Daisley B, et al. (2024). isolateR: an R package for generating microbial libraries from Sanger sequencing data. Bioinformatics, 40(7): btae448.
摘要参考翻译：Sanger测序的分类标记基因（如16S/18S/ITS/rpoB/cpn60）是识别包括细菌、古菌和真菌在内的广泛微生物的主要方法。然而，序列数据的手动处理和传统BLAST搜索的局限性阻碍了高效生成用于 cataloging 微生物多样性和发现新物种的菌株库。isolateR通过实施标准化和可扩展的三步流程来解决这些挑战： (1) 自动批处理Sanger测序文件， (2) 根据最新的国际命名规范通过全局比对对类型菌株数据库进行分类， (3) 简单地创建菌株库和处理克隆菌株，能够设置自定义的序列去重阈值，并将多个测序运行的数据合并到一个库中。该工具的用户友好设计还具有交互式HTML输出，简化了数据探索和分析。此外，针对两个全面的人类肠道基因组目录（IMGG和Hadza hunter-gather populations）的计算机内基准测试展示了isolateR在揭示和 cataloging微生物多样性方面的能力，主张在个体宿主内进行更有针对性和更精细的探索，以实现生成培养集合时的最高菌株级分辨率。
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