走过路过，不要错过
也是经过很多小伙伴善意的提醒，我们写过很多东西，可即使是我们的VIP也可能不知道，某些内容我们出过。虽然检索也是可以的，但总归是很乱。当然打包合集(微信VIP群：《KS科研分享与服务》付费内容打包集合)整理是比较有规律的，很容易找到！所以我们将一个大类整理在一期，可以快速的了解我们有什么内容，获取自己需要的（文件夹里有什么？2024年4月合集更新）。
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Monocle2及个性化可视化
Monocle2目前还是受大家欢迎的单细胞拟时分析工具。需要注意的是，Monocle2目前在跑的时候可能会出现很多问题，解决办法有二。第一按照网上的进行修改、安装解决版本。第二是安装最新版！Monocle2在可视化，还有结果解释上，可能更加符合大众。但是任何工具也不是100%是适合的，也可以结合其他的工具，例如RNA速率(单细胞RNA速率分析(1):上游分析获得Spliced/unspliced矩阵，单细胞RNA速率分析(2):R语言版RNA速率分析分析及可视化，单细胞RNA速率分析(3):Python版RNA速率分析分析及可视化)、Slingshot(slingshot拟时轨迹分析及个性化可视化（详细注释版）)等等，结合分析，互相印证，可能是最好的选择！
【点我跳转1-分析】群成员专享：Monocle2更新（就是重新梳理一下）
【点我跳转2-分析】一键跑完monocle2？
【点我跳转3-分析】(视频教程): Monocle2安装包测试、分析流程及可视化修饰
【点我跳转】ggplot2个性可视化monocle2结果
【点我跳转】ggplot修饰monocle2拟时热图：一众问题全部解决
【点我跳转】Monocle2拟时基因富集分析
【点我跳转】单细胞拟时分析：基因及通路随拟时表达变化趋势
【点我跳转】CytoTRACE：推断拟时细胞起点辅助（结尾有彩蛋）
【点我跳转】CytoTRACE2：单细胞转录组细胞分化潜能推断-拟时起点参考（R语言版及Python版）
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02
Monocle3及个性化可视化
Monocle3和monocle2是一个团队的，但是monocle3并不是monocle2的升级，而是完全不一样的，所以很多小伙伴不好上手。但是其实分析也不难，monocle2上的一些可视化，monocle3也能够实现！
【点我跳转】Monocle3（1）：单细胞拟时分析---分析（详细注释版）
【点我跳转】Monocle3（2）：单细胞拟时分析可视化---普通版
【点我跳转】Monocle3：单细胞拟时分析---个性化分析思路及可视化
【点我跳转】(视频教程): Monocle3分析流程-分析简化函数和可视化函数
【点我跳转】Monocle3-密度图展示celltype随拟时分布
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03
RNA速率分析及个性化可视化
可能一提到拟时分析，大多数想到的是Monocle，主要是使用和传播比较广，但是除了monocle还是有很多的工具，RNA速率是其中之一。按理来说RNA速率的结果可行度最高，但是其分析难度比较大，需要上游分析，所以很多人望而却步，但是一个RNA速率的分析确实很有说服力！
【点我跳转1-分析】单细胞RNA速率分析(1):上游分析获得Spliced/unspliced矩阵
【点我跳转2-分析】单细胞RNA速率分析(2):R语言版RNA速率分析分析及可视化
【点我跳转3-分析】单细胞RNA速率分析(3):Python版RNA速率分析分析及可视化
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PAGA分析及个性化可视化
PAGA是python版单细胞分析工具scanpy中自带的一种细胞轨迹推断方法，操作非常简单，在实际情况中，我们可以结合其他的拟时工具一起解释结果！
【点我跳转】Seurat来源单细胞PAGA分析（seurat转h5ad)
【点我跳转】PAGA更新：网络数据提取及个性化作图
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Slingshot分析及个性化可视化
【点我跳转】slingshot拟时轨迹分析及个性化可视化（详细注释版）
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