为了解决这些问题，海南大学三亚南繁研究院陈飞教授团队开发了PhyloForge工具，并以“PhyloForge: Unifying Micro- and Macroevolution With Comprehensive Genomic Signals”为题发表在国际著名生物学期刊Molecular Ecology Resources 上。该工具整合了当前主流的系统发育分析流程（见图1），使用户无需手动处理中间文件，即可轻松进行基于低拷贝核基因、细胞器编码基因及其全基因组序列的宏观系统发育分析，以及基于SNPs和SVs的微观系统发育分析。
通过对使用被子植物（Angiosperm），丛枝菌根（AM fungi），灵长类动物（Primates）及山茶科植物（Theaceae）等类群的广泛测试，验证了PhyloForge的有效性。它不仅用户友好，提供高度灵活的参数设置，还在准确性方面表现卓越（见图2）。这种用户导向的设计与精准性的结合，使PhyloForge成为从事系统发育分析的研究人员一个便捷且可靠的选择。其强大的性能确保能够处理多种分析任务，成为系统发育研究的综合解决方案。
图2 使用PhyloForge推断的系统发育结果
海南大学三亚南繁研究院陈飞教授及昆士兰大学Robert Henry教授为本论文通讯作者，本研究得到了国家自然科学基金（32172614）、海南省科技专项基金（ZDYF2023XDNY050）、海南省自然科学基金（324RC452）和全国重点实验室项目（NO. NKLTCB202337）等项目的资助。
原文链接：
https://doi.org/10.1111/1755-0998.14050
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