最高人民法院认为：审计部门对建设资金的审计是国家对建设单位基本建设资金的监督管理行为，不影响建设单位与承建单位的合同效力及履行。除非双方当事人在合同中有约定或者合同约定不明确、合同约定无效，否则审计结论不能作为工程款结算的依据。其理由如下：
在司法实践中，虽然双方当事人对于建设工程价款已有明确约定,但发包方往往以等待审计结果来作为拖延支付工程款的借口。对这些有违诚信的行为,人民法院不会予以支持。且《财政部关于加强建设项目工程预(结)算审查管理工作的通知》及《最高人民法院关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题的电话答复意见》均规定，“审计是国家对建设单位的一种行政监督，不影响建设单位与承建单位的合同效力。建设工程承包合同案件应以当事人的约定作为法院判决的依据。只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。”
那么合同中如何约定才算是具体明确呢？
必须在合同中明确具体约定“以审计部门的审计结论作为竣工结算价款支付依据”。如审计部门是确定的，还应写明审计部门的全称。如果价款结算采用固定价格方式。最好对工程款(进度款)按月结算的方式，每月底按总监理工程师和业主代表确认的进度表支付进度款，都约定要以审计后结算。
