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2、特色帖子
过去四年，我们有很多帖子，不敢说是全网首发，至少在网上找不到相关的教程！而且这些帖子也是极其有用的，对于自己的文章和数据分析都是画龙点睛的作用！
PySCENIC（四）：pyscenic结果之差异转录因子分析及其他可视化
Monocle3：单细胞拟时分析---个性化分析思路及可视化
复现《Cell stem cell》图表：STRING互作分析+igraph绘制大型蛋白互作网络图
Monocle3个性化分析作图：拟时热图/拟时基因GO分析/拟时基因趋势分析
单细胞RNA速率分析(2):R语言版RNA速率分析分析及可视化
（视频教程-打破壁垒）单细胞SCENIC个性化分析之regulon module分析（CSI计算及可视化）
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还有一些原创自写函数：
重启之普通R转录组分析(3)：写一个通用的Deseq2多组差异分析函数
nature级别图表：一个注释气泡热图函数（适用于单细胞及普通数据）
单细胞scRNA/scATAC之marker基因个性化展示气泡图函数（视频教程）
Bulk RNA(普通转录组)多组差异基因分析函数（视频教程）
细胞通讯Cellchat V2和Cellphonedb V5细胞互作网络图函数（视频教程）
连夜苦战---Cellphonedb v5受配体多组比较气泡图（原创函数）
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3、组学分析内容集合整理
虽然我们并不是最好的，但还是有很多小伙伴反映觉得还可以，对其有帮助，我觉得这就已经很好了。我们也不是全能的，不是所有的都懂，尽力做最好的分享，希望能在某一个方面、甚至某一个点上帮助更多人。
分类集合参考：微信VIP新版合集：我们很听话的进行了更新、再找不到打屁股
以下是全部内容（持续更新中......）。
2.跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建
3.跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应
4.跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类
5.跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释
11.跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化
12.跟着Cell学单细胞转录组分析(七):细胞亚群分析及细胞互作
13.跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化
14.跟着Cell学单细胞转录组分析(九):Monocle2拟时分析演示（上）
15.跟着Cell学单细胞转录组分析(十):Monocle2拟时分析演示之结果可视化（下）
16.跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分
17.跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析
18.跟着Cell学单细胞转录组分析(十三):单细胞GSVA分析|这个包涵盖大多数物种
19.单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图
20.ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦
21.复现Nature medicine图表---堆叠柱状图显示每个样本上下调差异基因
24.跟着Cell学单细胞转录组分析(十四):细胞比例柱状图---连线堆叠柱状图
25.复现《Cell》文章图表：气泡热图展示基因表达+分组添加
26.单细胞番外---单细胞数据分析及可视化集成R包Scillus（上）
27.单细胞番外---单细胞数据分析R包Scillus之marker基因可视化（中）
28.单细胞番外---单细胞R包Scillus之差异基因GSEA分析（下）
30.Cellchat（代码详细注释版）：单细胞转录组（人、小鼠）细胞互作分析及可视化
31.CellPhoneDB单细胞互作分析（1）：Linux软件安装及遇到的Bug（ERROR）解决
32.CellPhoneDB单细胞互作分析（2）：数据分析|人鼠基因同源转化|ERROR解决|详细注释版代码
