冬时节。另外，在一些病例中还可出现咽喉炎和中度的耳部疾病，但大部分的感染无任何症状。也可发生再次感染。组织学研究发现：肺炎支原体可粘附于气管、支气管和细支气管的上皮细胞上。感染肺炎支原体后 1 周可出现 IgM 和 IgA 型抗体，数周后可出现 IgG 抗体滴度升高，并持续数月。抗肺炎支原体可与其它支原体属发生交叉反应。在鉴别诊断时，须排除肺炎衣原体感染、病毒性肺炎、鹦鹉热和 Q 热。抗肺炎支原体特异的 IgM 抗体最早可在发病 1 周左右出现，可持续存在 3~6 个月。副流感病毒 1、2 和 3 型在 2~4 岁儿童中能引起喉气管支气管炎（哮吼）。3 型具有流行性，1 和 2 型具有地域性。第 1 和第 3 型副流感病毒感染常见于幼儿。第 3 型为地方性流行，传染性强，四季均可发生，多数儿童 1 岁内可感染。由副流感病毒 1 型或 2 型引起的流行性疾病有每年均可发生并交替占主导地位的倾向。第 2 型引起的疾病更趋于散发。第 1，2，3 型可在秋季流行。第 4 型引起轻度呼吸道疾病。在疾病早期有中度咽喉痛和干咳，许多病例声音嘶哑和哮吼症状突出；这种哮吼 (急性喉气管支气管炎) 是小儿副流感病毒感染最严重和危险的病症。在成人中感染副流感病毒可引起上呼吸道疾病，经常伴有发热。副流感病毒感染可呈地方性流行，特别是在晚秋至第二年春天之间。副流感病毒通过气溶胶传播。针对副流感病毒各型的抗体之间有交叉反应，可通过比较抗体滴度进行区分。抗副流感病毒特异的 IgM 抗体最早可在发病 1 周左右出现，可持续存在 2~3 个月。仅限于定性试验和辅助诊断，不作为临床诊治的唯一依据，应结合患者的临床症状 / 体征、病史、其他实验室检查（尤其是病原学检测）、治疗反应及流行病学等信息综合考虑。感染初期，病原体特异性 IgM 抗体未产生或滴度很低会导致阴性结果，如怀疑有病原体感染，应提示患者 7~14 天内复查。
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