同一个样品会做多次单细胞转录组测序?

学术   2024-11-04 16:06   广东  

我们的马拉松授课最重要的技能就是表达量数据处理,包括表达量芯片,转录组测序,以及单细胞转录组的数据分析。然后小伙伴们听完了我们的课程后就迫不及待的马不停蹄开始 处理自己的数据,其中一个小伙伴甚至都没有搞清楚基本概念,不知道什么是生物学重复什么是技术重复!

小伙伴以为是只有一个单细胞样品,制备好了单细胞文库后花钱做了两次独立的单细胞转录组测序,目前一个样品收费还是万把块钱如果是10x技术。很难想象有人会做这样的选择:

很难想象有人会做这样的选择

正常情况下,一个理想的单细胞转录组实验设计应该是,两个分组,然后每个分组有3个样品,它们组内的三个样品是生物学重复。不会把同一个样品测两次或者三次,太浪费钱!

生物学重复(biological replicates)

在实验设计中,生物学重复(biological replicates)是指为了评估实验结果的可靠性和一致性而设置的重复样本。这些重复样本可以来自于不同的个体、不同的时间点或不同的实验条件。生物学重复的分类有助于确保实验结果的稳健性和可重复性。以下是一些生物学重复的分类:

  1. 个体重复(Individual Replicates)

  • 每个重复样本来自不同的个体。例如,在研究药物效果时,每个重复可以是来自不同小鼠的样本。
  • 技术重复(Technical Replicates)

    • 技术重复是指同一样本在相同条件下进行多次测量,以评估实验操作的精确性。
  • 时间点重复(Time-point Replicates)

    • 在时间序列实验中,同一条件下的不同时间点被设置为重复,以观察随时间变化的动态过程。
  • 条件重复(Condition Replicates)

    • 在比较不同实验条件或处理组时,每种条件或处理设置多个重复,以评估条件效应的一致性。
  • 空间重复(Spatial Replicates)

    • 在研究组织或环境样本时,同一样本的不同空间位置被设置为重复,以评估空间异质性。
  • 独立重复(Independent Replicates)

    • 独立重复是指在不同实验批次或不同实验室中进行的重复实验,以评估实验结果的普适性。
  • 嵌套重复(Nested Replicates)

    • 在复杂的实验设计中,不同层次的重复可能嵌套在一起,例如,个体重复内部可能包含技术重复。
  • 随机重复(Random Replicates)

    • 在随机化实验设计中,重复样本是随机选择的,以减少选择偏差。
  • 配对重复(Paired Replicates)

    • 在某些实验中,如前后对比实验,同一对象在不同时间点或不同条件下的样本被配对作为重复。
  • 区组重复(Block Replicates)

    • 在区组设计中,相似的样本被分组成区组,每个区组内部设置重复,以控制区组间的变异。

    生物学重复的设置对于实验设计至关重要,它们有助于区分实验结果中的生物学变异和非生物学变异,从而提高实验结果的可靠性和科学性。在数据分析时,生物学重复通常被用于估计实验误差和进行统计检验。

    写在文末

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