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这是一个新的系列，关于signac分析scATAC数据，我们从上游开始。我们之前在介绍ArchR的时候，介绍过cellranger-atac分析scATAC上游数据（ArchR包单细胞ATAC分析(1): 上游分析）。这里我们从公共数据库挖掘的角度，从上游分析开始，完成这个系列，关于ATAC的基本知识，请参考10X官网介绍或者其他！
1、ATAC简介：
2、ATAC-seq简单原理介绍：
3、公共数据库数据下载：
我选取的数据是这篇文章的：https://doi.org/10.1038/s41588-023-01445-4，这篇《nature genetics》文章很友好的公开了自己的数据，我选取了每个组一个样本，也就是总共三个样本用于演示，处理太多对我来说没什么意义。因为我的服务器空间并不大，而scATAC上游有很耗费磁盘空间，所以三个样本分开跑的。和其他挖掘SRR数据库一样，首先利用prefetch下载sra文件，然后利用fastq-dump将sra文件分为FASTQ文件，用cat将分割的文件合并，并按照cellranger要求进行命名：请注意，即使我提供了数据，也不要当作生物学样本去使用，仅仅是演示数据，意义不大！
1525 cat SRR_HC.txt1526 cat SRR_HC.txt | while read id; do ( prefetch $id & ); done1528 cd SRR21377796/1529 fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377796.sra1530 cd ..1531 cd SRR21377797/1532 fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377797.sra1534 cd new_ATAC/SRR21377812/1536 fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377812.sra1537 cd ..1538 cd SRR213778131539 ls1540 fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377813.sra1541 cd ..1543 cat ./SRR21377796/SRR21377796_1.fastq.gz ./SRR21377797/SRR21377797_1.fastq.gz ./SRR21377812/SRR21377812_1.fastq.gz ./SRR21377813/SRR21377813_1.fastq.gz > AA_S1_L001_I1_001.fastq.gz1544 cat ./SRR21377796/SRR21377796_2.fastq.gz ./SRR21377797/SRR21377797_2.fastq.gz ./SRR21377812/SRR21377812_2.fastq.gz ./SRR21377813/SRR21377813_2.fastq.gz > AA_S1_L001_R1_001.fastq.gz1548 cat ./SRR21377796/SRR21377796_3.fastq.gz ./SRR21377797/SRR21377797_3.fastq.gz ./SRR21377812/SRR21377812_3.fastq.gz ./SRR21377813/SRR21377813_3.fastq.gz > AA_S1_L001_R2_001.fastq.gz1549 cat ./SRR21377796/SRR21377796_4.fastq.gz ./SRR21377797/SRR21377797_4.fastq.gz ./SRR21377812/SRR21377812_4.fastq.gz ./SRR21377813/SRR21377813_4.fastq.gz > AA_S1_L001_R3_001.fastq.gz
1575 cat SRR_HC.txt | while read id; do ( prefetch $id & ); done1576 cd new_ATAC/1578 cd SRR2137778801579 cd SRR21377780/1580 cd new_ATAC/SRR213777801581 ls1582 nohup fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377780.sra &1583 cd ..1584 cd SRR213777811585 ls1586 nohup fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377781.sra &1587 cd ..1588 cd SRR213777821589 ls1590 nohup fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377782.sra &1591 cd ..1592 cd SRR21377783/1593 nohup fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377783.sra &1594 cd ..1595 cat ./SRR21377783/SRR21377783_1.fastq.gz ./SRR21377782/SRR21377782_1.fastq.gz ./SRR21377781/SRR21377781_1.fastq.gz ./SRR21377780/SRR21377780_1.fastq.gz > HC_S1_L001_I1_001.fastq.gz1596 cat ./SRR21377783/SRR21377783_2.fastq.gz ./SRR21377782/SRR21377782_2.fastq.gz ./SRR21377781/SRR21377781_2.fastq.gz ./SRR21377780/SRR21377780_2.fastq.gz > HC_S1_L001_R1_001.fastq.gz1597 cat ./SRR21377783/SRR21377783_3.fastq.gz ./SRR21377782/SRR21377782_3.fastq.gz ./SRR21377781/SRR21377781_3.fastq.gz ./SRR21377780/SRR21377780_3.fastq.gz > HC_S1_L001_R2_001.fastq.gz1598 cat ./SRR21377783/SRR21377783_4.fastq.gz ./SRR21377782/SRR21377782_4.fastq.gz ./SRR21377781/SRR21377781_4.fastq.gz ./SRR21377780/SRR21377780_4.fastq.gz > HC_S1_L001_R3_001.fastq.gz
