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走过路过，不要错过
也是经过很多小伙伴善意的提醒，我们写过很多东西，可即使是我们的VIP也可能不知道，某些内容我们出过。虽然检索也是可以的，但总归是很乱。当然打包合集(微信VIP群：《KS科研分享与服务》付费内容打包集合)整理是比较有规律的，很容易找到！所以我们将一个大类整理在一期，可以快速了解有什么内容，获取自己需要的（文件夹里有什么？2024年4月合集更新）。
01
Cellchat细胞互作分析及个性化可视化
Cellchat是出镜率很高的单细胞转录组互作分析的工具，是基于R语言的分析，整个分析过程来说还是比较简单流畅的。需要注意的是，2024年要更新一下，因为数据库更新了，关于cellchat V2的教程我们也已经更新了。除了分析，大家最关注的应该就是可视化了，我们这提供和复现了各种各样的图，当然后续有更好的还会继续！希望我们的内容对你有所帮助。
Cellchat V1、V2分析（流程基本没有变化）
【点我跳转1】Cellchat（代码详细注释版）：单细胞转录组（人、小鼠）细胞互作分析及可视化
【点我跳转2】单细胞通讯CellChat V2详细版（视频教程）
Cellchat 个性化分析及可视化
【点我跳转】基于cellchat互作分析：弦图展示细胞互作受配体对结果（一键函数）
【点我跳转】复现Science图表：（cellchat、cellphonedb）细胞通讯受配体配对连线表达图
【点我跳转】复现Cell：细胞通讯受配体对数量展示（常用热图）换个花样
【点我跳转】细胞通讯Cellchat V2和Cellphonedb V5细胞互作网络图函数（视频教程）
【点我跳转】Cellchat细胞互作分析可视化：依然是解决问题
【点我跳转】复现SCI图表：Cellchat多组结果受配体结果气泡图可视化
【点我跳转】Cellchat分析受配体数据库更新（自定义）
数据库更新及自定义
【点我跳转】气泡图展示cellchat单细胞互作受配体结果
【点我跳转】(原创函数)-Cellchat受配体多组比较气泡图函数
【点我跳转】复现SCI图表：适用于cellchat v2和cpdb v5的细胞互作受配体分组气泡图
......
02
Cellphonedb细胞互作分析及个性化可视化
CellPhoneDB的使用率和Cellchat是旗鼓相当，是单细胞通讯最常用的工具之一。CellPhoneDB的分析是基于python的，如果数据比较大，分析是比较慢的，也是设备有一定的要求。因为很多小伙伴并不使用python，所以感觉cellphonedb的分析很难，其实不然，相比于cellchat那么多的步骤，CellPhoneDB算是很简单了，我们也有视频教程。需要注意的是cellphonedb也更新了，目前是V5，我们建议更新，因为数据库更新了！CellPhoneDB可能最头疼的就是可视化了，不像cellchat那样有自带的。当然，也有专门针对的可视化R包---kplots。我们这提供和复现了各种各样的图，当然后续有更好的还会继续！希望我们的内容对你有所帮助。
如果有特别好的关于cellphonedb的可视化方式，欢迎甩图，乐意复现！
请注意！！！Cellphonedb V3和V5在分析上有点区别，V3可以在终端进行分析，V4及V5不再支持这种形式，而是使用python分析。所以很多小伙伴按照网上以前的教程安装cpbd V4，V5的时候，会出现安装了，但是找不到命令的问题！首先是分析：
【点我跳转1---cellphonedb V3】
CellPhoneDB单细胞互作分析（2）：数据分析|人鼠基因同源转化|ERROR解决|详细注释版代码
【点我跳转2---cellphonedb V5】
单细胞通讯分析之Cellphonedbv5完整内容（视频教程）
Cellphonedb 个性化分析及可视化
【点我跳转】CellPhoneDB单细胞互作分析（3）：结果可视化作图
【点我跳转】CellPhoneDB单细胞互作分析（4）：受配体对结果提取及可视化作图
【点我跳转】弦图展示单细胞互作数目及受配体对(原创函数视频教程）
【点我跳转】细胞通讯Cellchat V2和Cellphonedb V5细胞互作网络图函数（视频教程）
【点我跳转】Cellchat和Cellphonedb细胞互作一些问题的解决(error和可视化）
【点我跳转】Cellphonedb单细胞互作分析数据库更新及自定义
数据库更新及自定义
【点我跳转】【视频教程】Cellphonedb v5更新：python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯
【点我跳转】【改装函数】弦图-可视化cellphonedb细胞互作结果
【点我跳转】复现SCI图表：适用于cellchat v2和cpdb v5的细胞互作受配体分组气泡图
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03
iTalk细胞互作分析及个性化可视化
iTalk也是常见的一种互作分析方式，原理是基于受配体平均表达量。它有两个优点，第一是可以比较差异受配体，第二是可视化比较好！而且他的函数还是可以利用的，用来可视化cellchat的结果，也是不错的选择！
【点我跳转1---italk分析】iTALK---单细胞受配体互作分析及可视化（详细版教程）
【点我跳转2】iTALK：受配体差异分析（详细注释版）
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04
Nichenet细胞互作分析及个性化可视化
iTalk也是常见的一种互作分析方式，原理是基于受配体平均表达量。它有两个优点，第一是可以比较差异受配体，第二是可视化比较好！而且他的函数还是可以利用的，用来可视化cellchat的结果，也是不错的选择！
【点我跳转1---Nichenetr V2】【视频教程】Nichenetr V2（一）：单细胞通讯分析基础流程及可视化修饰
【点我跳转2---Nichenetr V2】Nichenetr V2（二）：推断ligands-target信号途径
【点我跳转3---Nichenetr V2】【视频演示】Nichenetr V2（三）：nichenet分析之基于ligand-receptor的ligands排序
【点我跳转4---MultiNicheNet】【视频教程】MultiNicheNet（1）：多组单细胞通讯差异分析-基于基本流程
【点我跳转5---MultiNicheNet】【视频教程】MultiNicheNet（2）：适用于无重复样本的受配体差异分析流程演示
【点我跳转】复现NC图表：二分图 (bipartite plot) 网络绘制（三种方法）-应用于细胞互作受配体展示-调控网络展示等等
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05
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