这可能是GitHub R包安装的最优方法

学术   2024-12-06 12:10   重庆  

前言

在使用R语言进行生信分析时,我们常常面临访问GitHub速度慢、R包安装耗时的问题。今天给大家介绍一下西柚云镜像站(mirror.xiyoucloud.net),其独有的GitHub R包代理服务,能显著提升devtools和remotes安装R包的速度。

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镜像站简介

  • 西柚云镜像站聚合了多种资源仓库,涵盖常用静态资源文件、Docker镜像仓库、Conda仓库、APT仓库、CRAN仓库等,且其独有的GitHub R包代理,能加快devtools和remotes安装R包的速度,为生信科研助力,不再为网络问题无法安装软件而烦恼。
  • 各种仓库的使用教程,可以参考西柚云公众号以往发布的文章《西柚仓库集合》或者依据镜像站内的指引使用。

GitHub R包代理介绍

加速GitHub R包安装的一般方法

  • 以往我们安装GitHub R包的时候,如果遇到R包下载不下来的情况,有一种安装方式是离线安装,同时我们可以在离线包前面加上代理站的域名来加快离线包的下载。这种方法的缺点在于不能自动处理依赖关系,需要手动安装所有依赖包,这可能导致遗漏或出现版本不兼容的情况。
# 源地址
install.packages('https://github.com/dviraran/SingleR/archive/refs/tags/v1.0.zip', repos=NULL, type="source")

# 加上代理地址
install.packages('https://ghp.ci/https://github.com/dviraran/SingleR/archive/refs/tags/v1.0.tar.gz', repos=NULL, type="source")

为什么安装GitHub R包很慢甚至超时报错

  • 以SingleR这个R包为例,其资源文件就有500MB。在网络条件不佳的情况下,直接从GitHub下载这样的大文件很容易出现超时或者下载失败的情况。

使用西柚云GitHub R包代理的好处

  • 使用西柚云的GitHub R包代理,您只需要配置一个host参数,即可享受加速服务。(前提是仓库里已有此R包资源,如果没有,请联系管理员搬运)
devtools::install_github('dviraran/SingleR', host='mirror.xiyoucloud.net')

注意事项

  1. 如有缺失的R包,请提交申请获取,否则没有加速效果。


  1. 安装GitHub的R包前需要先配置PAT(Personal Access Token)
  • 有时候在安装GitHub包时,会被限速、限流,这个时候可以配置PAT后重试,以确保能够顺利下载。
  • 登录GitHub网站后,按以下步骤配置:




# SSH终端执行下面的命令,先确保命令行安装了git
sudo apt install git

# Rstudio执行下面的代码
install.packages("credentials"

# 在出现的弹窗中填入上面复制的PAT
credentials::set_github_pat()

结语

西柚云生信镜像站致力于为生信科研人员提供软件配置加速服务,欢迎各位生信科研者的试用,有任何问题请联系西柚云公众号处理,共同建设生信镜像之家。


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