33.CellPhoneDB单细胞互作分析（3）：结果可视化作图
34.PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析
36.Nature作图也出错：单细胞UMAP/TSNE图的ggplot做法与修饰
37.（群成员专享免费）复现nature图表：ggplot做堆叠柱状图
38.iTALK---单细胞受配体互作分析及可视化（详细版教程）
39.PySCENIC（二）：pyscenic单细胞转录组转录因子分析
40.PySCENIC（三）：pyscenic单细胞转录因子分析可视化
41.PySCENIC（四）：pyscenic结果之差异转录因子分析及其他可视化
42.CellPhoneDB单细胞互作分析（4）：受配体对结果提取及可视化作图
43. Monocle3（1）：单细胞拟时分析---分析（详细注释版）
44. Monocle3（2）：单细胞拟时分析可视化---普通版
45.玩转单细胞---提取特定基因表达的细胞群分析（一个小问题）
49.nature级别图表：单细胞转录组细胞比例统计可视化函数
50.Monocle3：单细胞拟时分析---个性化分析思路及可视化
54.2023第一弹：跟着Science学分析之单细胞组织偏好性分析（OR）
55.玩转单细胞（5）：单细胞UMAP图只标记特定细胞群、圈定细胞群及坐标轴修改
56.单细胞差异基因分析：pseudobulk（muscat包）
58.dittoSeq：一个优秀的单细胞转录组、Bulk可视化R包（都准备过年不学习了嘛？最近阅读好低）
59.（群成员新春免费专享）ggplot展示多组（单细胞）差异基因点图
67.ggplot堆叠图无缝拼接(自写一个简洁堆叠小提琴图函数）
69.Cellchat和Cellphonedb细胞互作一些问题的解决(error和可视化）
70.ggplot修饰monocle2拟时热图：一众问题全部解决
73.nature级别图表：一个注释气泡热图函数（适用于单细胞及普通数据）
75.单细胞RNA速率分析(1):上游分析获得Spliced/unspliced矩阵
76.单细胞RNA速率分析(2):R语言版RNA速率分析分析及可视化
77.单细胞RNA速率分析(3):Python版RNA速率分析分析及可视化
78.Monocle3个性化分析作图：拟时热图/拟时基因GO分析/拟时基因趋势分析
80.很优秀
81.pySCENIC单细胞转录因子分析更新：数据库、软件更新
82.pySCENIC单细胞转录因子分析更新(2)：python版分析及可视化
84.pySCENIC可视化分析更新(3)：python版可视化修改
85.复现Science图表：（cellchat、cellphonedb）细胞通讯受配体配对连线表达图
86.小破图硬生生往天花板方向发展：UMAP/TSNE降维图结合细胞比例饼图
88.复现SCI图表：Cellchat多组结果受配体结果气泡图可视化
89.复现Cell：细胞通讯受配体对数量展示（常用热图）换个花样
90.注释气泡图函数（更新）
91.NCS质感图表：Seurat单细胞DotPlot函数基因表达气泡图修饰
92.(视频教程)GSEA分析可视化函数/棒棒糖图展示富集结果
93.scRepertoire免疫组库分析(1)：基本分析流程
94.scRepertoire免疫组库分析(2)：TCR、BCR结合scRNA
96.复现Cell图表：pyscenic分析之转录因子二项值热图
97.slingshot拟时轨迹分析及个性化可视化（详细注释版）
100.(原创函数：一键出图)单细胞多组差异基因展示及基因标注函数
101.单细胞scRNA/scATAC之marker基因个性化展示气泡图函数（视频教程）
102.单细胞scRNA-scATAC细胞比例堆叠注释柱状图函数
103.marker基因注释热图可视化函数（视频教程-通用函数）
104.（视频教程）单细胞SCENIC个性化分析之regulon module分析（CSI计算及可视化）
105.更新-SCENIC转录因子CSI计算及Module分析及可视化函数
106.复现NC图表：单细胞Seurat包Dotplot函数绘制CNS级别的基因表达气泡图
107.pyscenic分析结果：不同分组/条件单细胞转录因子活性热图
108.(视频教程-复现Science图表)做热图无限添加文本注释及修饰
109.弦图展示单细胞互作数目及受配体对(原创函数视频教程）
113.Seurat来源单细胞PAGA分析（seurat转h5ad)
115.单细胞转录组代谢通路活性分析及注释可视化（视频教程）
117.ArchR包单细胞ATAC分析(2): 数据读入、构建ArchRProject、数据质控
