本案属于侵害植物新品种权纠纷，主要涉及问题包括：

(一)如何确定植物品种特征、特性的检测方法

目前，在侵害植物新品种权纠纷案件中，确定被诉侵权植物的特征、特性与授权植物新品种是否相同的检测方法主要是DUS田间观察法检测和DNA基因指纹图谱检测。DNA基因指纹图谱检测法是选取授权品种样本构建其基因指纹图谱，随机选取多份授权品种的活体样品，并检测多份样品之间的DNA指纹图谱一致性，形成授权品种的基因指纹图谱，并以此作为基础判定被诉繁殖植物的特征特性与授权品种是否相同，从而达到检测目的。而DUS田间观察测试方法是一种用于评估植物新品种的特异性、一致性和稳定性的方法。田间观察对比测试通过在田间，分别种植两种或两种以上植物品种进行观察对比。DUS田间观察对比测试通常包括三个阶段：特异性、一致性和稳定性。在特异性阶段，测试人员会观察对比品种之间的差异，以确定被诉品种是否具有独特的特性。在一致性阶段，测试人员会评估对比品种在不同时间和不同地点的一致性表现，以确保同一品种在不同环境下的表现一致。在稳定性阶段，测试人员会分别观察对比品种在不同年份和不同环境下的表现，以确定其是否具有稳定的遗传特性。田间观察检测法，需要二至三年时间，时间长，成本高，不利于对权利人保护，也不利于案件及时定纷止息。一般原告都不愿意选择田间观察检测法，而被告常愿意并引导法官进行田间观察检测。在草本植物品种中，授权机构通常存放授权品种的种子，可以通过调取授权机构存放的种子或该品种权原有的指纹图谱来判定。而木本类植物品种在申请授权品种时无需向授权机构提供用于保存的繁殖材料，因此需要通过当事人提交的授权品种植物繁殖材料来构建该授权品种基因指纹图谱。本案二审中鉴于上海某植物公司表示被诉侵权种苗目前尚处于种植状态，活性良好，授权品种“红运来”的标准样品保存在农业农村部植物新品种测试(上海)分中心，本案具备进行司法鉴定的条件。法院准许上海某植物公司的鉴定申请，并经双方同意，指定江汉大学生物基因检测鉴定中心进行司法鉴定，最终确定被诉侵权植物侵权。

(二)当事人单方委托测试报告的采信规则

人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定机构进行鉴定。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第四十一条规定，对于一方当事人就专门性问题自行委托有关机构或者人员出具的意见，另一方当事人有证据或理由足以反驳并申请鉴定的，人民法院应予准许。诉讼法意义上的鉴定，是指人民法院依职权或依当事人申请委托相应鉴定人进行鉴定并最终由相应鉴定机构基于接受法院委托进而出具的鉴定报告。而当事人自行委托的鉴定报告不具有法定性，一般不能直接被法院采信，而应认定为私文书证。当事人就专门性问题单方自行委托专业机构或者个人出具的鉴定意见，虽然不属于《中华人民共和国民事诉讼法》规定的由人民法院经司法鉴定程序所获得的鉴定意见，但法律并未排除其作为证据的资格，一般可参照法律和司法解释关于鉴定意见的审查规则和准用私文书证的质证规则，结合具体案情，对其证明力进行从严审查。当自行委托取得的书面意见由具有相应资格的机构和人员作出、检测程序合法、对照样品来源可靠、检测方法科学，经质证对方未提出足以反驳的相反证据，一般可以确认其证明力。本案中，针对上海某植物公司自行委托形成的《技术鉴定意见书》，二审期间，经上海某植物公司申请，宁波某技术公司法定代表人周某、《技术鉴定意见书》签字人之一焦某出庭作证。周某证实，宁波某技术公司业务范围包括知识产权鉴定、科技咨询鉴定；对于当事人的鉴定申请，宁波某技术公司会根据专业类别，从专家库中选取鉴定人员；对于鉴定人员的资质，公司围绕专业是否相符、是否具有相应技术职称进行审查。焦某证实：焦某是宁波市农业科学研究院副研究员，专业为果蔬种质资源与遗传育种，是宁波某技术公司的技术顾问，《技术鉴定意见书》是其利用ＡＦＬＰ分子标记技术作出，ＡＦＬＰ分子标记法是分子标记技术之一，没有相应国家标准或行业标准。比对的结果显示两样品ＡＦＬＰ指纹图谱相似度95.08%，但该数值只代表遗传的相似度，是否意味着两个样品为相同、近似抑或不同品种，其不能判断。最终二审法院认为，两样品指纹图谱相似度95.08%，该数值只代表遗传的相似度，但该数据如何解读缺乏相应标准，意见书中关于“两品种一致性高度相似”的结论与鉴定人员的当庭陈述存在不一致，故仅凭该鉴定意见并不能确认被诉侵权种苗和授权品种特征、特性相同。二审中，上海某植物公司另提交了其委托江汉大学系统生物学研究院进行检验出具的检验报告，用以证明被诉侵权种苗是授权品种“红运来”的繁殖材料。该报告记载待测样品为Ａ1，对照样品为Ｂ1，参照《植物品种鉴定ＭＮＰ标记法》进行检验，结论：两者为极近似品种或相同品种。但二审法院认为检验报告中没有写明Ａ1、Ｂ1具体指向的品种，而上海某植物公司认可Ａ1、Ｂ1为其自行提交，故该项检验使用的待测样品和对照样品均来源不明，法院不予采信。因此上海某植物公司提交的两份自行委托的鉴定意见书均未被法院采信。  