1602 cd new_ATAC/1603 tail -f nohup.out1604 cat SRR_SD.txt | while read id; do ( prefetch $id & ); done1605 conda activate cellranger1606 cd SRR213778141607 nohup fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377814.sra &1608 cd ..1609 cd SRR21377815/1610 nohup fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377815.sra &1611 cd ..1612 cd SRR21377816/1613 nohup fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377816.sra &1614 cd ..1615 cd SRR21377817/1616 nohup fastq-dump -O ./ --gzip --split-files SRR21377817.sra &1617 cd ..1618 ls1619 cat ./SRR21377814/SRR21377814_1.fastq.gz ./SRR21377815/SRR21377815_1.fastq.gz ./SRR21377816/SRR21377816_1.fastq.gz ./SRR21377817/SRR21377817_1.fastq.gz > SD_S1_L001_I1_001.fastq.gz1620 cat ./SRR21377814/SRR21377814_2.fastq.gz ./SRR21377815/SRR21377815_2.fastq.gz ./SRR21377816/SRR21377816_2.fastq.gz ./SRR21377817/SRR21377817_2.fastq.gz > SD_S1_L001_R1_001.fastq.gz1621 cat ./SRR21377814/SRR21377814_3.fastq.gz ./SRR21377815/SRR21377815_3.fastq.gz ./SRR21377816/SRR21377816_3.fastq.gz ./SRR21377817/SRR21377817_3.fastq.gz > SD_S1_L001_R2_001.fastq.gz1622 cat ./SRR21377814/SRR21377814_4.fastq.gz ./SRR21377815/SRR21377815_4.fastq.gz ./SRR21377816/SRR21377816_4.fastq.gz ./SRR21377817/SRR21377817_4.fastq.gz > SD_S1_L001_R3_001.fastq.gz
4、安装cellranger-atac，下载参考基因组：
wget -O cellranger-atac-2.1.0.tar.gz \"https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-atac/cellranger-atac-2.1.0.tar.gz?Expires=1676294517&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1hdGFjL2NlbGxyYW5nZXItYXRhYy0yLjEuMC50YXIuZ3oiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2NzYyOTQ1MTd9fX1dfQ__&Signature=CX4JhovsMLEXYDYPY2GEVv0SaLg3X-KOUBQ-S52aciWgpd996iHomsnN7gulQaws59GywBLaCjwf7mrxGit8Fs6kKJ1IkTbdxVmDKAg9DMFfJ5BwRIck9NX8eeLyBEpDAS6t~WGbfkCViforbugd1tNbBgJRcRN8pIrCnai9GmqZQzzKTbkllArlj3AxKDkPgNin9g6H5cg8D8PcZfFfeu7jdm5rKFdBNtVn1Et45QDQmNoJxuXRngyC5cBKbICUlOmhqE6tOMjuJEBqijVqaLnTSrRRzvyu-rEEuNIdGuIYPwWZQ5RoDh4g0X-ZO60h4RZu3ZoRlEDlsQOlSrJ68w__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"#安装软件#首先解压tar -xzvf cellranger-atac-2.1.0.tar.gz#添加到环境变量echo 'export PATH=/home/biosoft/cellranger-atac-2.1.0:$PATH' >>~/.bashrc source ~/.bashrc#查看下帮助文档，是不是安装好了#ATAC参考基因组下载wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-atac/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gztar -zxvf refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0.tar.gz
5、run cellranger-atac count
nohup cellranger-atac count --id=SRR_AA --reference=/home/aaa/biosoft/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 --fastqs=./ &nohup cellranger-atac count --id=SRR_HC --reference=/home/aaa/biosoft/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 --fastqs=./ &nohup cellranger-atac count --id=SRR_SD --reference=/home/aaa/biosoft/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0 --fastqs=./ &
6、output
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