118.ArchR包单细胞ATAC分析(3): 数据降维、去批次、聚类
119.ArchR包单细胞ATAC分析(4): 基因评分和marker基因鉴定
120.ArchR包单细胞ATAC分析(5): scRNA注释scATAC细胞类型
124.单细胞通讯分析之Cellphonedbv5完整内容（视频教程）
125.细胞通讯Cellchat V2和Cellphonedb V5细胞互作网络图函数（视频教程）
126.Bulk RNA(普通转录组)多组差异基因分析函数（视频教程）
127.特别优秀
128.玩转单细胞(14): 单细胞分亚群之后分群信息返回原来的seurat对象
129.转录组/蛋白组WGCNA分析及个性化作图---你的CNS文章值得拥有
131.（视频教程）复现SCI图表：单细胞celltype差异基因多彩火山图
132.单细胞转录组分析之DoubletFinder去除双细胞
135.玩转单细胞(15)：一些简便的作图、数据运行处理小技巧
137.复现Nature图表：单细胞UMAP图指示celltype和marker基因
138.单细胞seurat V5转V4格式及seurat转为h5ad格式
139.基于cellchat互作分析：弦图展示细胞互作受配体对结果（一键函数）
141.10X-Visum空间转录组(2)---下游分析数据基本处理-降维聚类-可视化
142.10X-Visum空间转录组(3)---细胞注释|基因集评分
143.ggplot作图实现线条注释-气泡图展示单细胞cluster与celltype注释
145.Cellphonedb单细胞互作分析数据库更新及自定义
146.10X-Visum空间转录组(4)---cellchat V2空转互作分析及可视化
148.复现cell子刊图表：Seurat包DotPlot纯修饰分面气泡图展示基因表达
149.复现cell子刊图表：Seurat包DotPlot纯修饰分面气泡图展示基因表达
150.(原创函数)-Cellchat受配体多组比较气泡图函数
151.你有我有全都有呀!-连续出击cellphonedb v5受配体多组比较气泡图（原创函数）
152.Seurat包VlnPlot小提琴图修饰---顺带一个函数展示基因表达小提琴图+细胞比例饼图
153.单细胞亚群分析不确定用哪个基因定义细胞群（Xgene+/high cells），不妨试试这个NC的思路！
154.CytoTRACE2：单细胞转录组细胞分化潜能推断-拟时起点参考（R语言版及Python版）
155.(视频教程): Monocle2安装包测试、分析流程及可视化修饰
156.(视频教程): Monocle3分析流程-分析简化函数和可视化函数
157.基于cellphonedb互作分析：弦图展示细胞互作受配体对结果（一键函数）
158.不想用Cytoscape：pyscenic单细胞转录因子分析TF-target网络图
159.单细胞marker基因表达密度图-(还有一个包装函数）
160.（视频教程）Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化
161.Monocle3-密度图展示celltype随拟时分布
162.【一键函数】单细胞marker基因平均表达量热图函数
163.【视频教程】Nichenetr V2（一）：单细胞通讯分析基础流程及可视化修饰
164.Nichenetr V2（二）：推断ligands-target信号途径
165.【视频演示】Nichenetr V2（三）：nichenet分析之基于ligand-receptor的ligands排序
166.【视频教程】MultiNicheNet（1）：多组单细胞通讯差异分析-基于基本流程
167.【视频教程】MultiNicheNet（2）：适用于无重复样本的受配体差异分析流程演示
168.复现SCI图表：适用于cellchat v2和cpdb v5的细胞互作受配体分组气泡图
169.玩转单细胞(16)：Scanpy单细胞h5ad数据转化为Seurat对象
170.【视频教程】Cellphonedb v5更新：python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯
171.【改装函数】弦图-可视化cellphonedb细胞互作结果
172.复现NC图表：二分图 (bipartite plot) 网络绘制（三种方法）-应用于细胞互作受配体展示-调控网络展示等等
173.R包推荐Liana：受配体分析框架-多种分析方法整合
174.Ternary plot：三元图及其在转录组中的部分应用示例
175.玩转单细胞(17)：差异基因分析可以舍弃一些没必要的基因-例如MT..RPL..
