孟德尔随机化频频登上生信热搜，谁不想蹭这个热点，可现在仅仅靠这一个热点发高分有点费劲，需要“雨露均沾”，就像吃自助餐，好吃的都夹点，既能吃饱，又能吃好！
不用卷也能在卷王的时代脱颖而出，各个方向都“夹”点，临床研究来点，孟德尔随机化来点，简单组学来点，每条路都走，但每条路都不用走到黑的轻松简单高分文章诞生！
临床数据或者Meat分析提供研究依据，确定临床相关性，然后进行孟德尔随机化，确定因果关系，最后加些简单组学分析，多种技术路线结合，范围虽广但无需深究，更适合临床科研！为大家列举了一些孟德尔随机化研究中常用到的暴露因素和一些简单生信分析内容，可以参考。
更适合临床科研体质——分高不难，料多不腻
“临床证据＋MR研究＋生信分析”思路
欢迎扫码咨询
高级分析不仅仅看相关，还要找因果，今天给大家推荐一篇“临床＋MR＋单细胞”的文章，本研究临床数据验证认知与衰老之间的相关性，基于单细胞数据进行细胞轨迹分析，通过MR分析和共定位分析验证衰老基因与AD之间的因果关系。
本研究主要分三个步骤进行：
Part1：通过大型公开临床数据库“NHANES”的临床研究证明了衰老与认知功能障碍之间的相关性。通过血液单细胞测序分析AD患者NK细胞的衰老基因。
Part2：使用孟德尔随机化研究证明了AD与NK细胞中衰老相关基因的因果关系。
Part3：通过AD转录组测序证明了关键基因的表达，以及AD免疫细胞浸润和关键基因参与的信号通路。
图1 流程图
结果
1.利用前瞻性队列数据库探讨认知表现与表型年龄之间的关系
利用前瞻性队列数据库探讨认知表现与表型年龄之间的关系，发现表型年龄与认知能力呈负相关。
表1 表型年龄与数字符号替换测验得分的关系
2.不同年龄组PBMC单核细胞微环境的改变
分析不同年龄段血液中的细胞免疫细胞组成，CD4+ T细胞和NK细胞比例在脐带血、青年和老年人群中均逐渐升高。老年人群中的大多数细胞是NK细胞、CD4+ T细胞、巨噬细胞、CD8+ T细胞、B细胞和单核细胞(图2B)。
分析NK细胞干性分化情况，发现CD4+ T细胞具有最高的分化潜能(图2E, F)。NK细胞亚群在衰老参与者中发挥着至关重要的作用。
图2 不同年龄组外周血的单细胞分析
3.不同年龄段的细胞轨迹
对NK细胞进行轨迹分析，老龄化人群NK细胞簇按时间顺序增加，而分化潜能开始下降(图3C)。
寻找关键的分子事件，衰老基因的分化潜力随着时间顺序的增加而下降(图3D)。
图3 衰老细胞运动轨迹的构建
4.AD和正常人群的单细胞微环境变化
通过单细胞测序分析了AD患者和正常患者血液中细胞微环境的细胞及其分化水平的差异。AD患者与正常患者相比，NK细胞、T细胞、巨噬细胞、B细胞和单核细胞占大多数(图4B)。
评估了AD中免疫细胞的分化，发现T细胞具有更高的分化潜能(图4E, F)。
分析了AD中NK细胞与其他亚群的直接相互作用，发现NK细胞积极参与免疫应答，并能调节其他细胞群的功能。
图4 阿尔茨海默病（AD）和健康个体的单细胞分析
5.识别AD人群的基因调控
通过血液单细胞测序分析确定了AD患者的基因调控网络。
对AD和正常患者的细胞亚群分布(图5A，B，C)，转录因子(图5D)进行分析比较，发现AD的转录因子活性高于正常细胞群(图5F)，转录因子聚类并分为8个亚组(图6A)，与正常人群相比，AD患者的M6簇转录因子活性表达更高，且大部分集中在NK细胞中(图6B)。
图5 阿尔茨海默病（AD）和健康个体之间转录因子活性的差异
图6 阿尔茨海默病（AD）中的基因转录调控
6.可能影响AD的基因的孟德尔随机化和病例对照队列研究
为了找到衰老相关基因与AD之间的因果关系，作者进行了双向双样本MR分析。
图7 衰老轨迹基因与阿尔茨海默病(AD)的孟德尔随机化分析
7.验证转录组中CHD6的表达和免疫细胞浸润
为了探索CHD6+ NK细胞参与其他免疫细胞之间的相互作用，作者进行了细胞通讯分析、配体-受体分析、代谢信号通路分析。
比较了AD患者与健康人群免疫细胞浸润情况，转录测序显示CHD6在AD中高表达，而CHD6与雄激素应答、蛋白分泌、胆汁酸代谢、DNA修复、MTORC1信号、IL2 STAT5信号、脂肪酸代谢、E2F靶信号通路相关(图8G)。
以上一系列证据证明了NK细胞作为一种重要的免疫细胞参与了AD患者的发病过程。
图8 CHD6基因在阿尔茨海默病（AD）中的作用
本篇文章就是利用“临床＋MR＋单细胞”的思路，每个层面都进行了研究，研究没有很深入，但是分却不低，很值得大家参考！
更适合临床科研体质——分高不难，料多不腻
“临床证据＋MR研究＋生信分析”思路
欢迎扫码咨询
1、临床医生科研规划
4、R语言入门
概普生物 让科研丰富
