在科研领域,图表是我们向世界展示实验结果、验证假设的得力工具。而GraphPad Prism不仅以直观的用户界面而著称,更因其强大的绘图功能而备受青睐。掌握常用的绘图技巧不仅能让你的数据在论文中突出重围,还能为你的科研成果添彩不少!在之前的推文中,我们已经为大家分享了一些GraphPad Prism的数据分析和绘图技能,本期内容小编继续为大家分享GraphPad Prism的实用技巧,帮助大家在科研绘图时更加得心应手!
自动添加多结果统计学差异
我们经常可以在文献中看到统计图中会标星来表示数据的显著性水平,在GraphPad Prism 9及以后的版本都支持自动地将P值和显著性水平添加至图形中,操作起来也十分简单!
准备好数据后,在快捷工具栏中点击“Analyze”进行需要的统计学分析;
分析完成后,只需点击上方工具栏的“Draw”旁边的倒三角,选择“Automatically add pairwise comparisons”即可自动绘制连线和显著性水平;
如果需要更改显示的信息、线条的样式等,可以选择“Format pairwise comparisons”,在打开的窗口进行设置,其中在“Display options”栏中可以选择“Numeric values (P or q) and brackets”或“Asterisks (P or q value classification) and brackets”分别表示显示具体的P值数值或星号;在“P value threshold”可以设置存在显著性差异的P值阈值,通常不需要更改;“Line/bracket and text options”可以对线条的样式、粗细、颜色等各种信息进行设置;这些就根据自己的需求进行设置即可。
此外,勾选“Use the options on this tab as default”将当前样式保存为默认,之后的绘图就不需要再次修改。
设置完成之后,点击“OK”即可。
此时,GraphPad Prism会显示所有分析的显著性结果,如果我们不需要显示某比较两组,可以打开“Format Pairwise Comparisons”窗口,在“Comparisons on Graph”选项卡中取消勾选不想显示的比较两组即可。
更改P值报告的样式
在使用GraphPad Prism进行显著性分析时,可能会出现四颗星的情况,有些小伙伴可能会有困惑,明明最多只能有三颗星,难道是软件计算的问题?其实是因为P值报告的样式造成的。GraphPad Prism默认的样式是GraphPad样式,在该样式中,P值报告小数点后前导零的四位数字 (0.1234)。P值小于0.0001表示为“< .0001”。P < 0.001标识为3个星号“***”,P < 0.0001标识为4个星号“****”;这就出现了4个星号的情况。要更改也非常容易,在统计分析时,在分析的参数窗口,选择“Options”选项卡,在”Output”一栏中,可以在“P value style”的下拉菜单中可以看到可选的P值样式,其中“GP”为默认的GraphPad样式;可以将其更改为“APA”或“NEJM”样式,其中:
APA样式为美国心理学协会样式,显示三位数但省略前导零 (.123),当P值小于 0.001 时,通常写作 "p < .001",所有小于0.001的P值都用三个星号表示,不可能有四个星号“****”;
NEJM样式为新英格兰医学杂志样式,显示三位数字并包括前导零 (0.123)。P 值小于 0.001 通常写作“p < 0.001”。所有小于 0.001 的 P 值都用三个星号表示,同样不可能有四个星号“****”。
P值的样式可能根据所写文章的类型和出版物的规定而有所不同,大家可以根据需要选择合适的P值样式,同样的,也可以将修改的样式设置为默认值,之后绘图时就不需要再次修改了。
快速排版布局,获取组合图
在撰写论文时,通常需要把有内在逻辑联系的几个图组成一张大图,GraphPad Prism中就提供了快速布局组合图的工具。只需要在左侧导航栏的“Layouts”中点击“New Layout”即可打开“Create New Layout”窗口;在该窗口中“Page options”选择整个页面时纵向的还是横向的,然后选择背景颜色,一般选择透明或白色即可;“Arrangement of graphs”可选择图片的数量及排列方式,“Standard arrangement”中提供了几种标准的排版样式;“Graphs or placeholders”中可以选择“Placeholders only. Add graphs later one at a time”,会得到一个空白的模板,然后再自己把需要排版的图放置在模板中,如果选择“Fill the layout with graphs, starting with:”,就可以在下方的下拉菜单中选择起始图,之后GraphPad Prism会自动按照导航窗口的“Graphs”部分中显示的顺序,依次把图自动安放到模板里。
如此,我们就可以很快捷的获得文献中的组合图啦!
以上就是本期的所有内容啦,希望今天的分享对你有所帮助,敬请期待下篇,更多GraphPad Prism实用技巧即将揭晓!
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