用ImageJ轻松去噪,荧光图像更清晰!

学术   教育   2024-01-23 10:58   日本  
荧光显微镜的限制之一就是系统固有的噪点,这往往成为影响图像质量和获取真实信息的主要挑战。Fiji是ImageJ的一个增强版,包含了众多功能强大的插件和工具,可用于更高级的图像处理。本期内容小编为大家分享一个超实用的技巧,让你轻松用ImageJ去除荧光图像上的噪点,让你的图像更清晰更专业!快来看看吧!

插件安装

在菜单栏点击“Help -> Update”打开ImageJ Updater窗口,点击右下角的Manage update sites

找到名称为TensorFlow这一行, URL是

https://sites.imagej.net/TensorFlow/

勾选该站点,点击Apply and Close等待软件更新完成。

更新成功后,重启软件。在菜单栏点击Edit -> Options -> TensorFlow

在新弹出的窗口中选择合适的TF版本,这里就根据自己系统的情况进行选择;

比如小编这里是CUDA 11.4所以直接选择了最新的TF 1.15.0 GPU;需要注意的是,Mac系统只支持CPU

选择完成后,软件会有安装成功并重启软件的提示,关闭软件。

下面我们就可以安装去噪插件啦,首先从GitHub上下载插件,地址如下:

https://github.com/ND-HowardGroup/Instant-Image-Denoising/tree/master/Plugins/Image_Denoising_Plugins_Journal/Plugin_Targets

将下载好的.jar文件复制到Fiji软件安装目录下的Plugins文件夹下。

重新打开软件,就可以在 Plugins 菜单栏下找到安装号的去噪插件:Noise2Noise Denoising以及DnCNN Denoising

现在导入图像至Fiji中,运行插件即可实现图片的去噪,下面是一张灰度图像的去噪效果,还是挺明显的。

下面是使用Noise2Noise denoising插件对彩色图像去噪的效果。

参考资料:
Mannam V, Zhang Y, Zhu Y, et al. Real-time image denoising of mixed Poisson–Gaussian noise in fluorescence microscopy images using ImageJ[J]. Optica, 2022, 9(4): 335-345.

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