本期分享箱线图的绘制方法。
先来看一下成品效果：
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此部分主要是读取原始数据，并进行绘图前的预处理。
# 加载必要的库library(readxl)library(tidyr)library(ggplot2)# 修改工作路径# setwd("D:/R")# 读取数据data <- read_excel("data_box.xlsx")data = data[,c(2:10)]# 将数据转换为数据框格式data <- as.data.frame(data)# 将数据转换为长格式data_long <- data %>%pivot_longer(cols = -c(Sample))
作图不配色就好比做菜不放盐，总让人感觉少些味道。
但颜色搭配比较考验个人审美，需要多加尝试。
这里直接使用TheBestColors配色工具中的SCI顶刊配色：
library(TheBestColors)map <- Best100(28)
获取方式：公众号（阿昆的科研日常）后台回复100
利用‘geom_boxplot’函数，绘制初始箱线图。
p <- ggplot(data_long, aes(x = name, y = value)) +geom_boxplot(aes(fill = name),width=0.4)+scale_fill_manual(values=map)+labs(x = 'Sample', y = 'Weight')print(p)
为了插图的美观，对坐标轴细节等进行美化，并按期刊所需分辨率、格式输出图片。
# 细节调整p+scale_y_continuous(breaks = seq(0, 5, 1), # y轴刻度线位置expand = c(0.05,0.05), # y坐标轴与绘图区域边缘的扩展量limits = c(0, 5) ) + # y轴显示范围theme_classic(base_size = 8) + # 设置基本字号为8pttheme(axis.line = element_blank(), # 删除原始轴线panel.border = element_rect(size = 0.5,fill = 'transparent'), # 添加全框线axis.ticks = element_line(size = 0.5), #设置刻度线粗细axis.ticks.length = unit(1.5, "mm"), # 设置刻度线的长度legend.position = 'NULL',# 不显示图例axis.text = element_text(size = 10), # 设置坐标轴标签字号和颜色axis.title = element_text(size = 10), # 设置坐标轴标题字号)# 保存图形ggsave("箱线图.png", width = 12, height = 10, units = "cm", dpi = 300)
以上。
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