(三)以DNA基因指纹图谱检测作为同一性判断的适用方法

DNA基因指纹图谱鉴定检测是分子标记检测方法，因不同品种间遗传物质DNA碱基排列不同，具有高度的特异性，故可能通过识别遗传物质DNA的碱基排列的差异来区别不同品种。目前主要的基因指纹图谱检测方法包括SSR标记法、SNP标记法、AFLP和MNP标记法。

1.关于应否组织进行基因检测法鉴定的问题

根据《最高人民法院关于审理侵害植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题若干规则（二）》第二十一条，对于没有基因指纹图谱等分子标记检测方法进行鉴定的品种，可以采用行业通用方法以授权品种与被诉侵权植株的特征、特性进行同一性判断。因该法条中所谓“没有基因指纹图谱等分子标记检测方法进行鉴定的品种”显然不是指该品种无法在技术上实施基因测试，而是指该品种的基因测试尚无国家或行业标准而不能履行该条后述的“行业通行方法”，涉案ＡＦＬＰ分子标记法是分子标记技术之一，没有相应国家标准或行业标准。比对的结果显示两样品ＡＦＬＰ指纹图谱相似度95.08%，只代表遗传的相似度。而MNP分子标记法已被国家市场监督管理总局、国家标准化管理委员会确立为国家标准，可适用于水稻、玉米、大豆等原始品种鉴定、实质性派生品种鉴定和品种真实性鉴定，且其他植物品种的鉴定亦可予参考。因此二审法院基于上海某植物公司表示被诉侵权种苗目前尚处于种植状态，活性良好，授权品种“红运来”的标准样品保存在农业农村部植物新品种测试(上海)分中心，具备进行司法鉴定的条件，准许上海某植物公司的鉴定申请，并经双方同意，指定江汉大学生物基因检测鉴定中心进行司法鉴定。广州某农科公司不同意鉴定，主张相应鉴定没有国家标准、行业标准，应通过田间观察检测的方法确定两者特征、特性是否相同，法院对此意见不予支持。

2.关于江汉大学生物基因检测鉴定的证明效力问题

江汉大学是国家标准ＧＢ／Ｔ38551-2020《植物品种鉴定ＭＮＰ标记法》的起草单位之一，该鉴定是利用多重聚合酶链式反应（ＰＣＲ）和二代高通量测序扩增并检测样品基因组上的ＭＮＰ标记位点，从而分析测序数据，获得标记位点的分型结果进而得出鉴定结论。针对某些品种尚无国家标准、行业标准的分子标记检测法，此时如何审查分子检测报告以及开展同一性鉴定。根据《最高人民法院关于人民法院民事诉讼中委托鉴定审查工作若干问题的规定》第二条之规定，拟鉴定事项所涉鉴定技术和方法争议较大的，应当先对其鉴定技术和方法的科学可靠性进行审查，《植物品种鉴定ＭＮＰ标记法》可适用于水稻、玉米、大豆等原始品种鉴定、实质性派生品种鉴定和品种真实性鉴定，且其他植物品种的鉴定亦可予参考。目前，该标记法已被国家市场监督管理总局、国家标准化管理委员会确立为国家标准。因此，果子蔓属凤梨的品种同一性鉴定可以参照《植物品种鉴定ＭＮＰ标记法》进行。本案中，先对其鉴定技术和方法的科学可靠性进行审查，且查明被诉侵权的凤梨种苗尚处于种植状态，活性良好，授权品种“红运来”的标准样品保存在农业农村部植物新品种测试（上海）分中心，具备进行司法鉴定的条件。法院调取了公证封存的被诉侵权种苗作为待测样品，并审查了其封存状态，之后送交指定的鉴定机构进行鉴定。经鉴定，被诉侵权种苗与授权品种“红运来”遗传相似度经检测为99.91%，两者为极相近或相同品种。最终法院以此鉴定报告认定广州某农科公司侵权，支持上海某植物公司起诉主张获得经济损失及维权合理开支107.5万元的高额赔偿。