176.scFEA视频教程：单细胞转录组代谢通量分析【之前购买过的小伙伴联系作者免费获取更新教程】
177.METAFlux: 基于R语言的单细胞及Bulk转录组代谢通量分析流程及可视化
178.玩转单细胞(18)：UMAP图修饰之同时展示亚群/cluster与总的细胞群
179.Supercell: 单细胞转录组metacell分析(详细注释版）
180.scATAC联合scRNA之signac分析(一）:cellranger-atac上游scATAC数据处理/公共数据库挖掘演示
181.scATAC联合scRNA之signac分析(二): 构建scRNA数据及注释-再回顾一下scRNA分析流程吧
持续努力ing.....
4、付费可视化集合整理
1.（群成员专享免费）复现nature图表：ggplot做堆叠柱状图
2.Nature作图也出错：单细胞UMAP/TSNE图的ggplot做法与修饰
3.（群成员专享免费）R语言ggplot批量做折线图并添加误差线（for 循环）
4.用R做中国地图并实现地图编注---制作一幅自己的旅游足迹地图
5.ggplot学做NC文章分许柱状图、添加抖动点、添加误差线
7.复现《nature communications》散点小提琴图+蜜蜂图
10.复现《Cell》图表：ggplot做回归、折线图并添加置信区间
11.R语言ggplot批量做折线图并添加误差线（for 循环）
12.热图4：ComplexHeatmap画复杂热图行列注释
14.复现NC图表：相关性分析气泡图（热图）---同时展示正负调控关系和显著性
15.复现NC图表：ggplot气泡图展示基因表达量|多种组合图展示分组
18.graph包：圆状网络图的绘制|互作网络图|基因通路网络图
19.跟着Cell学单细胞转录组分析(十四):细胞比例柱状图---连线堆叠柱状图
20.复现20分文章的图形分析---学习两组差异基因可视化八象限图
21.ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦
22.ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因
26.不好好做图的NSC系列(九):ggplot2重现Nature文章折线图+多图叠加
27.不好好作图的NCS系列(四)：这篇Cell散点图的新奇做法还是第一次见②
28.复现《nature communications》图表（五）：GWAS曼哈顿图和qq图复现
29.复现《Cell stem cell》图表：STRING互作分析+igraph绘制大型蛋白互作网络图
30.ggtree+ggplot做聚类堆叠柱状图(可举一反三）
32.复现nature medicine图标：扇形气泡图多维展示数据
33.环形柱状图or极坐标图///标签角度调整///环形分组注释
34.重启之普通R转录组分析(1)：Bulk RNA上游分析
35.重启之普通R转录组分析(3)：写一个通用的Deseq2多组差异分析函数
36.重启之普通R转录组分析(4)：批量火山图添加标记基因和分组标题
39.（视频教程）复现nature图表：ggtree复现层次聚类树及作图修饰
44.先试试水-Python版WGCNA分析（pyWGCNA）
46.复现高分SCI图表：极坐标（雷达图）展示分组基因表达及显著性
47.（视频教程集）ggplot密度图-柱状图示例-legend设置-ggplot作图诸多问题详解
48.复现Nature图表：分组富集分析条形图展示通路及基因
49.（视频教程）复现Nature图表：富集分析DEscore及可视化
52.复现Science图表-词云图|富集分析结果文字展示形式
54.花里胡哨|GSEA结果展示新函数-gene rank-p.adjust-NES值展示
55.（更新）复现Cell子刊图表：GSEA多组结果可视化函数
56.复现Cell、Nature富集分析结果可视化-Fold enrichment计算-ggplot2气泡图发光伪3D效果
57.复现nature图表：双重组合-渐变背景火山图-效果？无需多言杠杠的！
58.Triwise包之Bulk & scRNA转录组三组基因表达结果及通路展示
持续努力ing.....
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