熊旭深,博士生导师,国家优青,浙江大学良渚实验室“百人计划”研究员,浙江大学医学院附属第二医院双聘研究员,经血管植入器械生物信息学术带头人。
课题组网站:https://xiongxslab.github.io
https://person.zju.edu.cn/xiongxs
熊旭深课题组长期从事以计算生物学和实验生物学手段相结合(“干湿结合”)的方式进行遗传疾病的多组学调控机制研究,以通讯或第一作者(含共同)发表**Cell, Nature Genetics** (2篇)**, Nature Machine Intelligence, Cell Genomics, Molecular Cell**等多篇高水平文章。主持国自然优青、科技部青年重点研发、面上等项目;参与重大研究计划集成项目、科技部重点研发计划等课题。
课题组研究方向
本课题组致力于利用计算生物学、人工智能、实验生物学等多学科交叉的手段进行人类遗传疾病和癌症的跨层次多组学(epigenomics, RNA modification, transcriptomics, etc)机制研究。具体包括以下3个方向:
基于生物信息学和遗传统计学的多基因遗传疾病(心血管、脑部遗传疾病等)的多组学(表观基因组、RNA修饰组、转录组、翻译组等)整合分析及因果推断; 基于深度学习的表观基因组和表观转录组的预测及关键调控序列及遗传位点的鉴定; 基于Organoid,iPSC,动物模型等体外体系及Perturb-seq, CRISPR screening等高通量实验手段探究癌症异质性和发生发展过程。
招聘岗位
一)副研究员/博士后
计算生物学、遗传统计学、人工智能方向(数名) 近期(或即将)取得生物信息、计算机、数学、统计、物理、数据科学等相关领域的博士学位(无优先顺序); 具备扎实的编程能力,具有概率统计、基因组学、深度学习方面知识; 以第一作者(含共同)发表过SCI论文,有一定的独立工作能力; 对生物信息学或人工智能在基因组学中的应用有研究兴趣,有责任心与团队合作精神; 拥有较为良好的英语沟通和写作能力。 癌症生物学方向(数名) 近期(或即将)取得细胞生物学、癌症生物学与分子生物学等相关领域的博士学位; 具有扎实的细胞培养、文库构建、生物分子等相关实验技能; 以第一作者(含共同)发表过SCI论文,有一定的独立工作能力; 对以干湿结合的方式进行遗传学机制研究有兴趣,有责任心与团队合作精神; 拥有较为良好的英语沟通和写作能力; 具有Organoid,iPSC等体外体系建立,及Perturb-seq, CRISPR screening, 单细胞建库等高通量实验相关经验者优先。
二)科研助理:实验生物学方向(1-2名)
近期(或即将)取得生命科学、医学等相关领域的本科或硕士学历; 具有细胞培养、文库构建、生物分子等相关实验技能; 对以干湿结合的方式进行遗传学机制研究有兴趣,有责任心与团队合作精神; 发表过SCI论文的优先。
三)实验室管理员
负责实验室财务、报账报销、日常安全、仪器维护等管理工作; 负责协助管理科研项目文案、组织项目会议;
申请方式
请有意者请将以下材料电子版发送到电子邮箱:xiongxs@zju.edu.cn和xiongxslab_zju@163.com。
详细的个人简历,包括学习工作经历、主要研究工作内容、代表性论文论著清单、获奖情况; Cover letter:简要介绍既往工作、研究兴趣和职业规划; 申请人认为其他有借鉴意义的材料。
该应聘长期有效,直至相应岗位招聘满额。邮件标题请注明“姓名_申请副研/博士后”或 “姓名_申请科研助理/实验室管理员”。对于符合要求并通过初审者,将会通知安排面试。应聘材料将予以保密。
写在文末
可以看到生物信息学的出镜率越来越高了,如果要立足于这个数据分析领域,起码的计算机基础就无需多言了,我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理:
有了计算机基础,还需要 develop and maintain standard analytical pipelines, and conduct analyses on various large-scale datasets including, but not limited to, Microarray, RNA-Seq, ATAC-Seq, Chip-Seq, and single cell RNA-Seq.
现在是多组学时代,其实这些技术流程的视频教程好几年前我就全部免费共享在b站,如果你没有看,说明你可能并不值得培养,加入人家团队也很勉强。而且我同步分享了视频配套讲义和教辅材料;
学徒第1月,基础知识介绍掌握:文档链接:
https://mubu.com/doc/38tEycfrQg
学徒第2月,RNA-seq数据分析实战训练:文档链接:
https://mubu.com/doc/38y7pmgzLg
学徒第 3 月,WES 数据分析实战训练:文档链接:
https://mubu.com/doc/1iDucLlG5g
学徒第4月,ChIP-seq数据分析实战训练:文档链接:
https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg